清代藏、新、蒙边疆地区城市经济发展基础脆弱，落后的生产方式和生活方式也是阻碍城市发展的一个重要原因。
农业是城市产生和发展的重要基础，是推动城市化的初始动力。农业为非农业人口的生产和生活提供生产资料和生活资料，农业发展的程度对于城市的产生和发展起着十分重要的作用。因而世界各地城市文明发达的地区都是农业发达的地区。然而藏、新、蒙内陆边疆地区由于自然地理条件等因素的限制，长期以来其生产方式都较为落后，农业经济十分薄弱，多数地区都是以分散的游牧经济为主。清以后，这些地区虽然被纳入到中国一体多元的多民族国家体系之中，但其生产方式未发生变化，仍然是以游牧经济为主，而游牧经济和建立在其基础之上的各民族生活方式都以分散为特征，因而不利于以集中为本质的城市的形成与发展。
清代西藏的经济主要由农业和畜牧业两部分组成，城市工商业极为薄弱。受到当时生产力水平的限制，清代西藏社会经济的产业发展尚处于较为低下的阶段。农业生产工具简陋，主要农业区仍用木犁、木锄，间或有铁铧木犁。收获量仅为种子的4～5倍。在清代，西藏的畜牧业对自然的依赖性很大，牛羊的成活率分别约为50%和30%，自然条件对清代西藏畜牧业的畜种结构具有极其重要的影响。清代西藏的手工业不仅技术落后，而且被封建农奴制度严重束缚，在相当大程度上为政府领主和寺院领主所操纵。在封建农奴制下，广大手工业者的人身自由受到限制，受到西藏三大领主的残酷压迫和剥削。从五世达赖时期开始，西藏地方政府就建立了管理手工业者的制度，对于广大手工业者，西藏地方政府往往不时征派各种徭役，严重妨碍了手工业者的自由经营；此外还有不少手工业者本身就是奴隶，受到农奴主的管束。西藏的商业也不发达，由于生产关系落后，传统农牧区的藏民与外部的产品交换，多为以物易物；而城市商业也因城市人口数量有限，社会需求不旺，故而也制约了商业的发展。而手工业和商业的不发达，使西藏城市发展的基础薄弱，发展动力不强。
由于西藏特殊的政治、宗教区情，寺院经济在清代西藏经济体系中占主导地位，而寺院经济的过度发展，对于西藏经济的发展十分不利。佛教在西藏的传播过程，也是佛教寺院经济的发展过程。明朝时期，佛教在西藏广泛传播，寺院的政治势力不断扩大，寺院经济实力也在不断增强。清前期随着西藏政教合一政权的建立，西藏各地寺院经济更是得到大发展，寺院通过各种途径占有越来越多的土地、牲畜和奴户，西藏的社会财富绝大部分集中于寺院。寺院参与西藏的各种经济活动，甚至可以操纵物价，囤积居奇，“于青稞贱时囤积，贵时售卖，以致街市青稞糌粑昂贵，穷民度日艰难”。而普通藏民除受到农奴主的剥削外，还要受到寺院的盘剥，甚至一般藏民去世后，其家人还要“将死者所有之物，尽出一半布施布达拉，以一半变作延请喇嘛念经并熬茶及一应施舍之需，即父子夫妇亦不肯存留一物”[22]。由于西藏特殊的区情所造成的寺院经济的独大，故而普通民众生活水平低下。另外由于西藏为全民信教，寺院僧侣为数众多，使大批青壮劳动力脱离社会物质生产，并依靠一般俗民供养，故而也制约了社会经济的发展。
在清代，蒙古地区的生产方式也较为落后，蒙古族居民长期以游牧业为主，多数蒙古族人“随水草畜牧而转移，无城郭，常居耕田之业，以肉为饭，以酪为浆，无五谷菜蔬之属，衣皮革，处毡庐，见中国茶叶则宝之，而金银非其好也”[23]。蒙古族牧民的生产方式决定了他们的生活方式只能是以分散居住为主。长期形成的生活习俗使不少蒙古人不习惯城市的生活，因而直到光绪年间，仍然有不少在城市中任职或劳作的蒙古人，不选择城市的定居生活，而宁愿每天花费若干时间往返于城市和城外的蒙古包之间[24]。这也是清代蒙古城市中蒙古人相对较少，而以汉民为主的一个重要原因。这种生活习俗的长久保留表明蒙古地区的城市化动力不足，城市的拉动力不强，这也是制约蒙古地区城市发展的一个原因。
