1990年6月全国第一个封关运作的保税区——上海外高桥保税区成立运行；2004年全国第一个保税物流园区——外高桥保税物流园区成立；2005年全国第一个实行“区港一体”封关运作的特殊监管区域洋山保税港区成立；2009年7月实行保税物流区域与机场货运区一体化运作模式的浦东机场综合保税区正式运行。2009年11月，以上三个区域正式整合成上海综合保税区（共28.78平方公里），实行统一管理；2013年8月，国务院正式批准设立全国第一个自贸试验区，即中国（上海）自由贸易试验区，以原上海综合保税区28.78平方公里为实施载体。2014年12 月28日全国人大常务委员会授权国务院扩展中国（上海）自由贸易试验区区域，将面积扩展到120.72平方公里，即除了原来的保税区域外，新增陆家嘴金融片区、金桥开发片区和张江高科技片区等三个片区。每一次大的制度变革，都是贸易便利化的大踏步推进，为企业的成长创造了更好的营商环境。
上海外高桥保税区作为国内首个保税区，是在20世纪90年代初国家推进浦东开发开放的历史背景下诞生的。当时的国家经济政治形势下，对于采用“计划经济”还是“市场经济”作为国家经济发展的方向尚未定调，国家整体改革开放程度相对较低。1990年4月，中国政府决定开发开放上海浦东，使其成为中国改革开放的窗口和排头兵，而对外开放的平台就是1990年6月国务院正式批准成立的上海外高桥保税区，她是国内第一个海关特殊监管区域，国家期待通过上海外高桥保税区的率先对外开放，为推动整个国家的改革开放提供试验田和试点基础。
1990年9月8日，海关总署颁布了《中华人民共和国海关对进出上海外高桥保税区货物、运输工具和个人携带物品的管理办法》（海关总署令第13号），这成为国内第一个海关制定的关于保税区的法规。
其贸易便利化的基本特征是：（1）保税区内生产企业的保税产品实行专门账册管理。《管理办法》第十四条规定：保税区内的生产企业应向海关备案，领取有关《登记手册》。上述企业应对原材料、零部件、元器件及制成品等的进口、储存、出口、销售等情况，分别建立专门账册，定期列表报送海关备查、核销。（2）保税区内的外贸企业也实行专门账册管理。《管理办法》第十九条规定，保税区外贸企业进口的货物应存入保税区内海关指定的仓库、场所，并建立专门账册，定期列表报送海关核查。（3）保税区内的仓储企业可以从事转口贸易，并也执行专门账册管理。同时，《管理办法》明确，上海外高桥保税区为海关监管区，并通过物理围网的形式将区内和区外进行隔离，在保税区与非保税区（指中国境内的其他地区）分界线设置完善的隔离设施，这是贸易便利化所需的最基本的基础设施。
经过六年多的实践，上海外高桥保税区的发展渐成规模，并形成了基本的管理框架，1996年12月20日，上海市人民代表大会常务委员会正式发布《上海市外高桥保税区条例》（上海市人大常委会公告第五十五号），决定该条例自1997年1月1日起施行。
外高桥保税区建设的目标是，通过借鉴国际自由贸易区通行规则，扩大对外开放，发展国际贸易；监管主要采用物理围网的模式；功能定位包括发展进出口贸易、转口贸易、加工贸易及其他与贸易有关的服务业态；发展导向是以出口为导向；进出入管理采用“一线放开、二线管住”的模式；同时，为吸引国内外企业入驻，对区内生产型企业和贸易仓储等非生产型企业，实行税收优惠政策。需要指出的是，外高桥保税区建设的快速推进，与其管理模式密切相关，外高桥保税区采用“管委会＋开发公司”的管理模式，管委会是上海市政府派出机构，负责行政事务管理；而保税区开发公司则受管委会委托，负责保税区开发、招商等具体事务运营，这种科学、合理的管理模式保证了保税区建设和运营的效率。
上海外高桥保税区的先行先试，为国家提供了可复制和可推广的实践经验，保税区在东部沿海城市相继设立，到1996年，共设立了15个保税区，除外高桥保税区外，还包括深圳沙头角、深圳福田、深圳盐田、广州、珠海、天津港、厦门象屿、张家港、宁波、福州、青岛、汕头、大连和海口保税区，这些保税区基本是以上海外高桥保税区的建设经验为基础，再结合各地的特点进行保税区建设的初步探索。
