1523年，明嘉靖二年，宁波“争贡事件”发生后，嘉靖皇帝下令关闭福建、浙江市舶司。朝贡贸易，这道唯一的正常贸易之门也终于关闭。
1526年，葡萄牙人在广州叩关失败后，在福建商人的导引下北上双屿港，与宁波商人私下交易。从此，葡萄牙、日本、马来、琉球、暹罗（今泰国）与中国海商纷至沓来。海外贸易以民间走私贸易的形式进入双屿时代。
“海禁”与“倭患”
海上走私贸易的兴起，与明代海禁政策密不可分。始于洪武年间的海禁政策，初衷主要是为解决“倭患”问题。
14世纪初，日本进入南北朝对峙时期，诸侯割据，互相攻伐。在争战中失利的封建主及武士们组织起来，到中国沿海进行武装走私、抢掠，形成“倭患”。到元末明初，从辽东半岛到广东、海南数千里的海岸线上，“岛寇倭夷，在在出没”。
为断绝日本海盗与海上反明势力里应外合，朱元璋下令禁止滨海居民私自出海，并采取釜底抽薪的方式，大量招纳原张土诚、方国珍部下军士及濒海的船户、岛人、渔丁为兵。这是明朝实行海禁政策之始。
洪武四年（1371年）十二月，朝廷命令籍没原方国珍所部温、台、庆元三府军士及兰秀山无田粮之民隶各卫为军。洪武十九年（1386年）废昌国县。第二年，又将舟山岛城区和镇外两里以外的居民和其他46山（岛）的居民徙迁至内陆。
明朝实行的海禁政策规定，除政府与海外国家保持朝贡贸易关系外，其他民间海上贸易一概禁止——“禁濒海民不得私出海”，“禁濒海民私通海外诸国”，“申禁人民无得擅自出海与外国互市”。
到永乐、宣德，直至正德时期，海禁稍弛。此后，“海禁”政策时紧时松，总的趋势是以“禁”为主。尤其是嘉靖年间，明世宗大力强化抑商政策，厉行海禁，其严厉程度超过以前任何一个皇帝。规定：
“浙闽二省巡按官，查海船但双桅者即捕之，所载虽非番物，以番物论，俱发戍边卫。官吏军民知而故纵者，俱调发烟瘴。”
“禁沿海居民勿得私充牙行，居积番货，以为窝主。势豪违禁大船，悉报官拆毁，以杜后患。违者一体重治。”
“一切违禁大船，尽数毁之，自后沿海军民私与赋市，其邻舍不举者连坐。”
嘉靖年间的海禁，已经从禁止私人海上贸易，发展到禁止制造、使用双桅大船；从单纯惩治海商，发展到邻里连坐。
大规模地迁移沿海民众，严厉的海禁政策，虽然加强了海防军事，但也严重影响了沿海百姓的生计，甚至在沿海地区激化了矛盾。
长期以来，沿海地区人民依海而生，靠海而活，或从事渔业生产，或从事海上贸易。明朝严厉的海禁政策，等于断绝了他们的谋生之路。除了入海为盗外，别无其他选择。
顾炎武在其《天下郡国利病书》中指出：“海滨民众，生理无路，兼以饥馑荐臻，穷民往往入海从盗，啸集亡命”；“海禁一严，无所得食，则转掠海滨”。张煊《西园见闻录》也提到，“国初……两广、漳州等郡不逞之徒，逃海为生者万计”。
这些人要么“私下与诸番贸易香货”，要么“从倭为寇”，导致东南沿海“倭患”越演越烈。
对于“倭寇”一词，人们容易望文生义。其实，所谓“倭寇”，历史上往往是日本人与朝鲜人或中国人的联合体。中国明代的“后期倭寇”（即“嘉靖大倭寇”）则大部分是中国的海上走私贸易群体，日本人的数量较少。日本学者山根幸夫在《明帝国与日本》一书中指出：后期倭寇的主体是中国的中小商人阶层——由于合法的海外贸易遭到禁止，不得不从事海上走私贸易的中国商人。这一观点基本获得了中日学者的普遍认同。
