在肯定成效的同时，调研也显示，由于受到政治体制改革相对滞后、支持创新的市场环境尚不健全，包括高校、科研院所等在内的科研机构泛行政化等因素的影响，目前我国的政府创新管理也存在权责脱节、多头管理、重复分散等一系列问题，与现代科技创新发展的整体性、协同性和综合性的要求不相适应。具体表现在如下六个方面：
(一)政府创新管理的定位偏低，管理内容狭隘、管理模式单一
在我国传统的政府公共管理当中，科技创新被认为是与医疗卫生、文化、教育等相类似的一项“事业”，政府创新管理从而被列为社会事业管理，定位相对较低。然而，美国、欧盟和东亚日、韩等国的政府创新管理实践表明，随着科技产业化周期的日益缩短，科技创新的利益相关群体日渐广泛，现代创新活动已逐渐深入地渗透到世界各国政府的公共管理领域中，在保障国家安全、提升综合国力和增强国家竞争力的经济、政治、社会、文化、国防等各个领域均产生了显著的影响。科技创新与各行业融合发展，为社会各领域提供发展的智力支持，改善了经营和管理手段，增进了社会财富积累，成为国家竞争力的核心标志。因此，科学创新已经不同于农业、工业、文化、卫生等相对独立的领域，而是跨领域、兼具社会性和政治性的复杂系统，具有相对的复杂性和综合性。政府创新管理已经突破了传统的社会性公共事务范畴。
但是目前我国的政府创新管理定位在卫生、交通等一样的行业或领域管理，而没有视同为与宏观经济、公共财政等一样的综合管理，管理内容狭隘，管理模式单一。多数的人、财、物等资源用在科技计划项目的管理、特别是产业化项目的管理上，表现出我国传统政府创新管理的急功近利倾向，以及满足“政治需求”胜过满足“顾客需求”的价值取向。政府创新管理基本上是运用各种计划，从最上游的基础研究如“973计划”到高技术发展的“863计划”，再到下游的“星火计划”，政府对创新活动的操纵能力空前提高，但管理手段非常传统，计划色彩相当浓厚，最主要的表现就是“立项—申请—研究—报奖—评奖”这一过程35。科研项目成为政府创新管理的核心——达成科技发展的目标、完成创新管理的任务，唯有设立、推进、完成科技项目一途，舍此无他。国家创新战略、科技创新政策法规实施效果的评价等宏观和综观层面的管理任务，既没有得到应有的重视，又缺乏必要的方法论支撑。此外，一些很重要的政府创新管理内容也被轻视了，如创新环境的培育、创新绩效评估与监督机制的设立等。
(二)创新管理部门在政府序列中的地位偏低，宏观统筹职能与权力缺位
我国现行的政府创新管理体制主要形成于1998年的政府机构改革，由科技部统一规划、管理、组织和协调全国科技创新，但其他另有14个中央政府部门规定了具体的创新管理范围，并拥有完善的科研管理机构和独立的国家财政预算资金。因此，虽然从整个政府层面来看，我国创新管理的职能相对集中，具有行政主导色彩，但科技部作为中央政府创新管理的统筹部门却没有相应的职能与权力，与其他中央部委处于平级甚至低人一头的地位，而地方创新管理职权也主要由地方政府掌控，结果导致国家宏观创新管理体制存在权力高度集中和过分分散的双重矛盾。一方面政府创新管理的权力高度集中在中央层面，资源配置、政策制定、项目管理等均主要由各中央部委决定，地方政府和社会性创新主体的管理权力受到严格的限制。另一方面，由于中央政府的创新管理几乎涉及国务院各部委，而地方政府创新管理又以省级政府为主，且各级政府部门都有直接管理的科技创新项目，结果导致部门之间、军民之间体制分割，政出多门，相互掣肘，职能交叉重叠，科技部作为平级机构根本无法真正实现全国性创新活动的综合管理和统筹协调职能。
对比东亚的近邻韩国，虽然同样是集中型的政府创新管理体制，但韩国总统的权力直接渗透到创新管理机构中，国家科学技术委员会议、国家科学技术审议委员会和国家科学技术咨询委员会委员长一职，均由总统兼任，国家科学技术委员会的其他委员则由总统令规定或者总统直接推荐产生。韩国甚至一度将科技部升格为副总理级别，作为副总理的科技部部长，同时出任科技长官会议委员长和科技创新部(副部级)部长一职。因此，尽管目前我国的科技部努力建立部际协调、省部会商等沟通机制，但由于宏观统筹职能与权力的缺失，全国层面政府创新管理“九龙治水”的状况并没有得到根本改观，各部门、各地区间创新资源配置不合理、使用效率低、重复浪费大，国家科技计划和创新政策难以有效落实，科技创新难以综合集成，科技创新成果难以协同转化，不利于建设创新型国家目标的实现。
