从贸易活动的整个流程来看，我国对外贸经营者资格、进出关境的物品、承运人资格、资金流等有一套完整严格的协作监管体系，涉及商务部、财政局、国家税务总局、海关总署、国家出入境检验检疫局、国家外汇管理局等国家机构。以下就对其中几个机构的主要职责和监管方式进行说明。
（一）商务部
商务部于2008年设立，是为适应中国加入世贸组织后，中国市场与全球市场将会融为一体，很难再继续严格地区分内贸和外贸，根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔2008〕11号），而将原国家经济贸易委员会内负责贸易的部门和原对外经济贸易合作部合并成“商务部”，由其统一负责国内外经贸事务。商务部的主要职责包括：
制定国内外贸易和国际经济合作的发展战略、宏观政策，制定进出口商品、加工贸易管理办法和进出口管理商品、技术目录。
拟订多双边（含区域、自由贸易区）经贸合作战略和政策，牵头负责多双边经贸对外谈判，协调谈判意见并签署和监督执行有关文件，建立多双边政府间经济和贸易联系机制并组织相关工作，处理国别（地区）经贸关系中的重要事务，管理同未建交国家的经贸活动，根据授权代表我国政府处理与世界贸易组织的关系，牵头承担我国在世界贸易组织框架下的谈判和贸易政策审议、争端解决、通报咨询等工作，负责对外经济贸易协调工作。
拟订并执行对外技术贸易、出口管制以及鼓励技术和成套设备进出口的贸易政策，依法颁发防扩散等与国家安全相关的进出口许可证件。
承担组织协调反倾销、反补贴、保障措施及其他与进出口公平贸易相关工作的责任，建立进出口公平贸易预警机制，依法实施对外贸易调查和产业损害调查，指导协调产业安全应对工作及国外对我国出口商品的反倾销、反补贴、保障措施的应诉工作。
监测市场运行，进行预测预警和信息引导。
以上这些是与进出口货物贸易紧密相关的一部分职能。由此可以看出，商务部主要是从维护国家安全、促进经济发展、保障国家利益的根本点出发，负责拟定进出口贸易发展战略、政策，推进国际合作，实施贸易保护、预测预警、贸易救济、境外风险防范等方面的工作。
以出口商品为例，1979年，美国制定了《美国出口管制条件》，对涉及威胁美国国家安全的战略性技术和物资禁止出口（王自立等，2009）。我国商务部也不断根据时局形势动态调整出口许可证管理货物目录。譬如对于稀土这种特殊的资源性物质，其应用优势集中体现在制导、卫星、探测、通信、激光等以军事为先导的高精技术领域。据了解，中国以占世界总储量约23%的稀土资源承担了世界90%以上的市场供应，而拥有丰富稀土资源的美国等国家，并不开采自己的稀土，而是大量进口中国稀土。我国一直以来都实行出口配额制，意在稳定稀土价格，维护稀土资源的可持续发展。不过，也因为出口配额制度，国际市场上一直纷争不断。商务部在2014年12月31日发布的《2015年出口许可证管理货物目录》指出，稀土出口执行出口许可证管理，企业只需凭出口合同申领出口许可证，无需再提供批准文件。这意味着稀土出口配额正式取消。一同取消出口配额管理制的还有矾土、焦炭、钨及钨制品、碳化硅、锰、钼和氟石。在《2015年出口许可证管理货物目录》中，共有48种货物分别实行出口配额许可证、出口配额招标和出口许可证管理。小麦、玉米、大米、小麦粉、玉米粉、大米粉、棉花、锯材、活牛（对港澳）、活猪（对港澳）、活鸡（对港澳）、煤炭、原油、成品油、锑及锑制品、锡及锡制品、白银、铟及铟制品、磷矿石实行出口配额许可证管理；蔺草及蔺草制品、滑石块（粉）、镁砂、甘草及甘草制品实行出口配额招标；活牛（对港澳以外市场）、活猪（对港澳以外市场）、活鸡（对港澳以外市场）、冰鲜牛肉、冻牛肉、冰鲜猪肉、冻猪肉、冰鲜鸡肉、冻鸡肉、矾土、稀土、焦炭、石蜡、钨及钨制品、碳化硅、消耗臭氧层物质、铂金（以加工贸易方式出口）、部分金属及制品、钼、钼制品、天然砂（含标准砂）、柠檬酸、青霉素工业盐、维生素C、硫酸二钠、氟石、摩托车（含全地形车）及其发动机和车架、汽车（包括成套散件）及其底盘实行出口许可证管理。
（二）财政局、国家税务总局对进出口商品关税税率进行管理
关税是指进出口商品在经过一国关境时，由海关向进出口商所征收的税收。根据《中华人民共和国海关法》的有关规定，获准进出口的货物、进境物品，除法律、行政法规另有规定外，海关都要依照规定征收进出口关税。由于国家仅对少数资源型产品及易于竞相杀价、盲目出口、需要规范出口秩序的半制成品征收出口关税，故通常所说的关税是指进口关税。征收关税会引起进口商品的国际价格和国内价格的变动，从而影响到出口国和进口国在生产、贸易和消费等方面的调整，引起收入的再分配。一般说来，当一国的经济实力强大，在国际竞争中处于优势时，往往奉行较低的关税税率政策，关税体现的主要是财政关税的职能；相反，当一国经济发展落后，国际竞争力不强时，则往往奉行贸易保护主义政策，推行较高的关税税率，这时候关税的保护职能居于重要甚至主要地位。因此，从某种程度来说，进出口商品关税税率可以被看做是一道屏障，关税税率越高，屏障越高，以阻挡国外商品进入，保护国内市场和国内相关的产业；关税税率越低，屏障越低，以引入更多的进口商品。
