顾名思义，双边或区域贸易自由协定应该服务于推动国际贸易的进一步自由化这个目的，但是知识产权保护制度在本质上并非服务于贸易自由化，相反，知识产权制度可能在实际上产生限制贸易的后果。23美国从20世纪80年代开始采取将知识产权与贸易挂钩的政策，在乌拉圭回合谈判中纳入知识产权议题，催生了与贸易有关的知识产权协议。而如今美国又借助自由贸易协定加强知识产权保护水平，其政策背景与动因是值得深入发掘的。从经济、政治和历史渊源等角度出发，美国的知识产权政策至少存在如下动因：
第一，从对外经济政策制定的经济基础来看，美国经济的基本情况决定了美国必然强调、推动全球知识产权保护水平的不断提高，这是最为根本的动因。
从宏观的产业层面来看，知识产权所保护的科技研发成果已经成为美国参与国际经济竞争的最重要资本。根据美国国家自然基金会相关统计数据显示，从1991年到2004年（2005年后数据未统计出），经济合作与发展组织国家在研究与开发方面的投资占国内生产总值的比重从1991年的2．19%上升到2004年的2．25%，2004年美国研究与开发投资占国内生产总值比重达到2．56%。24而中国在2006年的相应数据则仅为1．42%。25
从企业的微观从面上看，以知识产权为代表的无形资产已经成为美国许多企业最重要的资产形式，所谓“知识产权资本主义”的时代已然到来。26 2003年，美国上市交易企业全部资产的30%是有形资产，70%是无形资产，其中13%是软件和版权，11%是专利，9%是商业秘密，38%是其他无形资产。把软件和版权、专利和商业秘密的资产相加，知识产权占企业总资产的33%。27因此，对于美国和其他发达国家来说，与亚洲新兴经济体中之制造中心相比，其在传统制造业方面的领先优势正在迅速衰弱，导致其更为强调将创新和信息产品作为比较优势的来源。28
第二，从对外经济政策的历史渊源来看，双边主义的贸易政策是美国久已采用的传统政策手段。
美国曾经广泛运用友好通商航海条约这一双边机制开展国际经济交往，而知识产权保护也经常是这类条约的一个组成部分。早在1903年，美国与中国签订的《中美通商行船续订条约》中就包含了对版权提供保护的相关规定。29在20世纪中期大量签署的双边和区域贸易协定，以及20世纪七八十年代签署的双边投资协定更是成为美国对外经济关系的一个重要特征。因此，美国推定的双边主义贸易政策是具有深远的历史渊源的，美国运用起来可谓驾轻就熟。
第三，从多边体制转向双边体制，反映出美国在对外贸易政策中采取的“制度转移”战略。对于美国而言，开展双边谈判可以避免多边体制所固有的缺陷。
所谓“制度转移”（regime shift）战略，美国学者曾做过非常准确的定义和分析，他认为制度转移是各国在国际法律制度的发展过程中，为了使法律的发展方向符合自身利益而利用不同的法律制度，并在这些法律制度之间进行战略性转移的行为。30在知识产权议题中，这种策略体现的尤为明显。制度转移包括两种情形，一是制度间（inter-regime shift）的转移，二是制度内（intra-regime shift）的转移。31美国将知识产权议题从世界知识产权组织转移到乌拉圭回合多边贸易谈判，又将其从世界贸易组织多哈回合谈判转移到双边和区域自由贸易协定中，都属于知识产权法律制度内的转移，体现的是制度内转移战略。因为在这些谈判中，美国和发展中国家的博弈仍然是围绕着知识产权保护制度本身展开的。但是发展中国家从国际人权法、保护生物多样性等法律制度的角度争取在知识产权保护方面的自主政策空间，则属于制度间的转移。
美国可以说是制度内（intra-regime shift）转移战略的积极运用者。美国利用自由贸易协定推动知识产权保护的做法充分体现了对制度内转移战略的应用。对美国来说，与贸易有关的知识产权虽然极大提高了国际知识产权保护的门槛，但是仍然存在如下种种缺陷：
第一，在与贸易有关的知识产权协议谈判过程中，美国为了换取发展中国家在农业等领域的合作，不得不在知识产权保护方面对发展中国家做出了一些让步，允许发展中国家保留一定的政策空间，比如与贸易有关的知识产权协议第31条关于药品强制许可的规定。
第二，由于发展中国家在多边贸易谈判中就知识产权等问题形成了相互结盟关系，美国在知识产权保护方面做出的让步被一些在贸易方面对其无足轻重的国家所获得，这被美国的一些利益集团视为毫无必要的损失。32
而在某些特定的知识产权保护问题，比如对地理标志的保护方面，连欧盟也与美国采取了不同的立场，存在巨大的利益分歧，不得不相互妥协。33
第三，随着时间的推移，包括美国在内的发达国家又认为，从事假货贸易的制造者和销售者在侵权手段方面很有创造性，而与贸易有关的知识产权协议则受到其立法规定中的模糊性的困扰，导致对知识产权的保护不力。34因此，与贸易有关的知识产权协议在现阶段已经不能满足美国的需要，这是美国采取制度内转移战略的根本动因。
在与贸易有关的知识产权协议不能满足其要求的情况下，美国也可以选择在多边贸易体制下寻求修改与贸易有关的知识产权协议。但是多哈回合谈判目前已经陷于停滞，迟迟不能达成新的协议，使美国认为多边体制的效率过低。而且，从目前的情况来看，知识产权议题在多哈回合中也并不是重点议题。坎昆会议在2003年的中止使美国放弃了对多边体制的期望，认为加强知识产权保护必须依赖于双边协议的途径。35
第四，自由贸易协定也是美国霸权力量的运用，可以使美国在贸易谈判中强大的议价能力得到充分发挥。
美国作为世界唯一的超级大国，不仅拥有强大的政治、军事实力，而且美国也拥有世界最庞大的国内市场。对于那些产品出口依赖于美国市场的国家而言，美国在贸易谈判中的优势是显而易见的。发展中国家为了获得美国在货物贸易市场准入方面的让步，不得不在知识产权保护问题上做出让步。这在美洲自由贸易区的谈判中得到了鲜明体现，美国完全主导了整个谈判议程。36美国在20世纪80年代和90年代曾经就通过特别301条款这一单边主义机制强迫某些发展中国家在知识产权保护问题上就范。而如今，在美国学者看来，美国双边自由贸易协定中的知识产权保护条款在本质上也只是“特别301”条款的更为“和缓”的版本而已，在本质上都是对美国经济实力的充分运用。37其进一步提出，美国在后与贸易有关的知识产权时代所采取的双边主义政策实际上反映的是美国在国际政治领域的单边主义和孤立主义倾向。38
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