拿“倭寇王”王直为例，王直是徽州商人，长期从事对日走私贸易。在遭到明军围剿之后，逃往日本的松浦津，以五岛列岛为根据地，建起了一支庞大的船队，自称“净海王”、“徽王”。
王直经常组织船队前往浙江、福建沿海，进行大规模的走私贸易。在他的队伍中确有一些雇佣的“真倭”。正如王守稼在《嘉靖时期的倭患》一文中所说：“大量史料证明，历史的真实情况似乎与以往流行的说法相反，嘉靖时的‘真倭’，反而倒是受中国海盗指挥，处于从属、辅助的地位。”
王直曾向明朝当局提出“开港通市”的要求，希望放弃海禁政策，使海上私人贸易合法化。他在接受朝廷招抚后所写的《自明疏》，希望政府在浙江定海等港口，仿照广东事例“通关纳税”，恢复与日本的朝贡贸易关系，以此来解决东南沿海的“倭患”。当时的平倭总督胡宗宪表面上答应“姑容互市”，在王直投降后，却出尔反尔，将王直斩首示众。
但王直的死，根本没有平息“倭患”，恰恰相反，王直死后，原来商人色彩较浓的走私集团，被逼成了真正的“寇”。在后继者徐惟学、徐海等的带领下，更大的“倭患”接踵而来。
“倭患”的根源不是日本浪人，也不是走私集团，而是严厉的海禁政策。对此，其实很多明朝官员心里一清二楚。对倭寇素有研究的唐枢写信给胡宗宪时指出：嘉靖年间的倭患起源于海禁政策的不合时宜——“商道不通，商人失其生理，于是转而为盗”；中国与外国的贸易难以禁绝，海禁只能禁止中国百姓。
稍后的谢杰在《虔台倭纂》一书中也说：“寇与商同是人，市通则寇转为商，市禁则商转为寇”。在他看来，导致“倭患”的原因是“海禁之过严”。可谓一针见血。
因此，海禁一日不解除，“倭患”始终存在。真正解决“倭患”的关键之举，并非戚继光、俞大猷的平倭战争，而是朝廷政策的改变。隆庆元年（1567年），明朝政府宣布实施灵活的政策，取消海禁，允许人民下海前往西洋、东洋贸易。所谓“倭患”也就自然消散了。
另一方面，随着明代中叶以后商品经济的发展，东南沿海已从粮仓逐步发展为中国的工商业中心，开始步入早期城市化的进程。工商业的发展，商品的大量生产，迫切需要开辟新的更大的市场。因此，海外贸易的兴起是社会经济发展的必然。
而伴随着大航海时代的开启，西方国家来到中国沿海，把中国卷入“全球化”贸易之中，海外贸易的需求日益增长。在这样内外交集的大背景下，严厉的海禁政策越来越显得不合时宜。
其实，到嘉靖初年，海上私人贸易已经蓬勃发展。从事海上贸易的商人数量众多，规模较大，并逐渐形成了实力强大的私人海上贸易集团。私人海上贸易的据点遍布海内外，有些海商还定居国外，建立贸易据点。国内出现了许多进行私人海上贸易的新港口，这其中最有名的就是浙江宁波的双屿港和福建漳州的月港。
因此，海禁政策并没有有效扼制住私人海上贸易，相反为海上走私贸易的兴旺提供了有利的时机，“片板不许下海，艨艟巨舰反蔽江而来；寸货不许入番，子女玉帛恒满载而去”。
为了冲破政府的海禁政策，私人海商不得不内外勾结，采取亦商亦盗的走私贸易形式。与海商勾结的多是沿海的豪门势家，违禁走私的海商大多以他们为“窝主”，依靠他们接济，并求得保护。
