一是人工费用增加。随着经营规模的扩大，规模种粮户自身不能完成栽插、除草、施肥、病虫害防治、收割等生产环节的劳动，雇工费用大幅度提高，其中100～499亩组的雇工费用占到生产成本的35%。规模种粮户翻地整地的人工花费最多，占到雇工费用的26%，其次是插秧，占到13%，再次为喷药，占到11%，收割的雇工花费则占到9%。
二是农资成本高涨。2005～2009年，河南省的农业综合生产成本以10%的速度增加。近两年来，重庆市化肥、农药、种子等农资价格年均涨幅普遍在13%以上，2008年复合肥等肥料的涨幅近25%，人工费涨幅达35%以上，种粮成本亩均增加110～150元，严重影响了种粮的直接经济效益。在四川省，除农膜价格下降以外，其余农资价格都有不同程度的上涨。2009年杂交水稻种子均价为25.5元/公斤，比2008年上涨12.7%；杂交玉米种子均价为17.8元/公斤，比2008年上涨17.1%；化肥价格普遍上涨10%左右。在现有的粮食价格、生产投入、租金不变的情况下，很多大户只能依靠国家补贴来苦苦支撑。如果计算用工，则一些大户种粮是亏的。对安徽规模种粮户的调研表明，种一亩水稻的成本约600元，地租200元，而产出的稻谷1000斤折价不到900元（湿稻折干稻要扣除10%），纯收益不足100元，如果加上国家补贴，收益也不过250元。规模种粮户每亩要投入7个左右的工进行各种管理，工价为50元/人，这样实际上农户每亩要亏100元。规模种粮户从事粮食生产算的是经济账，规模种植的现金投入大，因此，在生产资料价格上涨、人工价格上涨而粮价偏低的情况下，一些大户只种一季稻谷，也不敢在农田基础设施方面增加投入。生产资料的质量也是一个需要关注的问题。一些大户反映，化肥质量没保证，农药使用效果不佳，“农药质量不好，打了好几遍，草还是下不去”，以及“农药质量不一，防治有时不彻底”。对335个样本户的调查表明，80.6%希望政府解决生产资料价格和质量问题。
三是土地经营权流转费用在提高。近年来，土地承包经营权的流转价格明显提高。335个样本户中，有164户提供了转入土地承包经营权的价格，这部分规模种粮户2009年一共转入12102.2亩土地，流转费用合计3135913元，亩均259.12元。各地的流转价格不一，有的规模种粮户拣地种，或者亲戚朋友邻居免费给他，不需要支付流转费用。有的则需要根据当地市场行情支付较高价格，其中有11户每年需要支付1000元/亩或者以上的价格。
四是农机具购买成本和服务成本大幅度增加。在安徽的调研表明，1000亩以上、100～1000亩的规模种粮户的农机使用费分别是93元/亩、80元/亩；30～70亩组的农户普遍使用自有小型拖拉机，农机使用费最低，而20～30亩组和20亩以下组则主要依靠农机服务，农机使用费较高，分别为44元/亩和62元/亩。
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