关税虽然是由海关征收，但是税率的制定是由财政部、国家税务总局等部门商议，国务院关税税则委员会审议并报请国务院批准的。
为支持产业转型升级，推动对外贸易发展方式转变，促进经济持续健康发展，我国自2015年1月1日起对进出口关税进行部分调整，对部分进口商品实施低于最惠国税率的进口暂定税率。其中，首次实施进口暂定税率和进一步降低税率的产品包括光通信用激光器、全自动铜丝焊接机等先进制造业所需的设备、零部件；电动汽车用电子控制制动器等有利于节能减排的环保设备；乙烯、镍铁等国内生产所需的能源资源性产品；降脂原料药、夏威夷果、相机镜头等药品和日用消费品。同时，统筹考虑产业、技术发展和市场情况，对制冷压缩机、汽车收音机、喷墨印刷机等商品不再实施进口暂定税率，适当提高天然橡胶等商品的暂定税率水平。
2015年继续对小麦等七种农产品和尿素等三种化肥的进口实施关税配额管理，并对尿素等三种化肥实施1%的暂定配额税率。对关税配额外进口一定数量的棉花继续实施滑准税，税率不变。
2015年中国继续以暂定税率的形式对煤炭、原油、化肥、铁合金等产品征收出口关税。根据国内化肥、煤炭供需情况的变化，适当调整化肥出口关税，对氮肥、磷肥实施全年统一的出口关税税率，适当降低煤炭产品的出口关税税率。
2015年依据中国与有关国家或地区签署的自由贸易协定或关税优惠协定，继续对原产于东盟各国、智利、巴基斯坦、新西兰、秘鲁、哥斯达黎加、韩国、印度、斯里兰卡、孟加拉、瑞士、冰岛等国家的部分进口产品实施协定税率，部分税率水平进一步降低。在内地与香港、澳门更紧密经贸关系安排框架下，对原产于港澳地区且已制定优惠原产地标准的产品实施零关税。根据海峡两岸经济合作框架协议，对原产于台湾地区的部分产品实施零关税。对原产于埃塞俄比亚、也门、苏丹等41个国家的部分商品实施特惠税率，其中对埃塞俄比亚等24个国家的97%税目商品实施零关税特惠税率。（注：2015年1月1日起中国调整进出口关税，http://china.huanqiu.com/News/mofcom/2014-12/5271450.html。）
（三）海关
海关是国家的进出境监督管理机关，是捍卫国家对外经贸往来合法权益的国家行政机构。国家以立法的形式明确规定了中国海关的任务。《中华人民共和国海关法》规定，“海关依照本法和其他有关法律、行政法规，监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品，征收关税和其他税费，查缉走私，并编制海关统计和其他海关业务。”监管、征税、缉私、统计被称为海关的传统四大职能或基本职能。其中，监管是海关最基本的任务；征收关税和其他税费是当前海关的重要任务之一，是保证对外贸易活动中国家财政收入的重要关口；海关统计是对进出口货物贸易进行统计，是国民经济统计的组成部分，是国家制定对外经济贸易政策、进行宏观经济调控、实施海关严密高效管理的重要依据；走私是一种违反进出境活动的非法行为，海关在对进出境货物进行执法监管的过程中要严厉打击走私犯罪行为，保护国家的政治经济利益不受损害。
随着全球经济一体化发展，海关如何促进贸易自由化和便利化，加强海关管理，维护贸易安全成为世界海关共同关注的问题。由于世界各国之间关税同盟、自由贸易协定的缔结使关税收入的重要性下降，海关管理的重点逐渐向反恐、知识产权保护和维护贸易安全与便利等非传统职能转变，海关在经济安全体系中发挥着更加重要的作用。
20世纪90年代初，美国、荷兰、澳大利亚等发达国家海关率先引入风险管理。1994年我国海关开始有组织地研究学习西方发达国家海关的风险管理经验。1995年全国海关关长会议主题报告中提出要建立中国的海关风险管理制度。1997年风险管理被纳入我国海关战略规划，开始关注美国、荷兰、澳大利亚等发达国家经验。1998年起全国海关在业务管理实践中引入风险管理的理念、方法和手段。2003年，海关总署在制定新的海关现代化发展战略中，把风险管理正式确立为第二步发展战略的中心环节，统领海关各项业务改革，发挥其在战略实施中的核心引导作用，真正实现海关管理现代化。
