一是明确公共科研机构的职责。坚持政府更好地发挥作用，明确需要由国家支持的基础性、公益性研究。政府研究部门应定位在种质资源等公益性和共性技术研究，将育种研发投资的重点放在知识产权难以保护的常规品种选育。和企业近期难以进入的公益性技术研究领域。分阶段、逐渐地剥除其商业育种工作，彻底剥离依托于政府研究部门的种子公司，形成公私分开、两条腿走路的格局。
二是加强科技创新。完善种质资源保护制度，有计划地开展种质资源普查。加强种质资源保护区、保护地建设，规范种质资源向社会开放的制度。大幅增加政府研究部门的育种经费，促进其转向基础性、前沿性、应用技术研究。鼓励种子企业与科研院所及高等院校构建技术研发平台，以市场为导向、资本为纽带形成利益共享、风险共担、产学研紧密结合的技术创新体系。
三是加强育繁推一体化企业的科研能力建设。围绕商业化品种开发，将竞争性产品的研发交给企业承担。引导建立种业企业科技创新风险基金，落实对种业企业的税收优惠。开展政府支持大型企业商业育种项目试点，支持企业承担政府支持的项目。支持企业引进国内外先进育种技术、装备和高端人才，并购优势科研单位或种子企业。强化公益性科研成果对企业商业育种的科技支撑作用，鼓励教学科研机构的品种权、育种材料等资源以知识产权转化的形式向企业合理流动。让植物新品种权在高新技术企业资格认定过程与发明专利方面享有同等地位，完善落实对种业企业自主创新投入的所得税前抵扣和减免政策。支持企业加强信息收集能力和分析能力建设，明确育种的发展方向和研发重点。支持企业发展研发、生产、销售经营，形成产业整体竞争优势。完善薪酬、社会保险、职称评定等制度，引导育种研发人员转移到企业，为企业输送高端技术和管理型人才。
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