1.政府主导和农民主体之间的关系。探索建立政府引导、专家论证、村民民主议事、上下结合的美丽乡村建设决策机制，从而保障政府规划建设的美丽乡村和农民心中想要的美丽乡村相统一。
2.政府与市场社会的关系。一些具体项目如垃圾收集、运输、处理等可通过政府购买的方式，交由企业或市场运作，形成长效机制；大力培育和发展乡村社会组织，探索农民自我组织、自我维护、自我管理的社会民主治理机制，形成“政府引导、市场运作、社会参与”的美丽乡村建设新格局。
3.统一标准和尊重差异的关系。我国地域广大，发展不平衡，各地情况千差万别，必须因地制宜，尊重差异，保持特色。在此基础上，对规划编制、资金项目规范管理、建设标准等应有一些一般性的统一要求，源头上规范，嵌入式管理，防止各行其是，五花八门。牢固树立规划先行、无规划不建设的理念，健全美丽乡村建设规划和标准体系，逐步将标准化工作嵌入美丽乡村建设全过程。美丽乡村建设除了做好标准化、均等化的基础性公共服务以外，还要在乡村特色上做文章，切实把一些具有特色的古村落保护好，把乡村非物质文化遗产项目传承好，把优秀的乡村文化发扬光大，而不是简单地用同质化的建设标准裁剪、改造乡村。
4.“硬件”建设与“软件”建设的关系。美丽乡村既包括村容村貌整洁之美、基础设施完备之美、公共服务便利之美、生产发展生活宽裕之美，也包括管理创新之美。在完善村庄基础设施、增强服务功能的同时，要努力深化农村改革，创新农村公共服务运行维护机制、政府购买服务机制、新型社区治理机制和农村产权交易流转机制等。在美丽乡村建设中同步推进相关改革，进一步破解城乡二元结构，释放农村发展活力与潜力，营造与美丽乡村相适应的软环境，把美丽乡村建设成为农民幸福家园。
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