(三)政府创新管理的工作效能偏低，行政官僚化倾向导致寻租腐败行为
由于目前政治体制改革的相对滞后，我国的政府创新管理行为存在比较严重的行政官僚化倾向。政府创新管理部门作为传统的官僚科层制组织，强化职位权威与等级控制，强调上下级关系，坚持条块分割保证部门职权与利益，重视工作程序而轻服务，缺乏追求公共利润的动机和激励。政府创新管理部门的工作人员，无论是公务员编制，抑或是事业单位编制，总体进入门槛高而流动性小，缺乏竞争，而内部论资排辈的情况依旧严重，缺乏活力与效率。一方面，政府创新管理部门的经费源于国家税收等公共资金，缺乏明确的利益主体，无论是部门自身还是其工作人员，在现行的激励机制之下，都无法建立工作成效与科技创新利润之间的有机联系，因而追求创新管理公共利润的动力不足，转而利用其职权去追求部门或个人效用的最大化。另一方面，目前的政府创新管理依然坚守着传统计划经济时期的管理模式，业务主体依旧是科技计划编制、科研经费核定与拨付、科技项目管理以及科研创新成果验收和鉴定等微观管理工作，在信息不对称、监督机制缺失和委托—代理关系普遍存在的情况之下，出现了“汉芯”、院士造假等丑闻，政府创新管理过程中的寻租腐败行为屡禁不止。
寻租腐败行为目前正直接而深刻影响着我国政府创新管理的工作效率。政府科技创新计划与项目管理过程中存在各种委托—代理关系，而在政府管理部门与科技创新项目承接机构(或个人)之间又存在着信息不对称和“激励不相容”。政府的科技创新计划编制和科技政策制定部门及具体的项目审批官员拥有决策、实施管理和监督检收等垄断性职权，但在管理过程中却没有充分引入竞争机制、监督机制和法制手段，成为市场中的重点寻租对象。政府管理部门的工作人员不但难以消除这种信息不对称，反而可能利用目前外在监督机制缺失的状况积极从事各种寻租腐败行为，在政府创新管理的过程中与委托机构(或个人)共谋而寻求私利。总之，以权钱交易为主要形式的寻租腐败活动破坏了政府创新管理过程中公平竞争的市场择优机制，打击了企业等创新主体的积极性，导致政府创新管理的盲目性和重大失误，造成了资源的浪费和政府工作效率的低下，成为我国构建国家创新体系的潜在威胁。
(四)市场对创新要素配置的导向性作用偏低，创新资源缺乏有效整合
改革开放以来，我国逐步建立健全社会主义市场经济体制并与国际接轨，但科技创新管理尚未能充分发挥市场机制在科技资源配置中的基础作用，与社会需求结合不够紧密。主要表现在两方面：一方面是科技成果转化难，难以产生明显的经济效益；另一方面是政府创新管理部门的领导作用发挥不够，产学研结合不够紧密。统计数据显示，在专利申请不断攀升的背景下，我国科技成果转化率低下问题日益凸显。目前我国科技成果转化率仅为10%左右，远低于发达国家40%的水平，实现产业化的更是不足5%36。而且许多科技成果还存在含金量低、脱离市场及企业实际需求等现象，造成了科研资源的浪费，科技进步贡献率大大降低，我国经济增长方式转化以及经济结构战略性调整受到严重制约。
虽然近年来我国科技研发投入快速增加，但创新资源配置不合理，利用效率低，大量的科研成果不能转化为应用技术。目前我国的科技创新投入呈现多层次性和分散化的特点，科技经费分散在各级管理部门及其所属的科研单位进行管理，直接纳入部门预算。以科技系统为例，中央一级的财政预算单位就有科技部、中科院、工程院、中国社会科学院、中国科协、自科基金委、全国哲学社会科学规划办公室，各个部门分别行使科技预算分配权。这导致一方面科技投入过程中相互交叉的现象经常出现，另一方面在高新成果产业化等领域又一直面临着资金短缺的窘境。我国许多重大专项投入了大量研发资金，但研发和商业化脱节，出成果慢，专利市场价值低。高等院校科研项目体系过度重视基础研究的投入，却忽视开发市场方面的研究以及市场需求，轻视科技成果的应用推广，进而难以转化为现实生产力。与教育经费支出倾斜形成对比的是，政府对企业创新研发投入比例的相对低下。目前中国财政科技支出中企业仅占比15%，而发达国家则达30%以上。中国大中型企业科技研发支出目前占主营业收入的比重仅为1%，与发达国家大企业5%的水平也有很大差距37。
(五)政府创新管理的法律法规效力等级偏低，缺乏稳定性和权威性
