目前，我国政府调控城市土地主要存在六个方面的问题:第一，土地资源配置仍带有计划经济体制下行政分配的特点，如擅自改变土地规划、改变土地利用结构，土地供应缺乏透明度等。第二，我国“双轨制”的城市土地供给制度造成使用和管理城市土地的粗放和浪费。第三，多头供地，本来真正代表政府供地的是各级国土部门，可是目前统征土地、供应土地的单位不止国土部门，其他单位和部门也在征地和供地。第四，多数城市政府采取直接生地上市，放弃对生地的开发权，把基础设施、配套设施、征地拆迁等工作全部交给开发商或用地者，放弃了获取巨额土地增值的机会。第五，各级地方政府从局部利益出发，从自己的政绩出发，打着经营城市的旗号，新建开发区，营造所谓的形象工程，导致土地供给失控。第六，土地滥用现象比较突出，没有得到及时制止，具体表现主要为:一是低效开发和使用土地。二是环境透支严重。在一些旧城改造中，高强度的开发越来越激烈，中心城区的住宅面积大规模增长，但是中心城区各种环境指标实际增加并不多。三是城市内的圈地活动频繁。一些囤积土地的单位搞了点形象性的开发，就躲掉了政府对不开发土地的查处。一些拥有土地的单位囤积居奇，等待获取暴利。产生上述问题的原因很多，主要包括以下几个方面:第一，体制问题、政府职能问题。改革开放以来，经济发展一直是政府工作的核心。建立多少合资企业、创办多少开发区、引进多少外资、创造多少产值，不仅是衡量经济发展的指标，也是考核一任政府政绩的重要指标。因此，自然有人在城市土地上大做文章。加之，我国现阶段的土地管理体制实行的是中央与地方政府分权、以多级政府审批权限结构为基础的城市政府代表制，这又为城市土地失控提供了现实可能性。第二，投资过热、投资过量，经济增长超前问题。第三，土地产权问题。目前我国土地产权主体仍然不明晰，责任不明确。第四，使用成本问题。计划经济时期土地实行无偿划拨，现在虽然实行有偿出让，但使用成本不高，对土地使用者来说不痛不痒，无法使土地使用者高效利用土地。第五，土地市场不发育问题。第六，观念问题。目前我们对城市土地的调控还停留在比较粗放的观念上，要树立高效调控城市土地的观念还需要一个过程。
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