这些“窝主”为了攫取贸易巨利，无视海禁法令，公然参与走私贸易。他们凭借雄厚的社会地位和经济实力，交通官府，挟持官员，结交豪强，包庇窝藏走私海盗。到嘉靖时，从中央到地方形成了一股强大的支持海上私人贸易的政治力量。
宁波“争贡”事件后，明朝内部主张严厉实行海禁政策的官僚找到了一个口实：“祸起市舶”——祸根是由朝贡贸易引起的，于是贸然关闭宁波的市舶司，停止了与日本的朝贡贸易。在激烈的海禁与反海禁的政治较量中，朱纨走马上任，厉行海禁，扫荡海上走私贸易，发动了双屿之战。
双屿港就是在这样的背景下，因海禁而兴起，又因海禁而没落。
“16世纪的上海”
最早开辟双屿走私港的是福建海商，时间约为1518年。葡萄牙人加入后，经过二十几年的经营，双屿这个“久无人烟住集”的“国家驱遣弃地”，海商云集，货物如潮，一跃成为远东最繁华的国际贸易中心，日本海交史专家藤田丰八甚至说：双屿港实为“16世纪之上海”。
双屿成为走私贸易基地，有其地理上的原因。双屿虽悬居海洋之中，但正如当时浙江巡抚朱纨奏报所言：双屿形势“东西两山对峙，南北俱有水道相通，亦有小山如门障蔽，中间空阔二十余里，藏风聚气，巢穴颇宽”。双屿港地处舟山群岛，岛屿环绕，是一个理想的避风港和候风港；又距中心城市不远，便于粮草接济和商品集散，正是从事走私贸易的好地方。
更主要的是，双屿港处于我国海岸线中段，南北交集处，在此贸易可以辐射南至福建、广东，北至南京以北的辽阔区域。明州是对日的朝贡贸易港，双屿港位于往来日本、高丽和南亚诸国的航线上，由于广东严厉禁绝海外贸易，致使海外贸易的重心北移到浙江、福建。双屿港背靠富足的江浙地区，接近苏杭丝绸、松江棉布、景德镇陶瓷的产地，商业经济繁荣，能够提供充足的受欧洲欢迎的东方商品。
16世纪初，正是欧洲人所谓的大航海时代。葡萄牙和西班牙两国探险家开辟的新航线，首次建立起一个全球贸易圈。1542年，从暹罗（今泰国）前往中国的三位葡萄牙商人在海上遇到风浪，被吹到日本种子岛，葡萄牙人由此渗入东亚所有的主要贸易路线。由此，以双屿港（宁波港）为中心，一个沟通东海、南海贸易圈，以马六甲、果阿（位于印度西岸）、葡萄牙、日本、宁波为主要节点的中、日、欧三角贸易圈初步形成。
欧洲的自鸣钟、火器，南洋群岛的胡椒、香料，从南海运送到浙江，交换江南生产的生丝、丝绸、棉布和瓷器，再横渡东海运往日本销售；日本则以白银支付，回到中国购买丝和布，然后卖到南洋群岛。双屿港海商控制的“葡萄牙（马六甲）—中国（宁波）—日本（平户）”三角贸易，自然而然地成为全球贸易圈的一部分。
双屿港，葡萄牙人称为“Liampó”，即“宁波港”。作为一个港口群，双屿港位于北仑佛渡岛与舟山六横岛之间，明朝时属宁波府定海县（今镇海）郭巨千户所管辖。更具体的位置，根据有关文献的记录与专家的实地考察，一般认定，双屿港有南北两个港区，北港区在沙岙码头周边，人称大麦坑；南港区在沙岙码头南部海边，人称涨起港。由于人为的封堵与泥沙的淤积，当年的自然港湾，如今已变成了山岙。