我国于20世纪80年代全面启动科技立法，1982年《宪法修正案》第一次以根本大法的形式把发展科技确立为基本国策。依据《宪法》规定，全国人民代表大会及其常务委员会制定的法律具有最高等级的效力，其次是国务院制定或批准制定的行政法规，效力仅次于法律；国务院各部委制定的规章、地方人民代表大会及其常务委员会制定的地方性法规等，效力又次之。1993年全国人民代表大会颁布的《科学技术进步法》是我国的第一部科技基本法，并于2007年进行了修订，确立了我国科技创新管理的指导思想、基本原则和建设创新型国家的总体目标。目前，一个以《宪法》为后盾、以《科学技术进步法》为基础，《专利法》《著作权法》《商标法》《计算机软件保护条例》《反不正当竞争条例》《植物新品种保护条例》《科技进步奖励条例》《自然科学奖励条例》《发明奖励条例》《科学技术普及法》《促进科技成果转化法》《民法通则》和新《刑法》等在内的科技创新管理的法律体系已经形成38。
通过对全国人民代表大会、党中央、国务院以及涉及政府创新管理的部委机关制定的法律法规的梳理，可以看出，我国的科技创新管理立法仍处于起步阶段，存在以下问题：一是科技创新管理的法律法规整体效力层级较低。与科技创新管理相关的法律法规主要是由国务院及其各部委制定颁布的，高效力等级的法规较少，难以形成社会强制力。二是不同效力等级的法律法规之间缺乏协同。全国人民代表大会、国务院及各部委制定的法律法规之间层次关系混乱，许多法律颁布之后缺乏相应的配套措施，各部委的法规之间也缺乏协同。三是缺乏科研机构管理法，我国科技创新工作主要是由科研机构承担，但是目前我国没有专门的科研机构管理法，国家对科研院所的管理及监督缺乏法律依据。四是科技创新法律制度体系不完整，科技创新的某些领域还存在法律空白，如我国缺少专门的《科技投入法》，虽然在很多科技法律中都涉及科技投入问题，但往往仅为原则性的规定，科技投入的强度和比例得不到法律的切实保障。五是现行的科技创新法律制度还存在着很多制度缺陷，需要通过创制和修订相关法律法规予以完善，如科技成果的知识产权保护中存在的职务发明归属问题、驰名商标保护的问题。
(六)政府创新管理的认识层次偏低，政治需求凌驾于社会创新需求之上
目前我国对于政府创新管理的认识层次偏低，主要体现在三个方面：
其一，科技创新管理到底走市场化道路还是走以国家主导的道路，目前社会各界还没有形成一致的认识，各科技创新主体思想认知比较混乱39。系统地考察政府创新管理的发展趋势，首先应明确政府与市场在科技创新中的互动关系。目前在我国的科技创新管理过程中，政府与市场的分工不清，大量本应由市场、企业投入、运作和管理的研究开发活动，仍然在政府的行政主导和控制下，政府在科技创新管理中的缺位、错位与越位的现象时有发生。这导致政府有限的投入分散化，不能集中到应当由政府管理的科技创新活动之中，同时也限制了企业技术创新力量和自主管理能力的增强，政府执行的科学研究和企业自主的技术创新在管理层面都面临着重大的挑战。
其二，我国各级政府创新管理仍然聚焦在微观层面，以科研项目管理与评估作为核心内容。政府创新管理可分为点、线、面三个层次，分别对应微观管理、中观管理和宏观管理三个层面。其中，微观创新管理主要关注科技创新需求调研，科技预测，科研项目的申报、评估与成果转化，科技统计等“点”上的执行落实问题；中观创新管理主要关注科技计划、科技专项、科技人才、科技经费、科研机构等“线”上的承转协同问题；宏观创新管理则主要关注科技体制、科技规划与政策法规等“面”上的总体设计问题(见图2-3)。但是以各种名目繁多、政出多门、各自为战，且缺乏科学、系统评估和监督机制的科研项目作为政府科技创新管理的核心，往往导致各种创新主体把注意力和各种科技资源完全投入到政府的“政治需求”而非社会创新需求上，混淆科学活动与技术活动的组织结构和运行管理机制，也不利于政府全面履行创新管理职责。
其三，我国以政府为主导、企业为主体、市场为导向的创新管理体系，对政府、企业、社会、个人等活动主体的利益问题辨识不清。目前的创新管理过程中，政府的导向决定了科技创新个体收益与社会收益最终分配，而强调以企业为主体、市场为导向，也不能充分调动个人科技创新的积极性。倡导企业为主体的科技创新并非等同于个体的科技创新，即使创新组织由创新个体组成。同样的，中央与地方政府在创新管理过程中大量复杂的博弈关系仍旧涉及各政府部门之间以及上下级政府之间权力与利益分配问题。
图2-3 政府科技创新管理的点线面层次结构40
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