在我国经济市场化的进程中，建立在地区经济利益基础上的区划经济是一个客观存在，但在经济全球化的大趋势下，按经济区组织和调控区域经济发展已经成为一种势不可挡的客观要求，我国区域经济一体化进程中所表现出来的种种不协调现象，实质上是行政区与经济区深层次矛盾的集中反映，是行政区与经济区博弈的结果。区域经济一体化的主要障碍并不来自民间，而是来自官方，来自现行的行政管理体制和政府职能定位。客观存在的行政区域分割，以块块为重的行政管理体制，加上地方政府职能的越位或缺位，使体制性障碍难以避免。
（一）经济区与行政区的非整体重合
行政区即一个国家内部行政区域的划分。国家出于政治统治和行政管理上的需要，遵循一定的制度规范，按照一定的划分原则，将所辖国土划分成具有不同层次、不同规模的行政区域管理系统。行政区是政府行政权力等级规模的空间尺度的界定，体现了中央和地方之间以及地方与地方之间对于政治权力的分配关系。在现行政治、经济体制下，中国的行政区除政治功能外，还有自己的经济功能：各级政府既有发展经济的责任，也有发展经济的冲动；不仅拥有组织和调控经济的工具，而且拥有一定的经济资源，有能力参与经济活动。因此，以行政区域为单元的地区经济格局催生了区划经济的形成，它是中国经济结构的一个重要特征，出于自身利益的考虑，各级政府经常按行政区来组织和调控经济发展。在区划经济的运行条件下，这一区域内的经济呈稳态结构，而且带有强烈的地方政府行为色彩。由于区划经济牵引，区域之间在比较优势基础上的分工和协作难以很好寻觅，经济要素资源配置效率比较低下，甚至浪费严重。
经济区是指以社会劳动地域分工为基础，根据地理位置、自然条件、资源分布、历史演变、交通状况、经济交往不断发展而逐步形成的具有内在经济联系的区域组合，是一种以专业化地区经济为特色，以中心城市为依托，在生产、流通等方面紧密联系、互相协作、内部具有很强经济集聚性的经济综合体。从空间结构的角度看，经济区一般具有三个最基本的构成要素：一是经济中心，往往是一个大城市或一组城市，它是经济区经济发展的核心，其集聚和辐射效果对整个经济区的经济发展具有举足轻重的作用；二是经济腹地，是经济中心吸纳和辐射能力能够达到并能促进其经济发展的地域范围；三是经济联系，包括经济区内商品流通、技术协作、资金融通、信息传递和交通运输网络、通讯网络等，一般来讲，经济区内的经济联系越紧密，经济一体化程度也就越高。建立在经济区基础上所形成的经济是一种区域经济。
从经济区和行政区的概念界定及各自特征分析，在两者关系方面，有以下四点值得关注：一是经济区与行政区不是一对一的关系，行政区在很大程度上源于政治统治和行政管理，经济区则以社会化大生产、分工和比较优势为前提。经济区经常要跨越几个行政区。二是建立在行政区基础上的区划经济具有自然经济和产品经济的特点，而建立在经济区基础的区域经济则取向市场经济和商品经济。三是区划经济取向地区经济利益，区域经济则以一个更大的地域甚至整个国家的利益为着力点。四是行政区有自己特定的边界，而且相对稳定，经济区则可能因为区域经济的发展、经济中心辐射能力的提升而扩张其边界。
分析中国行政区划的历史，行政区划的最初起因主要是国家统治的需要，因此，古代行政区域的划分，更多是从政治方面考虑，经济的因素只占极少的份数。行政区域一旦划定，其边界是刚性的，且具有较强的稳定性，它不能也不应该随着经济活动的频繁演变而调整不止。而经济区的内容、范围层次随着商品经济、经济中心和交通线的发展而发生变动，比较活跃，具有明显的开放性，一般没有法定性，边界也较为模糊。从经济区和行政区形成的动因分析，虽然我们在主观上都希望两者能够同幅，但由于两者各有不同的目的，导致两者之间始终存在交叉、分割甚至断层等错位和非整体重合现象，难以实现最终的耦合，构成经常产生摩擦的二元矛盾。