受季风与洋流的影响，葡萄牙人在双屿港居留最初是为了“过冬”。三、四月南风汛时，葡萄牙商船由广东而上到达福建、浙江沿海；十一、十二月西北风汛时，则由浙江南下，经马六甲海峡进入印度洋，经欧亚航线回到里斯本。因此，每年的五、六月是双屿港交易的高峰期。
明朝严厉的海禁政策，使双屿港这个国际贸易中转站还具有收购、储存与销售的功能。一般情况下，葡人大船停泊在双屿港湾，而以小船出去采购。由于葡人不能公开到大陆上收购和销售产品，就需要当地人的帮助。
宁波自古有出海经商的传统，加上宁绍一带地少人稠的矛盾突出，入海谋生向来是普通百姓的重要出路。尽管明朝实施严厉的海禁政策，但沿海居民为了生计，在利益的驱使下，仍冒险下海捕鱼或通商贸易。
利之所在，人必趋之。由于有高额的走私利润，收了好处的地方官及驻军睁只眼闭只眼，到双屿港通商的人越来越多。到1532年左右，海上私人贸易几近公开化。不仅沿海贫民转事海商，更有豪门大族充当“窝主”，大肆从事走私贸易牟利。
宁波人万表《海寇议》称：“十数年来，富商大贾，牟利交通，蕃船满海间。”就连普通百姓也为海岛上的各国海商送米送菜，充当货物交易中间人。正如朱纨在奏疏中称：“有力者自出赀本，无力者转辗称贷；有谋者诓领官银，无谋者质当人口；有势者扬旗出入，无势者投托假借。双桅、三桅连樯往来，愚下之民，一叶之艇，送一瓜，运一樽，率得厚利。驯致三尺童子，亦知双屿之为衣食父母。远近同风，不复知华俗之变于夷矣。”不论有钱者、无钱者，有权者、无权者，纷纷投入火热的走私贸易，把双屿港当作自己的衣食父母。
双屿港的主角除了葡萄牙商人，主要是中国的海商。随着双屿港私人贸易的兴起与趋于鼎盛，中国出现了一些著名的走私海商，如福建人郑獠、金子老、李光头，安徽人许氏三兄弟（许松、许栋、许楠）、徐海、徐惟学，宁波人卢黄四等。后来赫赫有名的“海盗”、皖南人王直（即汪直），也在1540年下海，加入许氏集团，成为管家。
不久，双屿港的中国海商逐渐形成两大集团：一是以许氏兄弟为首，包括王直、徐海等人的徽州海商集团，二是以李光头为首的福建海商集团。
从正德末年福建人进入双屿港算起，双屿民间贸易港前后存在了近三十年，时间不算短。据记载，在双屿港居住的人，除葡萄牙人、华人外，至少还有日本、马来（彭亨）、琉球、暹罗（今泰国）等十多个国家的商人。明朝著名文学家王世贞称“舶客许栋、王直辈挟万众双屿诸港”，虽有夸张，但可见其鼎盛气象。
据葡萄牙人平托《游记》记载，葡萄牙人在双屿港建造有一个“双屿城”，馆舍上千座，市政厅、天主教堂、医院等一应俱全，并擅设市长、财务检察官、司法官、议员、财产监督人、警官、市政厅执事、监狱看守、房屋承租人等。岛上居民3000人，其中葡人1200人。俨然是葡萄牙人在宁波海岛上建立的一个殖民地。这一记载其实是平托道听途说，并结合了自己想象的产物。
实际上，双屿港区不同于后来的澳门，它主要是中国海商集团的根据地，是外国人来华贸易的中转地。在明朝眼皮底下的一个小岛，似乎很难存在“馆舍上千座”的大规模的外国人居住区。从后来双屿港之役留下的战果记录来看，岛上只有二十余座小房子，一座十多间房子的妈祖庙。日常来往的葡人大概在500到800人之间。
