然而，朗科创新之路并不一帆风顺。其依靠“专利运营+产品”的模式在2006年之后开始遇到一系列的问题。从2006年开始，朗科的经营业绩停滞不前。公开数据显示，从2006年到2009年，朗科经营净利润维持在4 000万元左右，2008年其主营的自有品牌闪存产品销售额同比下降28.47%。而2010年公司的净利润下降50%，至2 000万元左右。同年9月14日，朗科科技创始人、董事长邓国顺在任职11年后正式辞职，朗科的股价从上市时的52元跌到最低20元左右，成为创业板跌幅最大的股票之一。
一、部分关键技术专利被宣告无效
朗科在专利授权许可收入上遭遇一系列的挫折。2006~2009年4年间，公司通过专利授权许可的收入波动幅度较大，每年专利收入占主营业务收入的比例分别为3.79%、9.37%、16.50%、10.18%。而2010年4月6日，其“优盘”商标被认定为商品通用名称，予以撤销注册；2006年7月7日，朗科和金士顿签订的4年专利授权许可合同也于2010年7月6日终止。12月16日，名称为“数据交换及存储方法与装置”的专利被宣告无效等一系列事件，使得朗科在其核心科技创新领域的地位受到怀疑和动摇。
二、专利技术被替代风险较大
朗科的专利体系集中于闪存和USB接口之间的连接技术。也就是说，一旦出现一种比U盘更为便捷和高容量的新存储媒介，U盘在市场的前景就岌岌可危，朗科将承受首当其冲的风险。当前，随着通信技术和高速无线宽带的发展，网络数据存储和无线传输技术正日益替代纯粹的闪存技术，使得U盘的增长趋势正变得越来越慢。例如，中兴和华为等厂商早在数年前已经向无线数据传输以及存储领域发展并提供了相应的产品。目前业内一般认为，U盘类存储设备是产业链中利润最低的一个环节，因为技术已经非常成熟，成本也非常透明。所以，即使朗科在USB接口和闪存之间的连接领域保持技术领先，但从整个产业链来看，其处于一个非常不利的地位。
三、资金投入和高端人才储备不足
一般要依靠专利运营模式来维持发展的企业，其最为重要的就是资金投入和人才储备。虽然朗科在国内来说，拥有在闪存领域最多的技术人员，但与国际大企业相比，无论从人才的质量还是专利的价值上都相差甚远。朗科在上市时的招股说明书显示，公司的研发投入占整体销售额5%，而与之相比，同样依靠专利盈利的高通每年投入研发的金额占销售额的15%以上。在研发人员方面，同样在招股说明书中显示，朗科的研发团队占到其整体人员数量的39%，但翻开朗科近年的招聘计划，芯片设计人员、知识产权工程师、产品经理等关键职位均要求为大专学历。从长远看，公司需要更多具有国际视野的高端技术人才，才能支持公司在国际竞争中立足。
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