整体而言，台湾现行行政诉讼制度，无论于制度结构或体系内容，较诸德、法等先进国家，可谓已不遑多让，且自新法公布施行至今，行政法院审判实践与态度，亦随同大幅改变，对人民权益之保护，相较于旧法情形实不可同日而语。然因现行行政诉讼制度，从修法过程、立法审议、施行前准备，以迄2000年7月1日施行，期间长达十余年。此一期间，世界上法制及相关理论已多所变革，加以新法本身因立法技术等因素，现行法仍有若干规定有欠妥适。因此，新法一经施行，实务上即陆续产生若干问题亟须解决。对此，“司法院”复于2001年3月成立研究修正委员会，再次进行新法之检讨修正作业。研究修正委员会为博采众议，除收集相关资料外，并函请各级行政法院、各机关学校团体表示意见，并于研修会开会期间，分别于北、中、南三区举办座谈会。研修会自2001年3月2日起至2002年6月27日止，共计举行29次会议，就优先审议议题部分，完成“行政诉讼法部分条文修正草案”〔70〕，随即函请“行政院”及各行政机关就修正草案表示意见，并就其意见完成草案条文之修正后，送请“立法院”审议〔71〕（以下称“第一次草案”），但未经审议。
其后，该研究修正委员会仍持续运作，一方面就前次未完成修正议题部分继续从事修正作业，他方面并配合实务陆续产生问题及学说发展，进行研究修正。最后于2006年1月9日完成最终修正作业，完成“行政诉讼法部分条文修正草案”〔72〕（以下称“第二次草案”），“司法院”随即将该草案依法公告并送“立法院”审议中〔73〕。
鉴于前开2002年、2006年二次送请“立法院”审议，均未能完成审议，嗣后，本法虽曾于2007年因立法委员提案，再就审判权错误采移送制、扩大诉讼代理人资格、征收行政诉讼裁判费等相关条文送请“立法院”审议，并于同年6月5日三读通过、7月4日修正公布、8月15日施行，惟其仍存有相当亟待修正之处。因此，“司法院”续就2007年修正条文及2007年所提修正草案暨近年因“民事诉讼法”多次修正后本法需配合修正之条文再次一并检讨，并于2009年6月9日提出“行政诉讼法部分条文修正草案”（以下称“第三次草案”），计修正63条、增订5条〔74〕，共68条条文，预计于同年6月中旬提出于“立法院”审议。
以下，仅就前开三次修正草案内容，稍作说明。
本次修正之重要内容，依其研修会所列修正优先议题〔75〕，约有如下：
由于现行法采每章、节逐条列举准用之立法方式，于民事诉讼法经大幅度修正后，“行政诉讼法”原准用之条文已有修正或增加，致造成适用上之困扰。又因明文具体列举方式，反有排除类推适用之作用，易使“行政诉讼法”欠缺弹性与灵活性。因此，对于应否维持此种于个别法条逐条列举准用“民事诉讼法”条文之立法方式，抑或删除目前各编章节末之准用条文，而单以一条文概括规定准用“民事诉讼法”，即有检讨必要。本次草案乃将现行列举准用“民事诉讼法”之方式，改为例示准用。除保留于各章节之列举准用“民事诉讼法”之规定外，增订概括性准用规定。亦即，“民事诉讼法”之规定，除本法已规定准用者外，与行政诉讼性质不相抵触者，亦准用之（草案第307条之1）。同时，修正增列本法部分章节所准用之“民事诉讼法”条文（草案第59条、第83条、第104条、第131条、第132条及第176条等）。
现行法实施前，关于“劳工保险局”对于投保单位之劳工保险费与滞纳金债权，系经由民事督促程序实现，于现行法实施后，因前开债权属公法上金钱债权，且新法已设有一般给付诉讼，因此为数众多之此类案件，乃大量涌进三所高等行政法院〔76〕，造成实务上之庞大负担〔77〕。因此，实务界乃有参照民事诉讼之制度，增订类似督促程序规定，以解决此类涉及大量金钱给付之行政诉讼事件之提议。对此，研修会检讨结果，认为前开劳保事件之情形，系于“行政执行法”修正实施前所发生，于该法实施后，国家对于人民之公法上财产请求权，已可借由行政处分方式，径送行政执行处执行，加以现行制度已设有简易程序可资适用，故决议认为目前尚不宜准用民事诉讼督促程序，或为类似之规定。
