在国库现金管理过程中，防范和控制国库现金管理中的风险应放在第一位。一般而言，资金的运作管理应综合考虑盈利性、流动性和安全性，但国库库存资金本质上仍是财政资金，属于国家财政掌握调度的财力，其运作的原则应是安全性第一，流动性第二，赢利性第三。国库资金都是列入政府预算的，决不允许有任何本金的损失，所以安全性必须保证；国库现金存量变动频繁，要满足日常支付需要，所以要保证其流动性；最后才是提高国库现金效益，减少管理成本。我国国库现金管理基本思路有如下几方面。
一、做好国库现金流量预测
注重货币时间价值和现金机会成本，建立国库资金动态分析机制，做好国库现金流量分析。国库现金流的准确预测，是开展国库现金管理工作的基础，全面、准确、及时的国库收支预测，能为国库现金管理提供量化的操作目标。
（1）国库存款余额变动趋势的研究与分析。每月定期编制财政国库存款情况分析表。
（2）国库现金流量预测分析。发挥国库集中支付用款计划和资金支付的控制预测功能，补充、完善财政国库现金流量预测基础数据库，建立包括财政部门、税务部门和中国人民银行的横向联网（简称财税库联网），及时共享财政收支数据和相关信息，做好财政国库资金收支运行规律研究分析，建立日常国库现金流量预测机制，充分运用基础数据信息，利用先进的数量统计分析模型，准确预测最佳库底资金存量，进一步提高国库现金管理水平。
二、发行短期国债
从国际国库现金管理经验来看，建立短期国债发行机制显得非常重要。很多国家都是根据实际收支和最新财政收支预测情况定期调整预算赤字和借款数量，而借款数量的调整，通常都是通过增减短期债券发行量来实现的。由于短期债券期限短，灵活性强，因此定期发行短期债券便可确保有足够资金满足支出需要。反观我国，发行的国债当中以中长期债券居多，急需建立短期国债的定期发行机制。
（1）短期国债期限短、流动性强，交易价格又具有一定的稳定性，适合作为公开市场操作的工具，货币市场需要短期国债来予以丰富品种，货币政策的调控需要借助短期债券来予以实现。
（2）短期债券的定期发行，有利于调节财政收支的季节性余缺，有利于熨平国库存款余额的季节性波动，减低筹资成本。今后在拟定筹资方案时，既要定期发行中长期债券，也要定期发行短期债券，使二者有机结合。
（3）短期国债市场的建立，有助于完善货币市场收益率曲线，为货币市场提供利率基准。随着利率市场化的推进，各种金融产品的价格都需要通过市场机制予以定价，而这需要有很好的定价基准作为基础，短期国债市场就能够提供这样的定价基准。开展国库现金管理后，财政部门可以定期、均衡、滚动发行3个月期和6个月期的国债等短期债券。短期国债的滚动发行将逐步形成短期债券的基准收益率，并最终形成长期浮动利率债券的利率基准。短期国债的滚动发行将直接影响货币市场利率的走势，并有利于形成完善的短期收益率曲线。
三、国债发行与国库存款余额管理有机衔接
除了建立短期国债发行机制外，还需建立国债发行与国库存款余额的衔接机制。如果不减少债券期限品种和发行数量，以及从市场上买回大量债券，那么继续大量发行国债不仅增加国家债务余额和政府利息支出，还会积累大量闲置资金，使得现金管理转变成一项资产管理。从经济运行周期来看，当经济运行态势较好时，国家财政收入增加，社会各方面要求的财政投入并不会与财政收入增幅同比例增加，即财政支出并不会成比例增加，一般会形成当年结余，即库底资金增加，就可以相应地减少国家举债数量或提前买回部分国债。或者当财政支出仍然大于财政收入时，从平衡预算的角度来说，财政赤字就会相应地减少，即可以减少发债。当经济形势不容乐观时，如出现全球金融危机时，国家为了使国内经济能够快速摆脱困境，出台一系列税费减免措施，使得财政收入有所减少；而另一方面，为了扩大内需，政府又加大了对企业的财政扶持力度，加大了对公共基础设施建设的投入，使得财政支出相应增加，最终使得财政预算赤字增加，这个时候就不得不增加发债规模。如根据2009年中央政府财政预算，为弥补财政减收增支形成的缺口，拟安排中央财政赤字7500亿元，比上年增加5700亿元，同时国务院同意地方发行2000亿元债券，由财政部代理发行，列入省级预算管理，全国财政赤字合计9500亿元。在发行债券的同时，财政历年有一定结余，一部分也可以用来冲抵部分财政赤字。
四、国库现金管理与货币政策充分协调
一方面国库现金管理通过商业银行定期存款、买回国债等公开市场操作，使得国库现金变成基础货币流入市场，势必增加市场的流动性，将对货币市场和货币政策产生影响，这使得央行在实施货币政策时需要将国库现金管理运作的影响考虑在内。
另一方面，国库现金的增加具有回笼基础货币的功能，会对冲央行的基础货币投放，因此央行公开市场操作必须密切关注国库存款余额的变动情况，可通过本外币公开市场的操作对冲国库存款余额增减对基础货币的影响。除此之外，国库资金的收支变动情况会对整个社会的资金流量产生影响，当国库沉淀大量的财政存款时，会造成商业银行储备减少以及整个社会资金供应量的乘数递减，产生强劲的银根紧缩效应，这也需要和货币政策进行配合。为保持货币供应量、市场利率的相对稳定，应利用国库现金余额的变化对货币政策进行微调，同时，在坚持对冲操作大方向的前提下，根据国库现金流量的特点，适时适度进行灵活操作，避免国库收支的巨大波动造成货币的急剧收缩和扩张，从而减少国库现金操作对货币政策的冲击。因此，我国急需建立国库现金管理与货币政策的协调机制。如果两方面协调得当，通过国库现金管理的具体操作平仰国库收支现金流的起伏波动，不仅可以保持货币市场适度的流动性水平，而且能降低公开市场操作成本，促进央行实现其货币政策目标。
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