任何一种政治哲学思考都是以伦理作为基础。约翰·密尔在探讨社会政治问题时从功利主义的原则出发。作为一种哲学思考的功利主义，主要从人类行为的目的和效果来衡量行为的价值，突出事物的效用，强调活动的有利结果。密尔虽然继承了功利主义的基本思想，但与边沁的功利主义有所不同。在边沁的功利主义中，幸福只有量的区别，而密尔认为幸福还存在着质的差别。与边沁的功利主义追求个人的所谓快乐和幸福不同，密尔支持的是社会全体的快乐和幸福。人们在追求自己的幸福时要顾及他人同样的幸福，只有如此才可能建立一个由平等的成员所组成的社会。[28]正是从功利主义原则出发，密尔对启蒙思想家以理性来规范社会政治活动的做法予以批评，认为必须从利益和经验的角度来解释政治现象，指出自然状态从来就不存在，人类活动自一开始就处于社会状态，人始终是社会的人。
在密尔的整个政治思想中，自由是其一以贯之的核心追求。他将是否实现个人自由看作是自由社会或良好政府的根本。密尔强调个人自由，强调个性的发展，认为充分的个人自由和个性发展不仅是个人幸福所系，也是社会进步的主要因素之一。按照他的看法，唯一名副其实的自由，“乃是按照我们自己的道路去追求我们自己的好处的自由，只要我们不试图剥夺他人的这种自由，不试图阻碍他们取得这种自由的努力。”[29]显然，个人自由的实现必然涉及与他人和社会的关系。个人与社会的关系始终是自由问题的关键，密尔对自由的探讨就从这一关系入手，他所分析的公民自由或社会自由，是指“社会所能合法施用于个人的权力的性质和限度。”[30]令密尔忧虑的是，在当时的世界中存在着一种日益增长的倾向，即社会凌驾于个人的权力不适当地加以延伸，加强社会权力和减弱个人权力。因此，他对自由的关注主要是如何减少社会权力对个人自由的不当影响。针对公共权力的合法性来源问题，密尔认为，合法性的基础应当是“最大多数人的最大幸福”。针对如何行使公共权力的问题，密尔的回答是，“人类之所以有理有权可以个别地或者集体地对其中任何分子的行动自由进行干涉，唯一的目的只是自我防卫。”[31]凡是社会以强制和控制的方法对付个人，不管是运用法律还是利用以公众意见为形式的道德压力，均以这一原则为准绳。不管是一个人还是一个机构（包括国家），以任何有利的理由，均不能强迫一个人去做一件事或者不去做一件事，因为任何一个人是独立的。“任何人的行为，只有涉及他人的那部分才须对社会负责。在仅涉及本人的那部分，他的独立性在权利上则是绝对的，对于本人自己，对于他自己的身和心，个人乃是最高主权者。”[32]密尔将不受社会权力干涉的人类自由的领域分为三类：思想和言论自由、趣味和志趣的自由、个人之间互相联合的自由。
密尔对自由的强调从根本上是为了维护个人自由和权利，这种自由最集中的表现就是强调发挥人的个性自由，即个人按照自己的意志来制定和安排自己的生活，按照自己喜欢的方式作出安排。在密尔看来，个人自由和个性发展是人的目的和幸福的根本，也是社会进步和人类幸福的根本所在。因此，个人自由不应该受到干涉，任何对个人自由的干涉都会造成社会发展的停滞。密尔主张社会或公共权力对个人的活动采取“放任主义”，让个人自由得到充分发展。密尔的这一自由放任的观点有时受到人们的误解。他的看法并不意味着社会和政府机构不需要帮助人们发展自己的个性，相反，他对政府在个人自由发展中的作用予以了肯定。与柏拉图一样，密尔相信政府质量是由其统治的公民的质量所形成，“一切旨在成为好政府的政府，都是由存在于社会各个成员中的一部分好的品质为管理集体事务而组成的。”[33]他指出：“评价一个政府的好坏，应该根据它对人们的行动，根据它对事情所采取的行动，根据它这样训练公民，以及如何对待公民，根据它倾向于促使人民进步或是使人民堕落，以及它为人民和依靠人民所做工作的好坏。”[34]“好政府的第一要素既然是组成社会的人们的美德和智慧，所以任何政府形式所能具有的最重要优点就是促进人民本身的美德和智慧。对任何政治制度来说，首要问题就是在任何程度上它们有助于培养社会成员的各种可想望的品质——道德的和智力的品质。”[35]
一个好的、有效的政府取决于其政府组织形式。对理想的或好的政府形式的讨论是密尔政治思想的主要内容之一。关于什么是理想的政府形式，密尔的观点十分明确，“理想上最好的政府形式就是主权或作为最后手段的最高支配权属于社会整个集体的那种政府；每个公民不仅对该最终的主权的行使有发言权，而且，至少是有时，被要求实际上参加政府，亲自担任某种地方的或一般的公共职务。”[36]与卢梭等近代思想家一样的是，主权在民的观念已经成为近代政府合法性的唯一来源。尽管人民主权表达了这样一种观念，即每个人的权利和利益，只有当它是由其本人来决定的时候，才能得到真正的、充分的保护，但在现实生活中，人民很少有机会直接行使大量的、具体的管理权力。因此，密尔主张建立一种人民间接行使自我管理权力的代议制政府形式。显然，“能够满足社会所有要求的唯一的政府是全体人民参加的政府。……但是既然在面积和人口超过一个小市镇的社会里除公共事务的某些极次要的部分外所有的人亲自参加公共事务是不可能的，从而就可得出结论说，一个完善政府的理想类型一定是代议制政府了。”[37]代议制政府就是全体人民或大部分民众通过由他们定期选举产生的代表来行使控制权的政府形式。在这一形式下，代表行使人民委托的权力，人民保留了最终的权力，国家的最高权力仍然属于人民。密尔相信，代议制政府是迄今为止最好的政府形式，因为它吸收了人民的美德和智慧来管理公共事务和监督政府的活动，同时又促进和培养了人民的美德和智慧。
尽管代议制政府解决了现实中人民行使管理国家的权力问题，但是，这一体制并非完美。与其他政府形式一样，代议制政府也具有明显的缺陷和危险，诸如议会中存在普遍的无知和无能，或者说智力条件不充分；受到与社会普遍福利不同的利益的影响，有可能出现阶级立法而压迫少数人，这就必然导致对个人自由的侵犯而走向专制。密尔以当时的英国议会为例，在议会中工人阶级被排除在对政府的直接参加之外。参加政府的那些阶级只追求自己的利益而根本不用“工人的眼光去看问题”。事实是，“不管是谁只要有人被排除在自由之外，被排除者的利益也就得不到其余的人所得到的保证，并且他们在为他们自己以及社会的福祉发挥能力方面所具有的活动余地和所得到的鼓励就比未排除在外要少了，而国家的普遍繁荣总是和这种能力的发挥情况相适应的。”[38]密尔将这些缺陷和危险归咎于民主的滥用。在他看来，现实中以简单多数方法进行治理的政府是虚假的民主制，只有代表全体人民的政府才是真正的民主制。在真正的代表制中，少数和多数一样得到充分的代表权，它是唯一平等的、公正的、一切人治理一切的政府。代议制政府之所以是真正的民主制，就在于它能够充分实现个人自由，能够促进人们的德行和智慧。
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