根据史料综合分析，明清时期太湖以东平原的水环境表现出两个显著特点：
其一，明初开浚而成的黄浦江作为上游湖泖之水的主要出水通道，排水效能良好，但由长江口上溯的潮汐也十分畅旺，潮汐带来的泥沙造成各支流河道的加快淤塞；作为黄浦江上源的诸湖泖，由于明清时期潮汐尚可通达至此，也造成局部湖面逐渐淤浅，这为人们带来了围垦湖面的便利，于是垦占行为较为普遍。
其二，上源湖泖淤塞并被人为垦占，其蓄水效能不如从前，排往下游的清水量减少，与潮汐之力不能相敌；由此又造成支流河港对潮汐依赖性增大，于是进一步加快了各支流淤塞的进程。
以上两个方面互为因果，使得明清时期东太湖地区的水体淤塞成为区域性的普遍问题。由于潮沙淤积、排水不畅，河湖的蓄水能力下降，使得低乡抵御水灾和高乡抵御旱灾的能力都有所降低。这就可以解释为何方志中关于河道浚治频繁推行，而仍然出现“屡浚屡淤”的情况，其中当然存在吏治腐败、制度不力、整治不果等人文与管理上的问题，但三角洲河网的水文制约性着实起着重要作用。
另一方面主要是人文、管理等因素参与下的环境变迁的“积渐”效应。宋元以降太湖平原的人口压力和水土资源吃紧，导致水环境的维护成本增加，等于对水资源的分配、利用和管理提出了更高的要求，如果没有新的改革措施和高效率的推行，则难以扭转问题重重的局面。
气候变化也是影响环境变迁的重要因素，气温变化可使海平面出现波动，进而影响到三角洲河流入海的比降和排水畅通程度，但据目前气候学界的研究，包括中国在内的北半球在15—19世纪之间正处于寒冷期[1]，长江三角洲河流入海的比降相对较大，因此气候应不是导致该时期平原上河流排水不畅的主要原因，反而是三角洲水网本身的水文因素及各种人文、管理等因素更值得分析。
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