财政支农项目的申报流程要根据不同的项目类别有所不同，比如产业不同，申报主体不同和审批单位不同等。但也有一些基本的流程。
比如财政部门的农业综合开发产业化经营项目的三种扶持方式，项目管理程序基本相同，但也各有侧重，财政部农业开发办将它们大致梳理如下。
1．有偿无偿相结合的扶持方式
国家农发办发布项目申报指南→项目单位通过当地农发办，逐级申报至省级农发办→省级农发办建项目库，进行初步筛选→国家农发办下达申报项目通知、指导性投资控制指标→省级农发办进行重点项目申报，组织对一般项目评审→国家农发办组织对重点项目进行评审，下达立项通知和正式投资指标→编制初步设计，并由省级或地级农发机构组织审定，或委托相关技术部门审定→省级农发办编报重点项目计划和一般项目备案材料→国家农发办批复重点项目计划，提出一般项目备案意见→项目实施→年度统计——项目验收、验收考评。
2．投资参股经营方式
国家农发办发布项目申报指南→项目单位通过当地农发办，逐级申报至省级农发办→省级农发办进行初步筛选→国家农发办下达申报项目通知→省级农发办进行项目申报→国家农发办组织评审，并委托社会中介机构对评审可行的项目进行资产评估→国家农发办下达审定意见→国家农发办与省级农发办签订委托监管协议→国家农发办下达参股资金→省级农发办授权资产运营机构进行运营→资产运营机构独立实施资本运营。
3．贷款贴息方式
国家农发办发布项目申报指南、下达项目申报通知→项目单位取得贷款(或取得银行同意)后，通过当地财政(农发)部门，逐级申报至省级财政(农发)部门→省级财政(农发)部门进行审查、核实，对符合要求的项目进行汇总，填列《农业综合开发中央财政贴息项目审核汇总表》报国家农发办→国家农发办进行审定，并下达立项通知→项目实施→原则上一年后，凭立项通知、借款合同、借款凭证等，按要求实行县级报账发改委的项目。
图3-1绘制的流程比较细致地介绍了财政支农资金在省级以下各级政府部门中的复杂流程，但是，其中没有体现出国家部委这个项目发包方的角色，而且，这个图中列出的都是财政厅下设的农发局，实际上，前面的分析已经说明还有大量的资金不是从财政厅的农发局走的。另外，图3-1中也没有列出非常规申报的情况。
图3-1 财政支农资金在地方的申报与拨付流程(由桐汭县财政局绘制)
图中代码注解:
1．报送项目建议书:县农发局每年二季度向各乡镇和龙头企业下发次年农业综合开发建库项目通知，县农业综合开发领导组召开会议，根据项目申报情况确定县级项目库进库单位，农发局组织专家编制进库单位申报项目建议书并将项目建议书和申报文件(一式两份)上报市农发办。
2．建立项目库:市农发办负责组织专家对项目建议书进行评审，对评审合格的项目报至分管领导批准向县农发局下达批复，并进入市级项目库同时上报省农发局备案。
3．报送可行性研究报告:县农发局根据省农发局文件要求，编制项目可行性研究报告，并将可行性研究报告及申报文件(一式四份)，上报市农发办。
4．上报:市农发办在收到可行性研究报告后负责组织专家评审，提出预评意见，交县农发局修改后并上报，经分管领导批准后将项目可行性研究报告和预评估报告上报省农发局(一式两份)。
5．报送项目初步设计:县农发局根据省农发局下达的项目投资计划，编制项目初步设计，并将项目初步设计及申报文件(一式四份)上报市农发办。
6．批复:市农发办在收到项目初步设计后，组织专家对初步设计进行评审，提出评审意见，报经分管领导批准，交县农发局修改合格后上报市农发办，市农发办批复下达，并将批复报省农发局备案。
7．申请拨款:县农发局根据批复的资金计划，提出资金拨款申请，上报省农发局，省农发局审核后拨付项目资金到县农发局专户。