但据浙江沿海哨所报告，双屿港之役当年的五、六月还有1294只船来到双屿洋附近寻求交易。1294只船，每月平均647条船，每天平均20多条船。如以每条船30人计算，每天有600人左右，每月有近2万人，双屿国际贸易港的规模确实不小。
双屿之战
双屿港走私贸易的结束，时间在1548年。
海上私人贸易的集团化，是双屿港贸易发展的转折点。海商集团的形成，有其内在因素。海上竞争激烈，弱肉强食，迫使海商走上小船主依大船主之路，规模小的50只船，规模大的多达100只船，“成群分党，分泊各港”。
这些海商集团出于自我保护，往往配备武器，具有很强的盗性。像海商头目邓獠、李光头、许栋，本身就是越狱犯。不同的海商集团往往强弱相凌，自相劫夺，沿海兼行劫掠，乃至于与官兵发生武装冲突。
葡萄牙海商由于受到明朝官方的严禁，进入中国沿海后也经常在海上劫掠民船，在陆上打家劫舍。日本私商更与倭寇有着千丝万缕的关系。走私贸易的组织化、武装化，使海上形势更为复杂，出现亦商亦盗现象。随着组织化、武装化程度的提升，海商与官军的冲突不断升级，浙海局势已完全失去控制。
捣毁双屿港的直接导火线，是一起贸易纠纷导致的劫掠。由于走私贸易是在秘密无序状态下进行的，一般需要通过陆上私商以托售托买、虚值转鬻的方式进行，一旦中介环节脱节失信，极易引起矛盾冲突，甚至流血事件。
1547年，一个叫兰沙洛特·佩雷拉的葡萄牙人将几千达卡（欧洲货币）借给余姚望族谢氏。谢氏家族即明朝阁老谢迁的家族，属于宁波典型的参与走私贸易的豪门大族。谢氏进了外国货物后，不断压低价格，且拖欠货款，葡萄牙商人不断上门催讨。谢氏凭借自己的权势，非但不偿货款，反而恐吓他们，声称要将他们告到官府。
嘉靖二十六年（1547年）六月的一个深夜，愤怒的佩雷拉纠集了二十多个走私分子及葡萄牙商人等，趁夜突袭了谢氏宅邸，烧毁了谢氏房子，抢劫了邻近十几户人家，并杀死了大约十个人。余姚县令获报这一事件，一时无法查清事情原委，又怕贻误军机，遂以“倭贼入寇”为名仓促上报。
这次恶性事件直接促使明世宗抛开弛禁与严禁之争，成为其决意抗倭的导火索。1547年7月，明世宗打破闽浙不设巡抚的惯例，破天荒地授副都御史朱纨为浙江巡抚，兼管福建福、兴、漳、泉、建宁五府军事，前往闽浙整顿海防。
朱纨走马上任，禁乡官，革渡船；严保甲，申盐法，采取了一系列严厉的措施，厉行海禁，整顿海防。在福建取得初步成效后，朱纨将整顿重心转向被中外海商占据的宁波双屿港。
朱纨的主要策略就是直捣巢穴。嘉靖二十七年（1548年）一月，朱纨初步拟定了进剿双屿的作战计划。鉴于“浙兵素弱”，守军大多为走私商人所收买，朱纨弃浙江兵不用，征调惯于征战的福清水兵一千余名、兵船三十只，又从民风强悍的浙西松阳、龙泉等地选取乡勇一千名，统归精于海战的福建都指挥卢镗指挥，担负海上主攻任务。
三月七日，朱纨进抵宁波，亲临第一线指挥调度。其时，恰遇日本策彦周良贡使团因先期而至不合规制，且人船逾额，被明政府勒令返回，贡使团退处舟山一带滞留。朱纨深恐“机事不密，处置失宜，双屿之巢难倾，而众夷之乱先作，于时师劳无功，官民荼毒”，于是向明世宗力陈其中利害。在得到“便宜处分”的诏令后，朱纨要求贡使周良后不为例，决定予以放行。