在我国，行政区划的历史源远流长。中国地域辽阔，自然条件复杂，自然因素对行政区划的影响十分明显，由于山脉、河流、海洋、湖泊、沙漠等自然因素对人类社会活动的阻碍作用，使之往往成为行政区域划界的重要依托。我国一些行政区域，就是以某个相对独立的综合的自然地理单元为基础而设立的。在封建社会，经济以自给自足的小生产为主，地域分工协作少，商品流通数量不大，因此，省（市、县）界犬牙交错的划分方式对经济的影响不是很大，而在现代社会，商品交换日益频繁，地域分工协作日益加强，资源跨地配置日益增多，这种不合理分割对经济发展的影响越来越严重，严重阻碍了生产要素的合理流通，严重影响各种资源的有效配置，制约着经济的健康发展。
（二）经济区与行政区存在不同的价值取向
区域经济难以有效地融为一体，行政区分离是直接原因，但这只是一种表象，其根本在于经济区与行政区价值取向存在明显差异。经济区以大区域、跨行政区域为空间，以经济为主要标准甚至至上标准，以要素和资源的优化配置和有效利用为价值取向，而行政区则不完全以经济为限，它对区域发展要考虑经济、政治、文化等多方面综合因素。由于行政区域的客观存在，加上中国现行的以政绩创造和政绩考核为重的政治框架，行政区发展在价值取向上会更多地偏重于地方发展和地方利益，自觉或不自觉地构筑起与经济区发展不相协调的行政壁垒。经济区理想会经常遭到行政区利益的强烈干扰。
就各地行政行为而言，长期计划经济体制下的烙印还十分明显，各级地方政府的主要功能是执行上级政府的经济和社会发展计划。因而，各级政府都成为各地区经济生产的组织者和指挥者。我国地方政府作为地方经济发展的一级调控主体和利益主体，不仅是地方公共事务的管理者，同时又是地方经济发展的主要推动力量，从而形成了以地方政府为核心，以其管理的行政区为界限的“地方政府经济圈”。在这样的情况下，各级地方政府所辖区域，既是一个行政区域，也是一个经济区域。我国的省级行政区基本上是一级完整的经济区，各省都有一个较大的经济中心（一般也都是行政中心），工、农、商业通过交通运输和流通渠道组成一个自成体系的经济网络，构成为“省级行政——经济区”。在这样的行政区划下，地方一旦有了自主权，就会自然而然地形成自我发展的经济体系，形成形态上自我闭合性的“行政区经济”、“省份经济”或“区划经济”。即使区域之间存在交流和合作，各地也往往以自我为中心，很大程度上都是按照自身发展的内在逻辑和实际需要而展开，都只不过是为了发展这种闭合性的区划经济。经济区与行政区的价值取向的差异，从深层次引发了两者的矛盾，是区域经济难以实现一体化发展的根本原因。
（三）经济发展缺乏应有的法律规范
从我国区域经济一体化实践看，存在着重政策而轻法律的现象。1980年以来，我国相继出台了一系列有关促进横向联合的政府文件、规定，比如国务院1980年发布了《关于推动经济联合的暂行规定》，1986年发布了《关于进一步推动横向联合若干问题的规定》，1994年发布了《中共中央关于经济体制改革的决定》等等，上述国家政策有力地推动了我国的区域合作，但遗憾的是，相关政策没有及时上升为法律。由于我国宪法和相关法律上缺少关于政府行为及区际关系的明确规定，导致上述政策不是建立在明确的法律规范体系之上，具有不稳定性和弱约束性。区域经济一体化是一个跨行政区的经济现象，涉及一些行政地位平等、各有自己利益追求的地域单元，该地区经济常常受到以行政区为单元来组织区域经济运行的障碍。由于这种行政区与经济区非整体重合现象的存在，在我国现行的中央—省（市）两级调控体系背景下，必然导致该地区经济调控主体出现多元化特点。而复杂区际关系的协调，客观上需要一套明确的法律规范体系。
