由于政治上的原因，农村信用社经历了两次下放和收回管理。1958年的大跃进和人民公社化运动，把农村信用社下放给人民公社，改为公社的信用部，财权、人权、资金权都交给公社，由公社负责经营管理。以后又把信用社下放给生产大队管理。这样，信用社就失去了它的独立性，变成公社和生产队的小金库，脱离了社员群众监督，银行也管不着，信用社干部待遇由生产队记工分，参加分配，许多人回家劳动。结果，信用社资金被乱挪乱用，存款减少，贷款收不回来，信用关系遭到破坏，信用社发生了亏损。群众失去了对信用社的信心，也不存款了。许多信用社业务停顿，陷于解体。1959年，国务院决定收回下放给公社的财贸管理权限，恢复信用社仍由银行负责管理的体制，银行进一步加强了对信用社的领导。
在对信用社进行整顿的基础上，1962年11月，党中央和国务院批准了人民银行拟定的《关于信用社若干问题的规定》。该规定确定：“我国的农村金融有两种所有制，一种是全民所有制的国家银行，一种是集体所有制的信用合作社。信用社是农村人民资金互助组织，是国家银行的助手，是我国社会主义金融体系的重要组成部分。”
1969年，信用社交由贫下中农管理，财权、人权、资金权都由贫下中农管理委员会管理。许多信用社干部回家从事劳动，信用社利息被视为剥削，大幅度降低利率，信用社民主管理被架空，造成信用社业务发展缓慢，亏损的信用社大大增加。
在“文化大革命”后期，银行进一步加强了对信用社的领导，多次对信用社进行整顿，业务有所发展，把信用社干部的政治待遇和经济待遇提高到与银行基本一致。国务院于1977年11月发出《关于整顿和加强银行工作的几项规定》确定：“信用社是集体金融组织，又是国家银行在农村的基层机构。”实现了第二次收回。根据这个规定，人民银行于1978年5月发出通知，规定“农村金融机构的设置，原则上按人民公社设信用合作社，或营业所、信用社合一的机构”。1979年，国务院在《关于恢复农业银行》的通知中重申了这个规定：“农村信用合作社是集体所有制金融组织，又是农业银行的基层机构。”
信用社管理体制的多次改变即脱离银行领导下放给社、队管理，都使信用社的组织和业务遭受很大破坏；多次收回又多次强化信用社机构的国家银行化，使信用社由“民办”走向“官办”，无论是社、队管理，还是信用社机构的国家银行化，都使信用社背离了合作制的性质。
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