关于审判权之冲突应如何解决，虽“司法院”大法官曾作成诸多解释〔78〕，且新法亦设有若干解决方式，惟因权限争议所生不利益，制度上仍由当事人负担。对此一不合理现象，经研修检讨后，决议于草案中增订第12条之1至第12条之4〔79〕，仿《德国法院组织法》第17条之1规定，采移送制度。亦即，草案首先规定“以起诉时为定法院审判权之基准时”，且起诉具有阻止向其他法院起诉之“法律救济途径障碍”之法律效果（草案第12条之1），且案件一旦经行政法院裁判确定者，即不容再对审判权有无问题加以争执（草案第12条之2第1项）。其次，如行政法院认为其无受理诉讼权限者，应依职权以裁定将诉讼移送至有受理权限之管辖法院；受移送之裁定确定时，受移送之法院认其亦无受理权限者，应以裁定停止诉讼程序，并申请“司法院”审理之，以确定审判权之归属（草案第12条之2第2项至第6项）〔80〕。
新法增加许多诉讼类型，对于公法上之争议，究应提起何种诉讼，当事人往往难以判断。如当事人欠缺专业能力或其陈述能力不足，致难以为适当之声明或主张。此一情形，如法官亦无法经由阐明方式解决诉讼类型选择问题时，往往阻碍案件审议程序之顺畅进行，致当事人无法谅解而屡有陈情案件发生。对此，三所高等行政法院即希望能有解决之道，而主张于立法政策上考虑采取律师强制代理主义，或为顾及民众可能因而负担加重，而设计其他解决之方式。对此一问题，经研修会检讨结果，决议修正第49条第3项至第6项，明定以非律师为诉讼代理人者，除依法令取得与诉讼事件有关之代理人资格者外，应得审判长许可；对于上诉审则采取律师强制代理制度，并设例外规定（草案第241条之1及第241条之2），以充实律师代理制度。
“司法院”依“行政法院组织法”第6条规定，设有台北、台中及高雄三所高等行政法院。新法实施至今，就三所高等行政法院收案数言，台北高等行政法院之案件，不论于质、量各方面，均远超过其他二所高等行政法院，而对法院本身造成重大负担，并使原告迅速裁判之权利有所影响。考其原因，主要系因目前行政诉讼之管辖采“以原就被”原则（第13条第1项）所致。亦即，行政诉讼向以撤销诉讼占最大宗，其中商标、专利案件之数量又长期占行政诉讼收案件数之前五名，而原处分之台湾有关主管部门绝大多数均位于台北地区，致使此类案件多集中于台北高等行政法院〔81〕。且就理论上言，学者亦有批评“以原就被”原则不符外国法例者〔82〕，乃认有检讨修正必要。
对此问题，研修会决议于，第13条增订第4项，明定法人、机关及团体之公务所、机关所在地、主事务所或主营业所所在地，不在台湾境内时，由“中央政府”所在地之高等行政法院管辖。此外，并明定因不动产征收、征用、拨用或公用之诉讼为专属管辖（草案第15条第1项）；增加其他有关不动产之公法上权利或法律关系、关于公职务关系及因公法上保险事件之诉讼之特别审判籍，以利证据调查及人民诉讼（草案第15条第2项、第15条之1、第15条之2），借以减轻台北高等行政法院之负担。
新法关于简易诉讼程序，第229条第1项明定金额或价额在新台币3万元（其后提高为10万元）以下者，适用简易诉讼程序。此一规定系于80年代所草拟，与今日之民众所得及人民生活水平有所脱离〔83〕，故有金额过低无法达成简易诉讼简省司法资源功能之疑虑。此外，有关简易诉讼之判决书记载方式，依新法第234条规定，“判决书之事实、理由，得不分项记载，并得仅记载其要领”，虽已有节省法官制作判决书劳力之设计，然“民事诉讼法”尚有更为简便之裁判书制作方式〔84〕，“行政诉讼法”能否准用此一制作方式，亦有检讨必要。