（四）组织协调机构未能及时调整
国内区域经济一体化由于涉及跨行政区发展的问题，必然要求有一个精干高效、机制灵活的组织来协调、规划、管理跨地区的事项。中国大多数省份已经有几百年的悠久历史，省籍本身已经具有一种人文价值，给予人们一种无形的凝聚力，要改变这种思想意识和价值观念，决非易事。从国家控制力看，改革开放第一阶段，我国国民经济宏观调控的空间组织模式是以现行行政区划为基础的“中央－省（市、区）”两级调控模式，经济改革的重点主要着眼于宏观和微观层面的体制建设，即市场经济的宏观体制和企业微观机制的建立，而有关区域经济的中观层面的制度建设一度未引起重视，形成国家控制力在中观层面上的真空。我国尚没有协调区域行动的机构，结果在区域管理方面造成部委间、中央与地方以及地区之间的失序。在这个意义上，行政区与经济区的矛盾是区域经济管理缺失的结果。目前，在我国的长三角地区，长三角15城市市长联席会议和沪苏浙三省市的常务省长沟通的渠道和机制已初步形成，但组织的制度化建设依然落后于长三角区域经济发展的需要，由于缺乏制度保障，领导人的共识和承诺落实起来还有很大的局限性。
（五）考核激励机制片面化
地方政府为什么要用行政力量去阻挠市场力量的自由发展、去阻碍一体化的深入推进？因为我国现行的政治体制与政绩评价和考核机制安排对地方政府实施如此行为存在着强大诱惑力。经过20多年的经济体制改革，中国目前的经济权利已经从计划经济体制下自上而下的垂直型分配结构转变为今天市场经济条件下的横向分配结构，但是，就政治权利而言，基本上还是属于那种垂直分配型的结构。按照这样的体制，各级地方政府不仅要对行政区内企业、居民负责，还要对上级政府负责，而上级政府对下级政府考核的主要依据是下级政府管辖行政区域经济发展状况的好坏，其中GDP、财政收入、引进外资等地区经济增长业绩可以说是评价下级政府工作好坏的几个关键性指标。这种体制使各级政府具有行政干预的现实动力。在这样的政绩考核激励下，对下级政府来说，必然以行政区为依托，限制外地商品的流入，控制本地资本要素和企业外流，以此来最大限度地创造政绩，展示自己的政绩。在现行政治框架和片面激励机制下，市场的地方分割几乎是不可避免，这种非理性行为使一个行政区的经济，往往以一个区域甚至一个国家的“不经济”为代价，最终造成了各地为追求地方利益最大化而导致的俱损博弈，造成了因区域协调机制缺失而导致的在基础设施对接、生态环境保护、跨区域要素市场培育等方面的各自为政和“公地灾难”，造成了经济区与行政区的严重二律背反。
（六）政府职能未能及时转变
区域经济一体化最终要通过企业对生产资源的整合来实现，这就要求企业成为区域经济一体化的第一主体，而地方政府则退居第二位。但长期以来，由于我国各级政府职能转变缓慢，存在越位或缺位的现象，特别是政府经济职能的作用非常突出，并习惯于用行政方法直接管理经济，在目前状况下，企业经济行为受行政目标的制约，带有明显的行政导向性、功利性、短期性、排他性等特征。同时，我国的各行政区在空间上是分离的，利益上是独立的，行为上是自主的。各级地方政府作为一级利益主体，存在着所辖范围内经济利益最大化的强烈内在动机，不可避免地只把眼光局限于区划范围内的“地盘”，为了本地发展而采取地方保护主义。
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