在区域贸易安排中，关税同盟因为对外实行统一关税，涉及优惠性原产地规则的问题较少。自由贸易区最重要的特征是成员内部实现了一体化，但各成员并没有设置统一的对外关税壁垒，仍然可以继续保持独立的关税结构，并按照各自税目和税则对非成员方进口商品征收关税。[1]在具体执行自由贸易政策时，需要分清某种产品来自成员国还是来自非成员国。若欠缺优惠性原产地规则，则容易出现这样的情况：来自非成员国的产品从关税较低的成员国进入自由贸易区市场后，再进入关税水平较高的成员国，从而造成高关税成员国的对外贸易政策失效。为了解决这一问题，自由贸易区通常采取“原产地规则”。这一规则的基本内容是：只有产自成员国经济体内部的商品才享有自由贸易或免进口税的待遇。[2]正如博纳德·霍德曼和迈克尔·考斯泰基所认为的，“自由贸易协定下的自由化程度取决于它的原产地规则”。自由贸易区原产地规则从性质上看属于优惠性原产地规则。自由贸易区制定原产地规则有两大目的：一是顺利实施关税优惠待遇体制；二是区别地实施标记、配额等措施。其中，出于第一目的的优惠原产地规则名目繁多，争议也最多。
自由贸易区制定原产地规则的主要作用：（1）确定产品享受内部优惠待遇的身份；（2）防止贸易偏转行为；（3）通过严格的原产地规则扩大区域内中间产品、原料产品贸易。虽然自由贸易区设置原产地规则目的在于区分产品不同来源，使其享受不同优惠待遇，但它的实施结果对贸易产生影响。
（一）确认产品身份
一个国家或一个地区的原产地规则最初只是作为原产地标记、保护消费者和国际贸易统计的需要，是一种技术标准。[3]确认产品身份的职能是原产地规则的基本职能，是非优惠性原产地规则和优惠性原产地规则都应具有的职能，因此该职能并非自由贸易区原产地规则所特有的。通过制定原产地规则，可以防止某些成员国的企业依靠对进口原料和零部件进行简单加工和组装而获得本国原产资格并享受区内优惠待遇。
（二）防止贸易偏转
自由贸易区的原产地规则相对于一个国家的原产地规则，除了具有确认产品身份职能外，还有一个重要的职能是防止贸易偏转。自由贸易区内的成员国有权力对外自主制定关税水平，因此成员国对外的关税水平有高有低。如果没有原产地规则，区域外的企业为了追求利益最大化，在运输成本较低的情况下，必然选择首先出口到低关税的国家，然后再享受优惠待遇转出口到目的地国家，这就出现了贸易偏转。为了防止贸易偏转的产生，自由贸易区会制定原产地规则，这也是自由贸易区原产地规则的最初职能。
（三）对外歧视作用
与区外第三国产品相比，区内原产商品可获得免税待遇，因而具有更大的竞争优势。有了原产地规则的保护，自由贸易区内部企业会更多选择区内原产的中间产品，减少对区外原材料和零部件的使用。有效的原产地规则可以促进成员国最终产品或中间产品的上下游贸易。但如果原产地规则订得过分苛刻，以至于超出了成员国消费者或制造商的承受能力，则可能得不偿失。过于苛刻的原产地规则将会有损于成员国的利益。[4]
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