虽然清代中后期山西、直隶、山东、陕西等地的大量民众进入内蒙古地区，或从事商业贸易，或从事农业耕作，从而推动长城以北沿线城市的兴起，但总的看来，内地汉民移居蒙古地区也主要限于内蒙古南部地区，而内蒙古中部和北部以及外蒙古大部分地区的汉族移民甚少，因而这些地区农业和手工业极不发达，商业同样也较为落后，一般蒙古族人多以物易物，“自昔未尝通货币，商业以是而困。然其以货易货，习以为常”。[25]晚清时期，由于中国被纳入世界资本主义市场，蒙古地区的牲畜和畜产品也成为中外贸易的重要商品之一，虽然牲畜产品商品化的提高对蒙古畜牧业的发展起到了一定程度的推动作用，但却没有对传统畜牧业经营方式和生产技术产生变革性的影响。由于蒙古地区被卷入国内外商品贸易市场，而产业结构未发生变化，在需求增加的同时，生产却未能及时跟上，故而作为畜牧业基本生产资料的各种牲畜的绝对数却在大幅度下降，20世纪初，哲里木盟10个旗的牲畜头数在10年内下降了50%[26]。蒙古地区落后的生产方式和生产力，严重地制约了城市的兴起与发展。
清代新疆地区经济除了同样粗放的游牧经济外，脆弱的绿洲农业也是其重要部分。在农业时代，绿洲农业是新疆地区城市发展的基础，而新疆的原始绿洲农业要远远比内地落后。同时，绿洲间距离遥远，城市之间分工协作难以实现。灌溉农业是绿洲城市的命脉。清代新疆的农业并不发达，生产技术落后，主要原因之一就是水利灌溉较落后，广泛存在原始灌溉方式，所谓“撞田”，即洪水过后，在洪泛区播撒种籽，使其自然生长。二是农业技术落后，不知耕耘和除草，“荒草湖滩，每于春融冰解时，引水入池。微干，则耘犁播种。苗生数寸，又放水灌溉之。嘉禾与恶草同生，不加耘锄，且云草生茂盛，禾苗得以乘凉”[27]。“播种时无精（垄沟），无褛，惟凭手撒。无锄，不知荃草。”[28]“回民多种麦，不种杂粮，地不耕耘，不仗天雨，山水浇灌。”[29]故而粗放的农业生产方式制约着新疆绿洲经济的发展。
一般而言，商业对于城市的发展意义最大，商业依赖于城市的发展，而城市的发展也要以商业为条件。清代相当部分边疆城市的开发主要通过人口（特别是商业人口）的跨区域流动来实现。人口的流动促进了区域间的经济交往和文化交流，从而带动清代内陆边疆城市经济文化的交往与发展。但商人是以盈利为目的的，以市场投机为谋利手段，大部分商人都会选择交通便利、人口较为集中的城市开展其经营活动，因而，在交通相对发达的内陆边疆城市，商贾辐辏，贸易繁华，城市经济一片繁荣；但是在交通落后、地缘偏僻、社会治安较差的边疆城镇则商贾寥寥，市面冷落。即使同为边疆通商口岸，一些边缘城市由于交通地理区位限制，城市经济发展远远落后于交通区位较好的中心城市。交通地理区位左右着商人的迁移情况，进而影响到城市经济文化发展状况，故而清代内陆边疆地区城市空间分布和发展水平极不平衡。另外，由于边疆民族地区社会矛盾、民族矛盾错综复杂，变化无常，因而每当社会矛盾和民族矛盾尖锐、社会动荡不安、商业投资风险相对较大时，外省籍商人多被迫退出边疆城市市场。大部分商人都无在边疆长期居住、发展的想法，他们“春来冬去，犹如候鸟”[30]，往返于客地与原籍，将赚取的商业利润回流到原籍，这就必然造成商业资本外流，造成商业发展所积累的资本难以带动边疆城市经济进一步发展，这也成为清代藏、新、蒙边疆城市发展迟滞的原因之一。
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