随着15个保税区的运行，特别是根据我国贸易发展阶段的变化和保税区的实践经验，1997年，海关总署制定了国内第一个全国层面保税区的海关监管法规，即《保税区海关监管办法》（海关总署令第65号）。其基本特征是建立在有效监管基础上的贸易便利化，这种有效监管主要包括对不同货物性质的识别，保税区内货物与境外货物，以及保税区内货物中的保税货物或非保税货物，这是货物状态分类制度监管的雏形，同时采用区内企业与海关实行电子计算机联网，进行电子数据交换。
《保税区海关监管办法》体现在贸易便利化方面的措施是：（1）加工贸易的便利化政策，不执行加工贸易手册管理，不执行加工贸易台账。（2）对涉及生产的设备和维修给予免税，实际上是供应链贸易中的便利化措施。
《保税区海关监管办法》第十二条规定，“从境外进入保税区的货物，其进口关税和进口环节税收，除法律、行政法规另有规定外，按照下列规定办理：（一）区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和其他基建物资，予以免税；（二）区内企业自用的生产、管理设备和自用合理数量的办公用品及其所需的维修零配件，生产用燃料，建设生产厂房、仓储设施所需的物资、设备，予以免税；（三）保税区行政管理机构自用合理数据的管理设备和办公用品及其所需的维修零配件，予以免税；（四）区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物件，予以保税。”
保税区的制度和政策优势吸引了大量加工贸易企业入驻，加工贸易在保税区内蓬勃发展。以上海外高桥保税区为例，1997年加工贸易出口3.84亿美元，1998年增长到7.28亿美元，在当年金融危机的背景下，1999年再成倍增长到14.92亿美元，到2000年已经增加到16.09亿美元，保税区加工贸易出口占全部出口的比重达81.2%。整个“九五计划”期间，外高桥保税区加工贸易的年均增长率达87.2%。
与此同时，外高桥保税区的保税仓储转口贸易方式也获得了迅速发展，1997年保税区仓储转口进口货物为7.86亿美元，占全部进口的比重仅为38.3%；2000年，保税区仓储转口进口贸易额增长到41.14亿美元，占全部进口的比重增加到72.9%。整个“九五计划”期间，外高桥保税区仓储转口进口的年均增长率达73.6%。保税区仓储转口贸易的迅速发展，体现了外高桥保税区贸易物流功能的发挥，符合国家和上海对于外高桥保税区发展的功能定位。
刚刚成立上海外高桥保税区时，保税区的主要业务是围绕制造加工进行保税业务，但随着中国在全球价值链中的深化，各种业务模式出现，政府机构在有效监管的模式下不断创新贸易方式，至今已经涵盖了九种货物贸易方式，除了一般贸易、来料加工装配贸易和进料加工贸易外，还有加工贸易进口设备，租赁贸易，外商投资企业作为投资进口的设备、物品，保税监管场所进出境货物，海关特殊监管区域物流货物和其他贸易，特别是适合特殊监管区的保税区离岸贸易的发展。
上海综合保税区2012年度实现进出口额1130亿美元，占浦东新区的比重为47%，占上海市比重为25.7%。区内商品销售收入达到11000亿元，工商税收430亿元，占浦东新区21%。提供就业，26万人。与1995年相比较，上海综合保税区的生产总值增加了312倍，进出口货物增加了184倍（见表9.1）。
表9.1 上海综合保税区主要经济指标（1995、2012年度）
资料来源：《上海综合保税区的经济发展统计公报2012》。
从与全国保税区的比较看，上海综合保税区面积只占全国的13.07%，但销售收入占全国的41.01%，税收占全国的44.24%（见表9.2）。
表9.2 上海综合保税区占全国保税区的比重
资料来源：根据中国保税区出口加工区协会：《中国保税区出口加工区年鉴，2013》相关数据整理而成。历年统计是指截止到2012年的经济数据。
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