对上述问题，研修会经检讨后决议将适用简易程序之金额或价额，自3万元修正提高为10万元，并将“司法院”得因情势需要，以命令增减之金额，修正为“减为5万元或增至30万元”（草案第229条）。另于当事人就判决再争执机率不高之情形，明定得将判决主文记载于言词辩论笔录或宣示判决笔录，不另作判决书，其笔录正本或节本之送达，与判决正本之送达，有同一之效力（草案第234条之1）。
为解决涉及同一行政措施之大量案件，《德国行政法院法》设有所谓“范例诉讼”〔85〕，台湾于新法公布尚未正式施行之旧法时期，亦曾发生有类似涉及同一行政措施之大量案件，造成法院之重大负担〔86〕。因此，乃有引进德国范例诉讼之建议，以资解决类似之大量案件，或将来涉及一般处分之案件。惟经研修会审议结果，以此一制度涉及问题颇广，仍有进一步检讨必要，而未纳入此次修正草案中。
现行行政诉讼不征收裁判费，仅征收进行诉讼之必要费用。惟自司法资源应为全体人民共有以及使用者付费观点而言，行政诉讼似无不征收裁判费之特殊理由，且实务上亦已发生有因此而滥诉之例；此外，参酌台湾当前经济状况及人民生活水平，征收行政诉讼之裁判费应可为多数人民所接受。据此，研修会乃决议行政诉讼之裁判费，除法律别有规定外，当事人应预纳之；而诉讼费用之征收及计算，则另以法律定之（草案第98条）〔87〕。
关于德国之“公益代表人制度”，系于联邦或邦之“内政部”，设置公益代表人，由其代表联邦或邦政府参与诉讼，以使联邦或邦中各部会法律之立法背景及功能，得以传递予法院供作审判之参考；或联邦或邦政府得要求其参与诉讼成为诉讼之当事人，其除可向联邦或邦行政法院提出书面意见外，并得于言词辩论时为陈述。对于此一制度之引进与否，研修会讨论结果，考虑台湾并非采联邦制，且目前并无急迫性，而决定继续研议，暂不作结论。
“司法院”审判机关化系司法改革之主要目标，“司法院”大法官释字第530号解释并曾谕知相关法律应自该号解释公布之日起2年内检讨修正。亦即，应于2003年10月5日前将“司法院”修正为审判机关，掌理包括现行“最高法院”、“最高行政法院”、“公务员惩戒委员会”等审判机关之职掌〔88〕。因此，新法中有关“最高行政法院”、“行政法院”等名称，亦应配合修正。经研修会逐条检讨后，将：（1）各条文中称“行政法院”系专指高等行政法院者，均将“行政法院”用语修正为“高等行政法院”（如第105条、第110条、第111条、第112条等）；（2）条文中有“最高行政法院”用语者，则一律修正为“司法院”；（3）除上开二种情形外，条文之“行政法院”用语同时涵盖高等行政法院及“最高行政法院”者，则以增订第3条之1之方式，规定“本法所称行政法院者，指‘司法院’及‘高等行政法院’”，以为解决。
其余修正之内容〔89〕，值得一提者，例如：（1）现行法就课予义务诉讼疏未规定起诉期间，故参照撤销诉讼起诉期间之规定予以明定（草案第5条、第106条第1项）。（2）新法对于不经诉愿决定而提起之撤销诉讼以及课予义务诉讼之起诉期间，漏未规定，遂于草案第106条第3项、第4项，明定应于行政处分达到或公告后二个月之不变期间内为之；不经诉愿程序即得提起第5条第1项之诉讼者，应于作为期间届满后，始得为之。但于期间届满后，已逾三年者，不得提起。（3）关于再审制度，为防止当事人就同一事件一再提起再审，研修会亦决议增订第274条之1，规定：再审之诉，行政法院认无再审理由，判决驳回后，不得以同一事由，对于原确定判决或驳回再审之诉之确定判决，更行提起再审之诉。
