尽管北京郊区农村集体资产存量规模庞大，截至2011年底，净资产总额1538.7亿元（不包括土地等资源性资产），但人均净资产为4.85万元，要对郊区农民财产性收入形成有力支撑，尚需进一步的培育和发展。农村集体经济组织反映出的主要问题有以下几个方面：
1.农村集体经济组织缺乏良好的发展环境。首先是法人地位不明确，缺乏法律保障。农村集体经济组织产权改革后形成的股份合作社在法律上还没有明确的法人地位。目前北京市集体经济组织登记主要有两种形式：第一种是发展较好，市场化程度较高的直接到工商部门登记为有限责任公司、股份合作制企业。如南苑乡、大屯乡、奥运村乡等；第二种是在区县经管站登记。这是郊区大多数集体经济组织采用的方式，可以“避税”，减轻集体经济组织负担。但同时没有明确的法人资格，很难在法律保护下取得经营成果，往往给生产经营带来诸多问题。如东升乡、玉渊潭乡、崔各庄乡等。其次是，承担过多社会功能，加重集体负担。由于长期以来形成的农村经济传统，改制后的集体经济组织仍然负担农村管理和服务支出。如房山区，虽然有公益事业专项补助资金，但补助金额与实际支出存在较大缺口。
产权改革后的新型农村集体经济组织终究不同于普通企业、公司，负担农民生活的社会功能是其天生职责，其作用的“公益性”远非普通企业、公司所能比拟，但也正因此更为“弱质”，理应区别对待。
2.集体经济组织制度管理还有待规范。首先，集体经济组织内部管理还不健全。主要表现为：管理层权力过大，内部监督操作存在走过场、走形式现象；监事会作用没有有效发挥，在财权上一般受制于管理层，很难发表真实意见；对集体股缺乏监管等。其次，集体经济组织缺乏外部监督。2007年到2010年9月，全市检察机关共依法起诉农村“两委”人员各类刑事犯罪案件60起92人，反映出缺乏监督和制约的重要问题。
3.农村集体资产交易市场发育不够。北京郊区农村集体资产交易市场还处于起步阶段。虽然近年来对农村产权交易进行了一定探索，如宋庄镇农村产权交易市场、北京农村产权交易所，但还不能够形成规模化交易市场。受此影响，村级集体经济组织在产权工具运用和信息获取能力上不足，得不到成熟、专业服务，难以有效盘活农村资产。
4.农村集体经济组织经济实力相差悬殊。郊区农村集体经济组织经济实力差异非常大，13个区县中，近郊朝海丰3个区县集体净资产占全市40%，人均在10万元以上；远郊人均全部为5万元以内，加剧了区域发展不均衡。
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