在强化双边合作的同时，美国并没有完全舍弃对多边机制的利用。以全球基金为例，从决策者的公开讲话与法案文件来看，美国仍然宣称全球基金等多边机制在应对艾滋病传播中是不可或缺的。2004年，全球艾滋病问题协调员托拜厄斯在世界艾滋病日发表的讲话中指出，“像联合国艾滋病规划署、全球基金这样的国际组织应当在全球战略中处于中心地位。它们为其他捐赠者提供了一个增加承诺的工具。……全球基金是我们应对这一传染病的整体战略中的重要组成部分。我希望澄清，基金将……保持重要的地位”。[127]而在2003年与2008年的两份援助法案中，也都将对全球基金提供资源作为PEPFAR计划的组成部分之一。
然而，在实际政策上，美国却从多边主义的战线上后撤了，不仅不再积极支持基金的运作，并为向全球基金贡献资源设置了诸多障碍，而且开始将本国的偏好强加于这一多边组织。
这一趋势在PEPFAR计划启动之前便有所显现。2002年，国会预留给全球基金的预算为3亿美元，但小布什政府仅请求了2亿美元。在参议院的听证会上，约瑟夫·拜登质询健康与公共服务部部长汤普森，政府的做法是否向国际社会传递了一个负面信号。而汤普森的回答则是，“不。……在目前的环境下，我认为2亿美元已经是数额巨大的慷慨贡献了。参议员，我要向您报告，当我宣布今年我们将追加2亿美元的贡献时，基金理事会欣喜若狂（ecstatic）。……理事会与出席日内瓦会议的国家代表欣然接受（well received）了2亿美元的数额”。[128]
在资源贡献上“收紧钱袋”的政策取向，在PEPFAR计划公布之后更为明显了。如前所述，PEPFAR计划的筹备工作相对保密。联合国秘书长安南在接受采访时表示，他对美国的这一计划事先毫不知情，在计划被宣布之后，他最初仍然是相当期待的，但是结果则令他颇为失望。“总统说他会做得更多。所以当美国提出一个150亿美元的大计划时，我尝试说服他至少（每年）有10亿美元应当投入全球基金。我还试着鼓励欧盟也达到这一数目，我们还将尽一切努力从其他渠道得到额外的10亿美元。那么在未来数年内，我们每年就有30亿美元了。但我们没有成功……”[129]根据2003年的援助法，PEPFAR计划中拨给全球基金的份额大大低于安南的期待：5年内一共提供10亿美元的捐赠。而且，美国政府各部门对于全球基金的贡献额度之和，不得超过全球基金当年募集到的全部资金的三分之一。如果政府要突破这一限制，则必须事先向国会说明为何要增加拨款，以及其他国家为何无法提供资源。[130]
在美国看来，设置这样一个标准是为了起到“杠杆”的作用，激励其他国家与组织为全球基金贡献更多的资源。但事实上其效果并非如此。这一政策实施的第一年，到2004年7月31日，按照全球基金募集到的资金份额计算，美国能够为全球基金提供的资金（包括原有的预算以及PEPFAR计划新增的份额）总额为4.27亿美元，未达到国会拨款的5.47亿美元。为此，托拜厄斯将全球基金筹资的时限放宽了2个月，并与汤普森一起呼吁欧洲国家贡献更多的资金。在这两个月内，全球基金收到了6 700万美元的捐款，美国按照比例追加了3 300万美元投入。[131]PEPFAR计划呈交国会的年度报告中称，美国此举让全球基金增加了“本来无法获得的1亿美元收入”。但是仔细考察一下，2004年全球基金募集的资金总额约为16亿美元，[132]两个月内募集1亿美元的水平远远低于平均数。美国对全球基金的这种“欲扬先抑”的政策并不起作用。
事实上，此时全球基金已经存在资金不足的问题。运行两年来，全球基金募集到的资金总计为30亿美元，这离当初联合国秘书长安南预计的每年70亿到100亿美元的需求可谓相差甚远。据《柳叶刀》杂志报道，2005年全球基金的运行需要36亿美元。[133]如果只维持前两年的筹资水平而不获得新的资助，全球基金只能勉强维持之前开展的计划，而无力资助新的项目。[134]但是，2004年9月，数位美国艾滋病政策上的高级官员在对国会进行的一次简报中却称，全球基金已经“陷入了混乱”，这成为共和党领袖削减对其捐献的基本依据。[135]11月，全球基金正值启动第五轮项目拨款之际，美国却大幅度地减少了对全球基金的贡献数额，政府预算从5亿多美元猛跌至2亿美元，削减幅度达到63%。作为全球基金最主要的资源贡献国，美国的预算削减使得资源本就不充裕的全球基金更加捉襟见肘。[136]由于缺少足够的资金，美国建议全球基金暂缓拨款计划，这得到了当时兼任全球基金理事会主席的卫生与公共服务部部长汤米·汤普森的赞同。由于此次拨款理事会会议是全球基金成立以来第一次在非洲召开的会议，美国的消极态度在一些非洲国家领导人看来是“发送了一个错误的信号”。[137]而美国却将全部责任归结为全球基金在筹集资金上效率太低，一位美国官员认为基金应该“先把账房整顿得有条理了，再去承担更大的责任”。[138]