本次修正延续第一次修正草案之成果，继续就未完成议题加以审议，并于审议完成后整合第一次修正草案内容后而成，因此，本次草案若干修正内容与第一次草案有相当重复之处，草案增、删、修条文数量颇多，总计删除4条、修正150条、增订17条，共计171条。以下，除已于前开第一次草案所论述者外，本次主要修正内容如下：
原第一次草案为配合“司法院”审判机关化，将行政法院分别明定为“司法院”与“高等行政法院”，惟因最后“司法院”及其他各级法院组织如何修正仍属未定，为免将来一再修正行政法院之名称用语，本次修正遂：（1）将现行条文中“最高行政法院”之用语，修正为“终审行政法院”。（2）将现行条文中“行政法院”之用语，单指“最高行政法院”或“高等行政法院”者，分别修正为“终审行政法院”及“高等行政法院”；兼指“高等行政法院”及“最高行政法院”者，则保留“行政法院”文字。
本次草案整合现行法第9条维护公益诉讼与第35条之团体诉讼，确立“利他的团体诉讼制度”，明定于法律有特别规定情形，公益团体于其章程所订目的范围内，得为公益提起诉讼及其限制（草案第11条之1）。此外，为落实公益团体之程序参与权，并进一步规定，此一团体诉讼之特别诉讼要件（草案第11条之2〔90〕）。因此，本次修正实已大幅扩张公益团体于行政诉讼之角色与任务，可谓进步之立法；惟因其起诉之容许性，仍须以个别法律有明文规定者为限，与现行法之设计系为解决于个别法无明文规定情形，亦得径依行政诉讼法之规定提起此类客观诉讼之目的而言，却又未免为德不足。
为防止当事人滥行起诉，增加法院之负担，造成司法资源的严重浪费，于第一审程序及上诉审程序增订诉讼显无理由，且系以滥用诉讼程序为目的者，行政法院得以滥诉为理由，裁定驳回之，并得处新台币6万元以下罚锾；又有鉴于人民一再滥行提起再审之诉，于再审程序亦明定得处新台币10万元以下罚锾（草案第107条、第255条之1、第278条）。
包括：（1）将对证人受合法之通知，无正当理由而不到场者，及经再次通知仍不到场者，处罚锾之金额，分别自新台币3000元以下及15000元以下，提高为新台币3万元以下及6万元以下（草案第143条）。（2）对拒绝证言之证人处罚锾之金额，自新台币3000元以下，提高为3万元以下（草案第148条）。（3）对第三人无正当理由不从提出文书之命者，处罚锾之金额，自新台币3000元以下，提高为3万元以下（草案第169条）。
明定发问之范围、当事人得向审判长陈明后自行发问及不当发问之限制（草案第154条）。
明定法院得定期命当事人陈述事实及指出证据方法，及因可归责于当事人之事由而迟延提出有碍于诉讼之终结时，法院得不予斟酌（草案第125条之1）。
明定经当事人同意者，高等行政法院得不经言词辩论而为裁判，以兼顾当事人之程序利益及实体利益（草案第188条）。
本次修正又再将适用简易诉讼程序诉讼标的之金额或价额再予调整，将本法适用简易程序之金额或价额自新台币3万元修正为20万元，及“司法院”得因情势需要，以命令将此数额减为新台币2万元或增至新台币20万元之规定，修正为减为新台币10万元或增至新台币50万元（草案第229条）。
本次修正除延续第一次草案内容，明定：（1）原告之诉因显无理由而驳回之判决，其判决书内容得以简化之方式记载要领；（2）增订高等行政法院赞同行政处分或诉愿决定书之理由者，得加以引用（草案第209条）；（3）在当事人就判决再争执机率不高之情形，明定得将判决主文记载于言词辩论笔录或宣示判决笔录，不另作判决书，其笔录正本或节本之送达，与判决正本之送达，有同一之效力（草案第234条之1）外，并进一步规定行政法院以原告之诉，依其所诉之事实，在法律上显无理由，而不经言词辩论判决驳回其诉时，其判决书之制作，得不分项记载事实及理由，并得仅记载其要领（草案第209条第4项）。
