《大同书》在康有为生前只发表了甲、乙两部，此后，他虽屡经修改，但在他生前，也只公开了甲、乙两部。
《大同书》全书是康有为逝世后由钱定安整理，交中华书局于1935年4月出版的。从这部《大同书》中（下简称“钱本”）可以看出，康有为虽屡经修改，却迄未定稿。
举例来说，甲、乙两部之后，是丙部《去级界平民族》，“钱本”不分章节，到“印度种族阶级之制最害，故其众多种族”一段后结束了（“钱本”第176页，“今本”第114页）。此后“同种国既合一矣，既大同矣”以下五段，却挑入“丁部”（第一、二段见“钱本”第177—178页，文字有改动），后来“今本”作了调整，并在“丙部”末后说明：
出版者按：从“同种国既合一矣”起五段，读“去种界同人类”，原稿列入丙部中，中华本（即“钱本”）将这五段分插入“丁部”，与“丁部”原文有重复，今照原稿。
可知它丙、丁两部虽经修改，却未定稿。且丙、丁两部与最后壬部、癸部都不分章节，文字也简短，似与全书不够统一，说明迄未“定稿”。
新中国成立后，章锡琛、周振甫两先生参照“不忍本”、“钱本”，并从康同璧先生处借到一种钞本，重新整理，并参照各本上下文义，对显著错误加以订正，于1956年，由古籍出版社（北京）出版，在《出版者说明》中说：
本书原是未完成的初稿，如丙部《去级界平民族》最后五段，与丁部《去种界同人类》文意重复，在246页等原稿的注文更其显著。其中甲、乙两部曾刊载1913年的《不忍》杂志，后来在1919年印出单行本，全稿直到1935年即著者死后八年，才由他的弟子钱定安交中华书局出版。钱序虽有校订其全书的话，实际怕没有经过很好的整理，对原稿中错误衍脱的字句都任其保留；加以出版者的粗疏，错误更多。这次重印，除上述各本外，又从著者家族那里借到一种抄本。我们参照各本和上下文义，对于最显著和错误加了一些订正。但因原稿中引用的资料都没有注明出处，有些更因文字晦涩，无法了解，只得仍照原书排印，不能一一修改。
例如《去苦界至极乐》末后，“出版者按”：
中华本“癸部”不分章，原稿“癸部”仅有“第一章治教以去苦求乐”，无第二章；小标题有“饮食之乐”“衣服之乐”至“灵魂之乐”，缺“居处之乐”“舟车之乐”。今按文意补。
可知标点是很严肃的。
“出版说明”虽然没有明确指出它的撰书年月，但说：“著者在本书中，依据《公羊》学说，把社会的发展分为据乱、升平、太平三世，以太平世为理想社会的最高阶段。”康有为崇《公羊》、尊孔子是在第一次上书不达以后，可知编者对康有为自称1884年撰有此书是不相信的。
古籍出版社所编《大同书》，“今本”校点认真、编标合理，尽管这时《大同书》手稿尚未发现，未能参校，但无疑是当今最好的《大同书》标校本。
康有为为什么对这“感国难、哀民生”的重要著作始终不肯全部露布？这可能是因为1902年后国内形势起了很大变化。
《大同书》甲部、乙部是在1902年后十一年，于《不忍》发表，并于1919年将它出版单行本的。这十几年间，国内外形势又发生了极大变化。辛亥革命胜利，清朝统治结束；袁世凯谋复帝制；第一次世界大战爆发，日本侵占青岛等等，康有为返国后“靡靡喋喋，不能已于言”，创刊《不忍》杂志，组织孔教会，神化孔子，崇奉儒经，想望复辟帝制，我在“《不忍》和《大同书》甲部、乙部”中已经阐述。随着时局的动荡，思想的转移，康有为对前所撰写的《大同书》，有的言论已为事实所否定，“大同三世”也推不出更好的办法。这样，尽管他不断修改《大同书》，而社会的发展又每与他的“大同”理想事与愿违，这样，屡经修改的《大同书》也就不可避免地有着前后矛盾。
康有为对这十几年来社会动荡、生民涂炭，不是不知道，但他不是把它归结到帝国主义的侵略和封建主义的压制，而是归结到“不听我言”，说：