九日，朱纨亲自接见贡使周良等三十二人，宣谕接收贡使团兵器送交绍兴库府保存，人及货送入宁波府嘉宾馆，并告谕贡使团不要随意外出，如有买卖交易，要求明给印信官票，填写合同，使奸人不得诓骗，财本不至坑陷。
十三日，终将日本使团六百余人延入城内嘉宾馆严加防范，从而消除了两线作战、腹背受敌的隐患，保证了双屿之战的顺利进行。
四月二日，前哨战在浙东象山沿海爆发。当卢镗船队驶至象山爵溪所时，瞭见前方有一只大贼船正朝双屿方向行驶，当即发两只快船追击。追至九山洋，双方接仗交战。激战之中夷人落水不计其数，其中两人为明军斩杀。该船终因势孤力单被明军擒获。生擒两名倭夷、五十三名华人，并缴获大佛郎机铜铳二架、小铳四个。明军方面阵亡四人，负伤二十五名。这就是九山洋之战。
五日，卢镗部下把总擒获一艘双屿海商收购酒米的船。卢镗部署兵船，前往双屿港挑引，对方放两只草撇、哨马船前来诱敌，被明军用鸟铳打死贼徒一人，贼船隐入港内，任凭怎么挑战就是不出。入夜，风雨昏黑，海雾弥漫。明军不敢贸然进击。
延至七日凌晨，双屿海商突然驾船冲出港湾，“官兵奋勇夹攻，大胜之，俘斩溺死者数百人”，活捉大“窝主”海商顾良玉、倪良贵、奚通世、刘奇十四与通番分赃者蒋虎、余通世等人。
卢镗亲督兵船追击突围逃逸之船，同时委派定海卫千户王守元等带兵入港搜捕。结果，卢镗在海闸门糊泥头外洋及横大洋两处，“齐放铳炮，打破大贼船二只，沉水贼徒，死者不计其数”。随后，有“贼徒”草撇船一只、叭喇虎船两只前来迎敌。官兵奋勇当先，数个回合后，“贼船”上被箭射伤落水者无数。战斗一直延续到月落天昏，但仍有三艘“贼船”脱逃外洋。
此次追击战明军共缴获草撇船一只、叭喇虎船两只，及船上所载之佛郎机铜铳、铁铳和铅弹、火药、蕃弓、蕃箭等兵器，生擒为葡人所雇的3名黑番，以及许六、陈四、杨文辉、苏鹏、李陆等一大批“贼酋”，“贼首”姚大总等被斩杀。
与此同时，王守元率军入港，将海商所建天妃宫十余间、寮屋二十余间、遗弃的大小船二十七只尽行焚烧，止留下船坞内未完工的两只大船。
至此，历经两个月的准备和实施，双屿之战宣告结束。
经此一战，双屿港这一中外海商经营20多年的远东私人贸易中心终被摧毁。被驱散和续后而来的中外海商，只得四处漂泊，另寻系泊、交易之处。
双屿之战结束后五日，朱纨在定海（今镇海）举行祝捷大会，设盛宴表彰参与双屿战的有功人员。时任余姚知县的胡宗宪也参加了宴会。
为图一劳永逸，朱纨原本想在双屿“立营戍守”，并分定中军和南北两哨，各添官兵防守。后来不得已听从众议，用木石将双屿港筑塞。“先打木樁，将大松木做成木栏，内贮石篓，安置水底为基，上垒船石堵塞”，从而“使樁石相制，冲激不动，潮至则淤泥渐积，贼至则拔掘为难”。
至此，双屿港这个曾经盛极一时的国际走私贸易港不复存在。
朱纨之死
朱纨的悲剧似乎从他开始“剿倭”就已注定了。
海禁“弛”还是“禁”的争论，在当时明朝的政坛，是一场国策之争，更是一场利益之争，进而演变成为一场变幻莫测的政治斗争。
朱纨厉行海禁，打击海商，触动了沿海地方利益集团的利益，引起这些豪门大族的强烈不满和强劲反弹。斗争其实早在朱纨一到漳州督捕海寇时就已开始。抗命、抵制不时发生。