包括：（1）明定除本法第243条第2项所定判决当然违背法令之情形外，通常诉讼程序事件，其上诉亦应经终审行政法院之许可，及其许可之条件（草案第243条之1）。（2）明定应经许可始得上诉者，其上诉状内应表明应予许可之理由，其未表明者，应于提起上诉后20日内补具，逾期未提出者，行政法院毋庸命补正，得径以裁定驳回（草案第244条、第245条、第249条）。
除第一次修正内容（草案第274条之1、第275条）外，再增订对于再审之诉之再审确定判决不服，复提起再审之诉，其期间之起算，原则自“原判决确定时起算”，以限制人民再审之提起（草案第276条）。
将现行法条文用语不当及有疑义者修正厘清（草案第6条、第7条、第8条、第24条、第112条、第113条、第299条）。其较重要者为：（1）修正第6条第1项，明定违法确认诉讼之诉讼对象，限于“已执行而无回复原状可能之行政处分或已消灭之行政处分”；（2）修正草案第7条规定，回复旧法之制度设计，规定国家赔偿诉讼仅能以“附带”于行政诉讼方式，请求损害赔偿；（3）修正第8条规定，明定原则上凡因公法上原因发生给付请求，而非属课予义务诉讼之适用范围者，均得提起一般给付诉讼；（4）修正现行法第112条之关于反诉限制之错误用语，修改为“对于撤销诉讼及课予义务诉讼，不得提起反诉”。
除第一次草案已有之修正〔91〕外，包括：（1）明定寄存送达自寄存之日起，经十日发生效力，并修正寄存机关保存文书期间为二个月（草案第73条）。（2）第三人申请阅览卷宗，修正为应经行政法院裁定许可。并增订授权“司法院”订定阅卷规则之规定（草案第96条）。（3）修正诉之变更或追加应予准许之条件，并增列课予义务诉讼，依法应经诉愿程序而未为之者，不适用诉之变更、追加之规定（草案第111条）。（4）明定法院认为诉之撤回有碍公益之维护者，应以裁定驳回，以期明确（草案第114条）。（5）增订涉及隐私、业务秘密之诉讼文书，持有文书之诉讼关系人得拒绝提出之规定（草案第163条、第164条、第168条）。（6）当事人合意停止或视为合意停止诉讼程序，于公益之维护有碍者，明定法院应于两造陈明后，于一个月内裁定续行诉讼，以免延滞（草案第183条、第185条）。（7）增订撤销诉讼中，法院得以事实未臻明确为由，仅以程序判决撤销原处分及诉愿决定，而由原处分机关再为调查处分之例外规定（草案第195条）。（8）明定撤销诉讼进行中，原行政处分已执行而无回复可能或已消灭者，得依申请确认行政处分为违法（草案第196条）。
本修正草案计修正63条、增订5条，共68条。增修要点如下：
1．明定诉愿机关迟延不为决定时，人民得径行提起课予义务诉讼。（修正条文第5条）。
2．现行法就课予义务诉讼、不经诉愿决定即可提起撤销诉讼或课予义务诉讼之情形，漏未规定起诉期间，爰明定之。（修正条文第106条）
1．明定其他法院将诉讼移送至行政法院者，移送前所生之诉讼费用，视为行政法院诉讼费用之一部分，并明定应补行征收诉讼费用或溢收诉讼费用之处理。（增订条文第12条之5）
2．明定溢收诉讼费用之处理，准用“民事诉讼法”第77条之26。（修正条文第104条）
3．明定准予诉讼救助之本案诉讼，于裁判确定后有关诉讼费用之征收，准用“民事诉讼法”第114条第1项之规定，及关于诉讼救助之裁定，准用“民事诉讼法”第115条规定，得为抗告。（修正条文第104条）
增加其他有关不动产之公法上权利或法律关系、关于公务员职务关系及因公法上保险事件之诉讼之特别审判籍，以利证据调查及人民诉讼。（修正条文第15条，增订第15条之1、第15条之2）
