在中盖项目的支持下，全区卫生计生行政部门在国家卫生计生委和国家项目办大力支持、指导下，与区内相关部门密切协作，积极探索创新，2013年1月在宁夏盐池和海原进行试点，成效明显。2014年，海原县和盐池县登记初诊疑似肺结核患者分别为2021例和701例，较2013年的805例和546例分别增长150%和28%。主要有三方面的创新改革。
一是建立结核病防治新的筹资模式。将普通肺结核病病人在县级定点医院门诊和住院报销比例提高至80%，将耐利福平肺结核患者在省级定点医院报销比例提高至90%；从基本公共卫生经费中划拨资金，对承担患者发现、转诊、治疗管理工作的基层医疗卫生机构进行了工作绩效补偿，对转诊到位的疑似肺结核患者和接受治疗的患者给予交通及误餐补助；申请县财政人均筹资1元钱，对重点人群和可疑症状者给予免费筛查，提高结核病病人发现率。耐多药结核病患者在治疗期间，两县民政部门均给予每例患者3000元的交通和营养补助。
二是建立结核病防治新型三位一体的管理模式。将结核病诊疗由以前的县疾控中心移交至县医院，重新明确县医院、县疾控中心和基层医疗机构功能定位，建立完善结核病防治新型“三位一体”的管理模式，提高结核病防治效果。
三是引进新的诊疗技术和管理工具。支持项目县（区）使用LED荧光显微镜和结核病分子生物学耐药基因检测仪Genepert等先进的结核病诊断设备，提升基层结防机构常规防治工作能力，缩短了结核病检查镜检时间和耐多药患者的诊断时间，为耐药结核病患者的诊疗提供了更快捷、更科学的依据，对确诊的肺结核患者实行手机短信管理模式，保证全程督促随访管理。项目结合自治区实际，探索创新了结核病预防治疗的新模式。
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