工商行政管理部门（工商局）是农民专业合作社登记机关。县（旗）、县级市工商行政管理局和地区（州、盟）地级市工商行政管理局的分局，以及直辖市的工商行政管理分局负责本辖区内农民专业合作社的登记。
1.登记项目 农民专业合作社需要登记的事项包括以下几项：
（1）名称。工商登记机关主要审核名称是否合适、是否和本辖区内已登记的同类合作社名称相同、是否需要预先核准等。凡是涉及“种子生产经营、种畜禽生产经营、化肥、农药等生产资料的生产经营”需要进行登记前置许可的农民专业合作社，先在工商部门办理农民专业合作社名称预先核准，凭《农民专业合作社名称预先核准通知书》到有关部门办理登记注册的前置许可。然后再向登记窗口提交登记表格及有关材料。
（2）住所。工商登记机关主要审核住所是否具备，是否有住所使用证明。农民专业合作社应当注明住所所在县（市、区）、乡（镇）及村、街道的门牌号码。
（3）出资额。工商登记机关审核农民专业合作社的出资清单，并以出资清单上载明的出资总额作为农民专业合作社的出资额。
（4）业务范围。工商登记机关主要审核农民专业合作社章程中规定的业务范围是否适宜其真实的业务实际，是否有需要进行前置许可的业务范围，如“种子生产经营”等。
（5）法定代表人姓名。也就是理事长姓名。工商登记机关要审核法定代表人是否有任职资格，是否还担任其他同类农民专业合作社的理事长或管理职务，因为在法律中规定，农民专业合作社的理事长不得担任同类性质农民专业合作社的理事长、理事、监事等。
2.登记需要提交的文件 根据《农民专业合作社法》第十三条规定，农民专业合作社的设立人申请设立登记的，应当向工商行政管理部门提交的文件有：
（1）登记申请书。在申请过程中需要填写登记申请书，见表4-1。
表4-1 农民专业合作社设立登记申请书
（2）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要。设立人是自然人，需要用钢笔、毛笔或签字笔在设立大会纪要上签名，自然人以外的设立人要加盖公章。
（3）全体设立人签名、盖章的章程。设立人是自然人，需要用钢笔、毛笔或签字笔在章程上签名，自然人以外的设立人要加盖公章。
（4）法定代表人、理事的任职文件及身份证明。法定代表人要填写下表，以证明其身份，见表4-2。
表4-2 农民专业合作社法定代表人登记表
（5）载明成员的姓名或者名称、出资方式、出资额以及成员出资总额，并经全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单。出资清单中的出资方式可以是货币、实物或知识产权等，以货币作为出资的填写“货币”，以实物、知识产权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作为出资的，填写非货币财产的具体种类，如房屋、农业机械、注册商标等。对于出资额；如果成员以货币出资，则为出资的实际数额；如果成员以非货币财产出资，则是由全体成员评估作价的货币数额作为出资额。需要特别注意的是，农民专业合作社向登记机关提交的出资清单，只要有出资成员签名、盖章既可，无需其他机构的验资证明。见表4-3。
（6）能够证明农民专业合作社对其住所享有使用权的住所使用证明。农民专业合作社以成员自有场所作为住所的，应当提交该农民专业合作社有权使用的证明及场所的产权证明；租用他人场所的，应当提交租赁协议及场所的产权证明；因场所在农村没有房管部门颁发的产权证明的，可提交场所所在地村民委员会出具的证明。
表4-3 农民专业合作社成员出资清单
（7）载明成员的姓名或者名称、公民身份号码或者登记证书号码和住所的成员名册，以及成员身份证明。农民专业合作社的成员为农民的，成员身份证明为农业人口户口簿；无农业户口薄的，成员身份证明为居民身份证和土地承包经营权证或者村民委员会（居民委员会）出具的身份证明。农民专业合作社的成员不属于农民的，成员身份证明为居民身份证。农民专业合作社的成员为企业、事业单位或者社会团体的，成员身份证明为企业法人执照或者其他登记证书。见表44。
表4-4 农民专业合作社成员名册
（8）全体设立人指定代表或者委托代理人的证明。办理农民专业合作社登记事项需要指定代表或委托代理人。为此，全体设立人要出具证明，并在证明上标注是否同意该代表或委托代理人修改有关表格的填写错误，写清指定或者委托的有效期限，在证明上粘贴该代表或委托代理人的身份证复印件。
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