1．明定对无诉讼能力之人送达应向其法定代理人全体为之，如有应送达处所不明者，始得向其余之法定代理人为之，以保障该当事人权益。（修正条文第64条）
2．删除当事人或代理人未依审判长之命指定送达代收人时，得将应送达文书付邮，并以付邮时视为送达时之规定，以避免当事人遭受程序上不利益。（修正条文第67条）
3．充实寄存送达程序，并增订寄存送达之生效日及寄存文书之保存期限，以利程序顺利进行及兼顾应受送达人之权益。（修正条文第73条）
将本法适用简易程序之金额或价额自新台币3万元修正为30万元，及“司法院”得因情势需要，以命令将此数额减为新台币2万元或增至新台币20万元之规定，修正为减为新台币10万元或增至新台币50万元，并配合修改相关规定。（修正条文第229条、第230条）
明定再审之诉，行政法院认无再审理由，判决驳回后，不得以同一事由对于原确定判决或驳回再审之诉之确定判决，更行提起再审之诉。（增订条文第274条之1）
将现行法条文用语不当及有疑义者修正厘清。（修正条文第5条、第6条、第12条之2、第12条之4、第24条、第62条、第70条、第75条、第77条、第97条、第112条、第259条、第273条）
将现行条文有关“左列”文字，全部修正为“下列”。（修正条文第16条、第19条、第24条、第37条、第39条、第43条、第57条、第81条、第105条、第111条、第121条、第128条、第129条、第145条、第146条、第151条、第163条、第200条、第209条、第229条、第243条、第244条、第253条、第259条、第273条、第277条、第286条）
1．将现行列举准用“民事诉讼法”之方式，改为例示准用。除保留于各章节之列举准用“民事诉讼法”之规定外，增订概括性准用规定，即“民事诉讼法”之规定，除本法已规定准用者外，与行政诉讼性质不相抵触者，亦准用之。（修正条文第307条之1）
2．检讨“民事诉讼法”于1999年2月3日、2000年2月9日、2003年2月7日、2003年6月25日、2007年3月21日、2007年12月26日、2009年1月21日修正公布之条文，修正增列本法部分章节所准用之“民事诉讼法”条文。（修正条文第18条、第20条、第59条、第83条、第104条、第131条、第132条、第149条、第166条、第176条、第272条）
1．参考“民事诉讼法”之修正，修正法官回避事由。（修正条文第19条）
2．第三人申请阅览卷宗，修正为应经行政法院裁定许可。并增订授权“司法院”订定阅卷规则之规定。（修正条文第96条）
3．参考“民事诉讼法”之修正，关于定期命当事人缴纳裁判费与进行诉讼之必要费用，修正由审判长为之。（修正条文第100条）
4．将行政机关送交卷证之义务扩及所有之诉讼种类，并延长卷证之送交期间。（修正条文第108条）
5．将高等行政法院审理停止执行之申请，应征询当事人之意见，修正为得征询当事人之意见。（修正条文第116条）
6．参考“民事诉讼法”修正删除审判长命庭员朗读调查证据笔录之规定。（修正条文第141条）
7．检讨保障当事人对于证人发问权利之规定。（修正条文第154条）
8．参考“民事诉讼法”之修正，明定损害赔偿诉讼，原告已证明受有损害，而不能证明其数额或证明显有重大困难时，法院应审酌一切情况，依所得心证定其数额。（修正条文第189条）
9．明定撤销诉讼进行中，原行政处分已执行而无回复可能或已消灭者，得依申请确认行政处分为违法。（修正条文第196条）
10．参考“民事诉讼法”之修正，将指定宣示判决期日，自辩论终结时起不得逾七日修正为不得逾二星期。（修正条文第204条）
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