8．无偿资金:项目实施企业(或供应商)向县农发局提出报账提款申请，经项目实施乡镇、工程监理、工程技术人员、农发局项目负责人、财务负责人及农发局长审核，报财政局领导审批后，县农发局财务经办人员开具拨款书并通过国库科拨款。
9．有偿资金:由项目实施企业根据项目计划与县农发局签订借款合同，办理抵押担保手续后，农发局开具拨款书并通过国库科拨款到项目实施企业。
图3-2中，我们根据《国家财政支农资金项目申报指南(2009—2010)》[18]和实地调研收集的资料，绘出一幅更为完整和一般性的流程图。
图3-2 财政支农资金投放的完整过程
在这个流程中，县级财政局、农委或发改委的作用很大，因为这个流程并不是自下而上的，而是先有上级发布申报指南，后有申报行为，因此，县级部门的引导作用是十分突出的。但在实际的操作中，地级市的影响也是存在的。由于这是一个政府主导的项目申报过程，因此，搞好与相关部门干部的关系对于农村能人就十分的关键。那些消息更灵通的人才可能得到更多更好的项目。所以，有人说桐汭县的能人有两种，一种是玩滑稽的，一种是苦干的。这种现象应该是全国普遍的。
就桐汭县而言，县级部门的引导作用更为突出一些。由于县域经济发展势头很好，各方面工作成绩突出，该县在2005年被列入财政直管县试点，2006年开始就自行推进财政支农资金的整合工作，该县2007年被正式列为财政直管县，2007年被列为本省的财政支农资金整合工作的试点县，2011年该县又成为全省两个全面省直管县之一。
2006年以来，桐汭县就开始努力整合资金。成立了支农资金整合领导组，以县长为组长，财政、水利、农委等多家职能部门为成员，统一部署和推进全县的支农资金整合工作，为抓好支农资金整合工作提供强有力的组织保障。制定《年度支农资金整合实施方案》，力求支农资金整合工作符合我县发展实际。同时，严格按照“统一申报立项、统一下达计划、统一组织实施、统一资金拨付、统一监督管理、统一绩效考核”等六个统一，规范支农资金整合工作。这种整合工作是以中心工作为平台的，该县在2006年就以发展现代农业和新农村建设为目标。2006—2007年共整合农林水、交通、城建、发改委部门的支农项目30个，整合财政资金5 698．1万元，重点支持了合乡焦村竹鞭精加工、卢乡竹笋保鲜和竹荪栽培等农业技术推广示范项目，杭镇横岗村、卢乡甘溪村、亭乡高峰村等小型农田水利工程设施建设项目以及县养猪协会农民专业合作组织等财政扶贫项目。
自2008年财政部下发了《中央财政现代农业生产发展资金使用管理暂行办法》以后，桐汭县将资金整合起来发展优势产业的思路更明确了。2009年县政府成立了财政支持现代农业生产发展资金项目领导小组，分管副县长任组长，县财政局、农委主要负责人任副组长，县农委、县财政局、县监察局、县畜牧水产局等相关部门负责人为成员，由县财政局牵头会同县农委负责组织项目实施和日常汇报工作。项目领导小组的成立，使项目得到了高位推动。基于本县农业产业的特点，桐汭县坚持把现代农业家禽产业生产发展作为财政支农工作重中之重，加强现代农业生产发展资金精细化管理，助推家禽产业高效发展。利用2008—2009年中央财政安排的现代农业项目资金1 260万元，重点用于补助良种引进、动物防疫设施、养殖小区改造、技术服务、培训推广等多方面建设。
应该说桐汭县的资金整合力度不小，但不可能也没有必要将所有资金都整合起来。2006—2007年，两年中共使用支农资金额度是12 558．1万元，整合资金为5 698．1万元。2008年到2010年底，全县共实施现代农业项目总投资6 041万元，被列入财政支农资金整合范围的资金1 000余万元[19]。
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