地方豪强与外夷暗中勾结，充当耳目，每当明军准备剿击，他们往往泄露军机，通风报信，他们还私下接济夷船，输送钱粮物料。一旦明军有军事行动，他们就百般阻挠，拖延军机。
当朱纨容许日本周良贡使团入港后，宁波府承行吏书蒋尚本故意藏匿有关批文，以致日本贡使团进港时又被官兵逐出外洋，差点误了进剿双屿的军机。
双屿之战打响前，军前急需两千斤硝石、一百斤硫黄，宁波府承行吏书陈应道却只肯拿出三百五十四斤硝石、三百六十四斤硫黄，而且故意差老吏张瑞等解送到另外一个地方，以致明军“战具不继，伤损兵卒，几乎失事”，差一点误了战役大局。
捣毁双屿港后，朝野内外暗流涌动，危机四伏，诽谤构陷接踵而来，蹊跷的事接连不断发生。
五月初五晚，重兵把守的日本贡使团驻地嘉宾馆，有人隔墙抛入一封捏名“大明黄道医”的书信，煽动日本人举兵作乱。书中说：“嘉靖十八年来贡，镇日饮酒来往，何其亲密。去年六月间，闻知来贡，不想阻住海外半年。既得进，又禁之宾馆，何其艰苦。我国都御史、海道，何必苦苦提防！”书信进而公然煽动日人“可在夜间起兵，杀都御史、海道，随下船而走”。
日使周良捡到投书后，马上呈送宁波府署印推官张德熹，并通报：因宾馆外门禁加严，日人疑惑渐多，恐生出事端，希望中国官方作出决断。
身为闽人的张德熹与福建海商有着千丝万缕的关系。其叔张珠本身就是私商，与双屿港许栋集团结伙贸易，经常秘密出入宁波府衙，后在双屿清剿中被捕杀。张德熹自然衔恨在心。其后，凡被捕获的福建海商在监禁中病故，张德熹均代为措办棺木盛敛，上写名字，扛埋义塚。
张德熹接到日使投书后故意隐匿不报，其后两次晋见朱纨一概不予提及。最后，因有人擅入日本驻地骗取日使银两事发，朱纨派人严审，张德熹情知再难隐匿，才向朱纨报告投书一事。此时已离日使周良报案过去了八天时间。
朱纨随即利用自己巡抚的权限，将张德熹及守卫嘉宾馆不力的宁波指挥佥事莫隐、浙江市舶提举吕朋拿送监候。正面冲突全面开始。
恰在这时，朝中人事发生重大变动，主张海禁、支持朱纨出任浙江巡抚的内阁首辅夏言在正月被免职后，于四月被捕，当年十月被杀。接任上台的是奸相严嵩。
六月，福建人巡按御史周亮上疏，要求裁撤朱纨兼督闽浙两省军务的巡抚职权。给事中叶镗马上上疏附和。明世宗居然立即认可，裁革朱纨巡抚职权，仍改巡视，一切政务复归巡按御史。
与此同时，巡按衙门和浙江按察使对朱纨所勘失职官员作出从轻处分，莫隐、吕朋、张德熹三人各杖七十，并罚缴赎罪谷十石五斗，“赎罪完日，各还旧职”。
危机越来越逼近朱纨。朱纨的态度依然是针锋相对，仍连续上章争辩，言辞激烈，进一步得罪了当朝权贵。尤为要命的是，朱纨上奏明世宗公开点出通倭的官宦世家之名，要求严加处罚。斗争已到了你死我活的地步。
第二年（1549年）二月，朱纨指挥福建都指挥卢镗、巡视海道副使柯乔在福建漳州的走马溪，成功伏击转移至福建沿海的中外海商，大破葡萄牙走私商队，擒获倭寇头目李光头等96人，取得了剿夷战争的重大胜利。
三月，朱纨凭着明世宗曾赋予他的“地方未尽事宜听尔便宜处置”和兵部授予的“生擒盗贼，鞠问明白，亦听斩首示众”的权力，先斩后奏，在宁波演武场处决了在福建捕获的96名私商。
