中国社会科学院数量经济与技术经济研究所课题组就粤桂合作特别试验区体制机制与政策创新问题开展了研究。[1]课题组提出，共同开发建设试验区
是广东、广西两省区深入实施国家区域发展总体战略，强化资源整合，加强区域合作，推动东西联动，支撑广西打造成为我国西南中南地区开放发展新的战略支点和促进珠江—西江经济带以及粤桂一体化发展的重要战略举措，必须研究、创新、细化与之相应的体制机制及配套政策。“六大管理体制”和“八大创新机制”是破解试验区发展难题的有效路径。其中，“六大管理体制”包括“组织管理体制、财税管理体制、社会管理体制、投融资管理体制、土地开发利用体制和绩效考评体制”；“八大创新机制”包括独立运营机制、政务协同机制、产业配套建设机制、区域合作外拓机制、基础设施建设开发机制、公共服务无缝对接机制、生态环境管理机制和利益分配机制。
徐文伟提出，新常态下区域合作应将创新资源的配置等考虑在其中，在健全区域协调机制、突出市场在资源配置中的决定性作用等方面创新和突破。[2]新的区域合作趋势就是从产业间分工合作为主转向以产品价值链分工合作、从资源要素互补式合作为主转向创新发展互助式合作、从以GDP增长为主导的区域合作转向以可持续发展为主导的区域合作、从松散型合作转向机制化合作、从毗邻和小范围区域合作转向更大范围和国际化区域合作。
王敏红对试验区的合作机制进行了研究，认为试验区的建设与发展，将有效地促进粤桂两省（区）优势互补、良性互动、共谋发展，为更长远、更大范围的粤桂合作和东西部地区加强合作、共赢发展积累宝贵经验和提供实践典范。研究还发现，由于双方合作没有法律的约束，合作层次不高、制度化程度较低、缺乏权威性政府间合作协调组织、缺乏完善有效的政府间合作机制体系，试验区尚未建立起较为完善的合作机制，在一定程度上制约了试验区的发展和两广地区的一体化进程。为加强粤桂两省的合作、完善试验区的合作机制，必须提升合作环境，建立完善粤桂合作特别试验区的制度环境；建立组织载体，构建试验区的各类机构；创新绩效评价机制，建立科学的试验区绩效评价体系；完善合作原则，构建合理有效的政府合作协调与沟通机制。[3]
黄倩岚以中国—东盟自由贸易区架构为背景，运用区域分工理论和地区产业协调理论来讨论区域分工、产业布局、产业政策之间的相互关系问题，以粤桂的产业实践为例进行了深入的分析，发现广东、广西的分工仍然是以资源等地方自然优势为导向，地方政府未能够在充分认识合作的基础上，提出一些对双方有利的产业政策促进区域和谐发展。在市场经济信息传播渠道不通畅，地方利益膨胀阻碍，经济发展制约和周围省份竞争的情况下，通过地方政府产业政策协调，更好地实现在经济区背景下区域间的合作，必须建立一个半官方区域协调组织；弱化地方保护主义，主动加强区域协调沟通，做到产业发展协调规划，借此加强区域资源整合力度和协同发展能力；通过政策引导机制，促进劳动力、能源等生产要素的合作。[4]
傅幸之、矫鸿博、沈辉、潘乔钰等[5]对竞争关系下的跨区域产业合作区治理模式选择进行了研究，发现，当前粤桂合作区的规划采用了“主体区与拓展区相结合，圈区封闭运营”的空间治理模式。然而这一模式存在政策空间与产业转移空间不完全匹配；地形条件复杂，集中建设难度较大；生态保护压力巨大等难题。通过对封闭运营与分散运营的优劣势比较，建议采用“一区多园”的分散运营模式，以便纳入优势产业园区，最大化地发挥区域竞争力，调动合作双方积极性。基于这种空间治理模式，他们建议“采用市场化的运作方式，着眼长远，建立新型的、更具弹性的利益分享机制”。
周石生（2014）[6]认为，区域一体化发展有利于构筑多区域互动、协调的全新平台，搭建承接产业转移的有效平台，培育中南—西南战略支点新增长极，推动重大项目的建设。他提出，试验区应依托政策、资源和地缘优势，创新和完善合作机制，率先发展电子信息、轻工食品、林产林化、生物技术产业、商贸物流、休闲养生等产业，积极培育发展装备制造、新材料、新能源、节能环保、文化创意、商务服务等产业，加快推进产业结构优化提升，构建以先进制造业为基础、高新技术产业为主导、商贸物流等现代服务经济为支撑，资源节约、环境友好，结构合理、科学发展的现代产业格局。
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