2006年5月，全球基金第六轮拨款时，类似的情况再度出现。由于全球基金资助的一些项目与PEPFAR计划一样，旨在提供维持发展中国家艾滋病毒感染者生命的抗逆转录病毒药物，一些捐赠国家开始担心这是一个“无底洞”——因为要在这些感染者的有生之年持续不断地供应药物，其开支最终究竟几何无人知晓。联合国秘书长安南决定出面进行游说，由于认识到美国的行为往往能起到示范作用，他首先试图说服小布什政府投入20亿美元。但他得到的回应却是，美国将在此轮拨款中贡献2亿美元，而更多的资源将通过双边计划PEPFAR分发。
全球基金这一多边机制最重要的作用就是筹资，美国的上述政策严重地削弱了这一组织的行动能力。尽管美国一再声称PEPFAR计划与全球基金是互补而非竞争的关系，但外界还是出现了忧虑，认为两者之间存在着紧张关系，而美国政府则是故意压低贡献给全球基金的预算份额。[139]由于发展中国家，尤其是许多非洲国家，都要依靠向全球基金申请资助来开展艾滋病防治项目，美国的上述举措也遭到了许多国家的反对。
除了在资金贡献上为多边合作设置障碍外，出于对全球基金问责制的不信任，美国还加强了对其管理上的监督。根据2003年援助法案，美国国内成立了“跨机构技术审查专家组”（Interagency Technical Review Panel），作为全球基金的“影子”（shadow）顾问团。这一专家组的职责包括，周期性地审查所有被全球基金批准的计划书，向全球基金专家组、委员会、理事会中的美国代表提供指导性意见，监察并评估全球基金的项目，并定期向国会汇报。[140]通过这一专家组的工作，美国积极向全球基金推行其本国的项目评估标准。它制定了一系列评估资源利用效果的指标，并建议全球基金采纳类似的标准，以保证其拨款建立在项目优质表现的基础之上（performancebased funding）。[141]按照多边主义的本意，国家应当按照各方商定、事先认可的规则行事，而美国的做法却恰恰颠倒了这一主从关系，在未与其他参与者协调的前提下，在多边组织的运行过程中单方面地向其施加本国确定的标准。
2005年，美国国内一部分人还试图将“反对商业性行为”（anti-prostitution pledge）条款强加于接受全球基金的国家与组织。这一条款是PEPFAR计划中又一项引起很大争议的内容，它要求所有接受美国资金的国家与非政府组织都要签署一份声明，表示反对卖淫以及色情活动。在许多国家中，性工作者是艾滋病防治项目的重点人群，许多政府与非政府组织担心这样一份声明将会丑化这部分人，在社会中进一步地引发仇视与排斥情绪，从而不利于艾滋病防治工作的展开。巴西政府甚至因此拒绝了美国提供的4 000万美元的援助。[142]更重要的是，这一政策原本只适用于美国的双边计划中，但是，2005年5月，美国疾病控制中心发布了一份文件，称尽管全球基金本身无需遵从美国的规定，但通过全球基金间接地接受了美国资金的组织则必须作出上述声明。如果这一规定付诸实施，将影响到128个国家中的3 000多个组织。[143]而且，这一政策本身就存在问题。多边组织的资金来源是多样的，根本不可能辨别哪些是来自美国政府而哪些不是。托拜厄斯很快澄清了这一问题，称他绝对不会考虑实施这样的政策，疾控中心随后也在文件中删除了相关内容。但是，尽管这一政策并未真正出台，它也在一定程度上反映出美国国内部分人希望控制全球基金这一多边组织，使其服务于美国特殊利益的意图。
这一时期，主要国际组织，包括全球基金本身在内，并没有强烈批评美国对待全球基金以及多边主义的消极态度，这在一定程度上助长了美国政策中的双边倾向。联合国秘书长安南的外交努力数度受挫，但在接受美国PBS电视台访问时，面对记者提出的“您在发现美国正在推进单边计划时是否惊讶”的问题时，他却作出了如下的回答：“我很高兴，我非常惊讶，但是也很高兴，我受到了鼓舞。我希望其中一些资金能够通过全球基金发放，但是真正重要的是，美国总统作出了重大的承诺，并为对抗这一疾病流行投入了大量的资源”。[144]可见，安南看重的是美国正在“推行计划”，而具体是通过何种方式、是否强调了多边国际协作，在他看来是相对次要的问题。而全球基金的执行主任也始终在美国艾滋病援助资金的分配问题上保持了沉默。针对这一现象，一些研究者评论道，“他们认为美国在艾滋病问题上数额巨大的投入就可以让小布什总统免除批评。他们是大错特错了。”[145]
综上所述，与第一阶段积极推动全球基金成立，并对其全力支持的态度不同，2002年之后，美国仅仅在口头上强调这一多边机制的重要作用，实际上却不愿意投入更多的资源。美国的政策对于国际合作十分不利。尽管有了新的合作框架，全球集体行动却仍然很难组织起来。曾经困扰世界卫生组织与联合国规划署的资源短缺问题，又在全球基金中出现了。尽管美国有着规模巨大的双边项目，但其关注的只是少数经过美国挑选、对其国家安全利益有影响的国家，而且PEPFAR计划还有着时间限制。美国在这一阶段的政策有着相当的局限性。
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