这下舆论大哗，地方及在朝的浙江、福建籍官员，纷纷上章弹劾朱纨，称他“注措乖方，专杀启衅”。福建籍御史陈九德率先发难，上章弹劾朱纨擅杀。严嵩义子、身为通政使的慈溪人赵文华因为诱迫朱纨未成，也内外交通，竭力煽动。
朱纨上疏抗争：“去外国盗易，去中国盗难；去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠之盗犹难。”锋芒所向，直刺当朝要员。
五月，兵部会同三法司集议，认为朱纨不等御旨批复辄予行刑，卢镗、柯乔擅行正法，“皆不得为无过”。明世宗嘉靖皇帝下令，朱纨“罢职待勘”，回苏州原籍听候处理。卢镗、柯乔“下所遣官讯之”，等待进一步审问。
七月，前往福建勘问的官员认定，朱纨“擅自行诛，使无辜并为鱼肉”，反上疏告捷，而卢镗、柯乔相与佐成之，“法当首论其冒功”。扣了一顶冒功的罪名。兵部和三法司复核，认同这一意见。
十二月，明世宗下达诏令，以“擅杀无罪拟杀”，逮捕朱纨，进京接受审讯。卢镗、柯乔论死。
朱纨闻讯，悲愤交加，上书给明世宗说：“纵天子不欲我死，闽浙人必杀我。”并自作绝命词：“纠邪定乱，不负天子；功成身退，不负君子。吉凶祸福，命而已矣；命如之何？丹心青史。一家非之，一国非之；人孰无死？惟成吾是。”写得痛彻心扉，自始至终坚信自己丹心一片，表示为国捐躯，死而后憾。
死志已坚的朱纨为自己写好墓志，并嘱咐儿子：自己死后“不讣，不受吊，不祈碑铭”。十二月十六日，公元1550年1月3日，朱纨服药自尽，终年58岁。其子不敢久停灵柩，于农历正月草草下葬。
朱纨死后，他留下的“巡抚浙江，兼制福建、兴、漳、泉、建宁等处海道”的职务，一直空缺了四年，没人敢接。朱纨重建的防倭体系土崩瓦解，海禁复弛，倭寇越演越烈。
朱纨之死是个人的悲剧，更是明王朝的悲剧，时代的悲剧。
《明史》说他“清强峭直，勇于任事，欲为国家杜乱源”，受命提督闽浙军事，为国靖海，不畏权贵，不避凶险，“执法既坚，势家皆惧”。做了十年中丞，“田不亩辟，家无斗储”，朱纨曾说：“既尽节为官，岂能顾妻、子乎？”这是少有的一个刚直、廉洁、能干且极富道德使命感的官员。
可是，真正的悲剧在于：一个富有道德使命感的人，在他义无反顾为国杜乱之时，却无意之中起到了对时代进程的逆作用。朱纨没有认识到，所谓“海禁”，其实“从本质上说是明朝统治者对外部世界挑战作出的一种消极回应”，他无法跨越朝贡体制和海禁意识，因而无法看到葡萄牙东航中国，标志着一个全新时代的到来。
双屿港的消失，使宁波失去了东亚国际贸易中心的地位。历史吊诡的是，嘉靖二十七年的双屿之战导致了中国私人贸易更加无序、畸形发展，从而成为诱发“嘉靖大倭寇”高潮的重要动因。
纵观历史，全球化的第一次浪潮在大航海时代已经开始。海商是大航海时代生产力发展的必然产物，海禁则是封建统治者的权力意志。在西方走向扩张和繁荣之时，中国却越来越封闭，日趋停滞、没落。
历史不能假设，但假如明朝政府当年采取开放政策，假如朱纨未被任命发动双屿港之役，朱纨的命运会是如何？双屿港的命运会是如何？明王朝的命运又会是如何呢？
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