2005年，世界海关组织WCO通过的以维护国际贸易安全与便利为目标的《全球贸易安全与便利化标准框架》倡导守法便利并建立国际化的企业信用认证体系——AEO制度。AEO是Authorized Economic Operator的缩写，中文翻译为“经认证的营运商”，是指在国际贸易供应链中，经海关或其授权部门批准为符合世界海关组织或者具有同等效力的供应链安全标准的企业。经认证的营运商在向海关递交符合最低要求的信息以后，应当被授予享受简化、快速通关便利的权利，即将海关从对物的监管转移到对企业的监管上来，并且根据企业的信用程度、守法情况等进行差别化管理，令“诚信守法便利，失信违法惩戒”，促进全球贸易的便利化与安全化发展。
分类通关是我国响应世界海关组织倡导的守法便利和贸易安全而进行的改革试点。首先在出口环节试点、推广，并逐步在进口环节试点。海关总署于2009年在全国海关范围内启动了分类通关改革，并于2010年修订发布了《中华人民共和国海关企业分类管理办法》（海关总署令第197号），将中国海关签署的世界海关组织《全球贸易安全与便利标准框架》中的AEO制度转化为国内制度。海关通过风险管理的理念和方法，以企业守法管理为基础，根据企业遵守法律、行政法规、海关规章、相关廉政规定和经营管理状况，以及海关监管、统计记录等，设置AA、A、B、C、D五个管理类别，按照守法便利原则，对适用不同管理类别的企业，制订相应的差别管理措施，其中AA类和A类企业适用相应的通关便利措施，B类企业适用常规管理措施，C类和D类企业适用严密监管措施。2014年12月，充分采纳世界海关组织《全球贸易安全与便利标准框架》中关于AEO制度的先进理念，明确规定“认证企业”就是中国海关经认证的经营者（AEO），《海关企业信用管理暂行办法》正式实施，在海关注册企业的管理类别不再按照AA、A、B、C、D分类，而是以企业的信用状况为基础，分为认证企业、一般信用企业和失信企业。其中，认证企业又分为高级认证企业和一般认证企业，分别对应AA类、A类企业，原B类企业将适用为一般信用企业，原C、D类企业将重新评定信用等级。认证企业将享受简化单证审核、优先办理进出口货物通关等便利，一般信用企业适用常规管理措施，而失信企业将受到海关的严密监管。
2014年7月1日，北京、天津海关开始了京津两地海关的通关一体化运作，河北于10月1日加入，全面实现京津冀地区的通关一体化。继京津冀地区之后，海关总署计划10月在长三角地区、珠三角地区也逐渐推行区域通关一体化。其中，“长三角区域通关”一体化改革于2015年4月启动，6月，改革方案由原来长三角区域三省一市的五个海关，扩大到长江经济带九省两市，包括上海、南京、杭州、宁波、合肥、南昌、武汉、长沙、重庆、成都、贵阳、昆明海关等在内的12个海关。
区域通关一体化的基本框架是“一个中心，四个平台”，一个中心是指区域通关中心，四个平台是指统一申报平台、统一风险防控平台、统一专业审单、统一现场作业（见图7-4）。在此框架下，原不同地区内、地区间的海关执法可以相互协作、统一，实现不同关区之间在海关风险防控下的执法互认，跨区域通关更便捷。即通关一体化区域内所有企业都被视作一个关区的企业，都能享受一体化通关待遇；各类口岸之间信息可以互联互通，共享物流信息和通关信息；企业也可以根据需要自主选择区域内任何空运、海运港口进出境，均可自由选择申报、纳税、放行地点。除了需要查验的货物要在实际进出境地海关办理验放手续外，可以实现跨关区的放行，加速口岸快速分流货物。货物放行后，企业可以直接将货物运输到厂，降低企业的流通成本，进一步构建贸易便利化环境，吸引企业投资经营。在这个体系中，海关对进出口贸易中的风险防控处于非常核心的环节，区域风险参数成为联调测试的重要内容。
图7-4 区域通关一体化体系
2014年11月6日，海关总署正式出台了《海关全面深化改革总体方案》，从体制机制、业务职能实现方式、组织管理和能力提升等各个方面对海关全面深化改革进行了系统设计，提出建立风险防控中心和税收征管中心，改革报关审核管理、税收征管方式、协同监管等制度，构建全国一体化通关管理格局。风险防控中心的提出，表明了我国海关对维护贸易安全职责的明确认识，以及海关在贸易安全监管中的重要性。
（四）出入境检验检疫局
出入境检验检疫局以保护国家整体利益和社会利益为衡量标准，以法律、行政法规、国际惯例或进口国的法规要求为准则，对出入境货物、交通运输工具、人员及事项进行检验检疫、管理及认证，并提供官方检验检疫证明、居间公证和鉴定证明的全部活动。出入境检验检疫局的主要职责包括查处重要动物疫病和有害生物，保证进口食品安全，负责出入境交通运输工具和容器的卫生除害处理等，以保障国民人身安全、生态环境安全，维护稳定的社会秩序和国家安全。
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