当吾游印度之时，吾门人梁启超等多唱言革命自立者，吾乃驰书数万言，举印度时事以戒之，而梁启超等不听，日倡革命分立之事，遂以大乱中国，涂炭生民，一至于是也。当辛亥之变，吾草《共和政体论》及《救亡论》，大声疾呼，以告国人，假使张绍曾所草十九条即定为政体，虽国会之权太重，而政本既定，亦可渐图治安，而国人如饮狂泉，不听我言，袁世凯因而篡位，遂积乱危国至今。年来吾国人士快于一时之忿，不审中外之情，妄举欧美之学说，力保共和，高谈联邦，尽扫中国数千年之政治道揆法守而一扫之，甚至欲废孔子之教，几若恶面皮之黄欲剥之而涂以白色粉也，其白否则不可知，而剥皮则已死矣。举国之人&洞颠狂，乱舞傞傞，中风而狂走，吾窃痛之哀之，乃撰《不忍》杂志诸文注射其脑以醒之，而国人不听，或反唇相稽，以不狂者为狂焉，遂至今危乱内争，而国将亡也。……然四十年来，吾所言未尝不中，而不听吾言者未尝不败也，吾岂敢一得而自矜哉。[1]他再是“自矜”，仍掩饰不掉《大同书》中的前后矛盾。
《大同书》中以“太平世”（大同）的社会组织形式为全世界成立一个统一的整体，最高的中央统治机构叫做公政府，说什么：“夫近年以大同纪年，当以何年托始乎？”“近年大地万国大合之纪事，其莫如荷兰喀京之万国同盟矣。是事也，起于己亥，终于庚子。庚者，更也；子者，始也；庚子之冬至为西历一千九百零一年，耶纪以为二十世开幕之一年者，当即以庚子春分为大同之年托始之正月朔也”（第90页）。然而，荷兰“海牙和平会议”开后，仍旧列国相争，战乱不已，他也只能说是“以千年之后行大同之法”（第223页），并说是不能“超越”、不能“一跃高飞”了。
康有为在政变后看到《天演论》，旅居新加坡，还和丘菽园共论“天演”，在他《大同书成题辞》说：
千界皆烦恼，吾来偶现身。
犹囚哀浊世，饥溺为斯人。
诸圣皆良药，苍天太不神。
万世无进化，大地合沉沦。
这里提到了“进化”。《大同书》中很多章节，显然是受到进化论的影响，有时还特别提出达尔文。如：
然则欲弭兵而去国，天下为一，大地大同，岂非仁人结想之虚愿哉？然观今之势，强国义不能骤去，兵争不能遽弭，而以公理言之，人心观之，大势所趋，将来所至，有必讫于大同而后已者，但需以年岁，何以曲折耳。孔子之太平世，佛之莲花世界，列子之甔甀山，达尔文之乌托邦，实境而非空想焉。（第69页）以为“大势所趋，将来所至，有必迄于大同而后已”，并以孔子、佛、列子与达尔文并举：
天演之哲学日明，耶、佛、回教日少日弱，新教日出，大僧日少而日衰，久必化为平等矣。（第114页）
以此而推，今者非洲之黑人虽有万万，千数百年后皆为白人所夷灭，否则白黑交种，同化于白人，此天演之无可逃者也。（第117页）
以“去种界”为“天演之无可逃”，显然也是受了“天演”的影响。书中又云：
政党之事，惟竞争乃能进化，不竞争则不进，然竞争则坏人心术矣。（第260页）
近自天演之说鸣，竞争之义视为至理，故国与国陈兵相视，以吞灭为故然，人与人机诈相陷，以欺凌为得计。百事万业，皆祖竞争。以才智由竞争而后进，器艺由竞争而后精，以为优胜劣败乃天则之自然，而生计商业之中，尤以竞争为大义。此一端之洗耳，岂徒坏人心术，又复倾人身家，岂知裁成天道、辅相天宜者哉！（第236—237页）
对“皆祖竞争”引发的“陈兵相视”、“讥诈相陷”，康有为提出了异议。这节文字是后来增补，和以前对“天演”的看法已有不同。
《大同书》庚部最后一章“四禁”中第三还以“禁竞争”为题，说是：
其妄谬而有一知半解如达尔文者，则创天演之说，以为天之使然，导人以竞争为大义，于是竞争为古今世界公共之至恶物者，遂揭日月而行，贤者皆奉之而不耻，于是全地莽莽，皆为铁血，此真大罪过于洪水甚矣。夫天演者，无知之物也，人义者，有性识之物也，人道所以合群，所以能太平者，以其本有爱质而扩充之，因以裁成天道，辅相天宜，而止于至善，极于大同，乃能大众得其乐利。若循天演之例，则普大地人类，强者凌弱，互相吞啮，日事兵戎，如斗鹌鹑然，其卒也仅余强者之一人，则卒为大鸟兽所食而已。（第285—286页）
同一书中，前者援“天演”之说以明人种的“优胜劣败”，而后者却斥为“一端之说”、“无知之物”，“罪过于洪水”。对“天演”说看法的完全不同，说明他思想的变化和《大同书》经过增订，却迄未“定稿”。
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