同一般企业一样，农民专业合作社也是一个市场经济主体，既然是市场经济主体，那么就必须具有合法的地位，就要规范运行。为此，必须制定相关法律法规，以确立农民专业合作社的法律地位，使其按规范运行。
早在2003年，全国人大就把《农民专业合作组织法》列入了立法计划，开始进行调研和起草工作。后经论证，由于在农民专业合作经济组织中包括两大类组织，一类是农民专业协会，一类是农民专业合作社。这两类组织分属两种性质的组织，农民专业协会属社团组织，不得从事营利性质的活动，而农民专业合作社属于市场经济主体，在为成员提供服务的同时，可以从事营利性质的活动。为此，在一部法律里面调整两种性质的组织是很难做到的。因此，全国人大常委会最后将法律定名为《农民专业合作社法》。《农民专业合作社法》出台之后，与之相配套的法规、规章也相继出台。以下是近年来出台的与农民专业合作社有关的法律法规。
（1）《农民专业合作社法》，2006年10月31日发布，第十届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过，自2007年7月1日起施行。
（2）《农民专业合作社登记管理条例》，国务院2007年5月28日发布，自2007年7月1日起施行。
（3）《农民专业合作社示范章程》，农业部2007年6月29日发布，自2007年7月1日起施行。
（4）《关于农民专业合作社登记管理的若干意见》以及《农民专业合作社登记文书格式规范》，国家工商总局2007年6月21日颁布。
（5）《农民专业合作社财务会计制度（试行）》，财政部2007年12月20日颁布，自2008年1月1日起施行。
（6）《农民专业合作社税收政策通知》，财政部国家税务总局2008年6月24日出台，从2008年7月1日开始执行。
这些法律法规的出台和施行，为农民专业合作社的发展提供了保障，也为农民专业合作社的规范运行提供了依据。
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