2001年11月，中国正式加入世界贸易组织。从2002年开始，党的十六大，十六届三中、五中、六中全会相继提出了新型工业化、科学发展观和构建社会主义和谐社会的发展理念。转变经济发展方式，实现总量平衡、结构优化、资源节约、生态良好、民生改善成为这一时期的发展目标。吴忠市财政立足新的发展实际，及时调整支持经济发展的重点和方式，将注意力和着力点放在优化环境、调整结构、依靠科技、提质增效上。
1.支持优化经济发展环境
紧紧抓住国家实施第一轮西部大开发战略的历史机遇，一方面加强基础设施建设，2001～2007年，吴忠市共争取国债转贷资金18亿元，支持了一大批交通、水利、城市基础设施及生态环境项目建设，全市经济发展硬环境明显改善。另一方面，加强经济环境整治。从2000年开始，各级财政进行了行政审批事项的清理规范；2002年，对照WTO规则，清理规范了财政政策措施文件；2005年，按照《行政许可法》的要求，取消了行政事业性收费12项，进一步优化了经济发展软环境。
2.全力推进新型工业化
认真贯彻“工业强市”战略和市政府出台的促进工业经济发展的六条措施，2002～2006年，市财政拨付企业挖潜改造资金、科技三项费用等资金1.8亿元，全力支持太阳山移民开发区、牛首山镁合金园区、金积工业园区建设，做到年初有预算，执行中有新增，努力提升工业经济的整体实力。从2007年起，每年安排3000万元新型工业化专项引导资金，采取贷款贴息等方式，重点支持做大做强煤炭、电力、烟草等主导产业，实现了工业二次创业。2007年，全市规模以上工业总产值达到208亿元，全市销售收入过亿元的企业达到21家。全市6个工业园入园企业达到249家，完成产值180亿元。财源结构不断优化，财源基础更加稳固，为吴忠市财政收入持续增长创造了条件。
3.支持自主创新
2007年，各级财政科技经费投入达到1836万元，是2002年的8.2倍，年均增长52.3%，重点支持了知识产权保护、创新体系和科研基础平台建设。
4.支持国有企业改革攻坚
吴忠市财政筹措落实资金1.4亿元，支持国有企业改革改制、关闭破产、分离社会职能，增强了国有经济的竞争力、控制力和发展活力。
财政支持毛纺织产业园建设
这一阶段，吴忠市国民经济呈加速发展的态势，经济快速增长，经济总量持续扩大，带动了地方财政收入不断跨越新的台阶。吴忠市地方财政收入，由2002年的60149万元增长到2007年的144353万元，年均增长19.1%。
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