1.上海自贸试验区制度创新的先发优势
（1）服务业扩大外开放的新格局。
根据国务院公布的《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》，自贸试验区在金融服务、航运服务、商贸服务、专业服务、文化服务和社会服务领域扩大对外开放，暂停或取消投资者资质要求、股比限制、经营范围限制等准入限制措施（银行业机构、信息通信服务除外）。同时，实行了负面清单的管理模式和外资准入前国民待遇，对外开放水平大幅提高。
（2）与国际接轨的制度框架。
上海自贸试验区按照先行先试、风险可控、分步推进、逐步完善的方式，初步形成了与国际投资、贸易通行规则相衔接的基本制度框架。一是基本建立了以“准入前国民待遇+负面清单”为主的投资管理基本制度框架，实现了由正面清单管理和审批管理向负面清单管理和备案管理的转变。二是基本建立了以便利化和国际化为特征的贸易管理制度框架，实现了由关境上便利化向关境内便利化的转变。三是稳妥推行了以“单一窗口、分类监管、便捷高效”为核心思想的海关监管基本制度框架，逐步实现“一线放开、二线管住、区内不干预”的国际公认海关管理管理标准。四是探索建立以“分账体系+有限渗透”为核心的金融（外汇）基本管理制度，推动实现了人民币国际化、利率市场化、外汇管理体制改革和审慎监管的金融开放思路。五是初步建立了以“事中事后动态监管+大数据网络平台”为支撑的综合监管执法基本制度框架，实现了从事前审批和主体监管向事中事后监管和功能监管的转变。
（3）为全国深化政府体制改革起到了示范引领作用。
形成一批可在全国复制推广的政府管理创新制度，包括外商投资项目备案管理、境外投资项目管理、新设企业注册资本认缴制、统一营业执照样式、企业准入“单一窗口”制度等领域的5项制度创新。
形成一批可在特定区域内复制推广的政府监管创新制度。在海关监管制度方面，一线进境货物先进区后报关、区内企业货物流转自行运输等14项自贸试验区在海关监管方面的制度创新已于2014年8月18日起在长江经济带9省2市12个海关特殊监管区域复制推广，8月底起在全国海关特殊监管区域复制推广。在检验检疫制度方面，进境货物预检验等8项自贸试验区在检验检疫方面的试验成果已于近期由国家检验检疫总局安排在全国海关特殊监管区域和场所复制推广。在海事监管制度方面，海事行政许可全程透明等2项海事监管领域的试验成果已经复制到全国海事系统，自贸试验区水域国际航行船舶航海监管技术和海事诚信管理综合体系等试验成果也已在特定区域内逐步复制推广。
2.上海自贸试验区制度创新的劣势
（1）与中美、中欧BIT谈判联动不够。
上海自贸试验区的建区初衷之一是为中美、中欧BIT谈判服务，对一些可能对中国产生重大影响的高标准国际投资贸易规则先行先试，为谈判提供参考。由于上海目前没有服务国家战略谈判的介入平台，自贸试验区与中美、中欧BIT谈判的联动机制尚未形成。
（2）在内容等方面与国际规则尚不接轨。
目前美国等发达国家及新兴经济体（如韩国）的负面清单设计方向，基本都是短清单模式，而目前上海自贸试验区的负面清单仍显冗长。
美国BIT范本的投资是“宽口径”，包括直接投资和间接投资；上海自贸试验区现行负面清单的投资是“窄口径”，主要针对外资准入前设立阶段和直接投资。
从不符措施内容和涵盖门类看，美国BIT范本不符措施内容指向是就国民待遇、业绩要求、高管和董事会要求等多方面展开，而上海自贸试验区现行负面清单仅针对国民待遇；美国BIT范本涵盖国民经济所有门类，现行上海自贸试验区负面清单则不包括社会组织和国际组织两个门类。
上海自贸试验区负面清单有些特别许可的准入措施表述含混，透明度需要进一步提高。如对于外资企业所关心的有关解决市场准入和投资程序方面的内容，目前负面清单中的表述或是缺乏或是模糊。
（3）区域面积受限为自贸区的扩大发展带来诸多障碍。
自贸试验区范围限制导致很多开放领域无法试。如新一版负面清单将投资铁路货运公司、建设和运营燃煤电厂方面的限制解除，只能在全国来看很有意义。自贸试验区面积受限使教育、医疗、文化等领域的开放都缺乏可操作性。自贸试验区空间有限使得跨国公司和国内大型企业的入驻很困难。
虽然扩容后的自贸试验区范围扩大，但是在具备条件及风险可控情况下，仍然可以考虑继续扩大试验区范围，促使自贸试验区对于上海发展现代服务业，尽快促进经济转型升级能够起到一定作用。
（4）制度创新缺乏联动性。
很多制度创新往往来自单个或数个政府部门，与市场还缺乏充分的衔接。例如，对外收付汇一项就依赖于政府部门、商业银行和企业等多个机构的协同创新，单看推出外汇政策作用并不明显。
不同政府部门之间缺乏联动性。如人民银行出台的“金改三十条”，如投融资便利化、资本项目可兑换等，不仅仅是金融问题，也涉及其他部门，需要各部门联动改革；再如知识产权、食品药品、税务等领域专业性很强，仅靠城管、工商等单一主体很难推进。
有些制度创新并没有很好地针对和实现企业的需求。企业迫切关心的一些重点问题未能突破。如跨境资本流通的瓶颈仍未破解，再如税收政策不具国际竞争力，与香港、新加坡等地比，整体税负还是过重，离岸金融、保险、航运等业务的税收优惠不足。
中央和地方的制度创新的联动性也不足。中央授权不足，先行先试缺乏法治保障，改革被各项法律法规像铁丝网一样紧紧束缚住，导致束手束脚。一些制度创新是国家事权，自贸试验区难以单独推进，如国家安全审查、反垄断等制度。
（5）需要进一步突出“先试先行”。
自贸试验区先试先行的要求未充分实现。如在人民币外债限制、对融资性企业的支持等方面，上海自贸试验区不如天津；在人民币跨境借款方面，上海自贸试验区有实缴资本1∶1限制，创新程度不及深圳。
社会服务和专业服务等领域还需要新的突破。如根据现有文物保护法，禁止设立中外合资、中外合作和外商独资的文物商店或者经营文物拍卖的拍卖企业。再如，国家目前禁止外资进入电影后期制作经营领域，禁止设立上网服务企业等。
对外投资缺乏直接鼓励措施，跨国公司地区总部开展跨境投资功能缺失。政府应尽快出台支持跨国公司开展跨境投资的鼓励性政策，方便其开展亚太区域内股权投资，增强其在亚太区域的投资功能和话语权。
上海在全球科创中心建设过程中关于高端与拔尖人才认定过于宽泛与模糊，没有深圳前海现代服务业示范区认定具体，且在个人所得税征收方面显得改革力度不大。这些阻碍因素均可能会导致上海科创中心在人才引进方面面临困境。
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