在各种批评和批判的压力之下，冯友兰也作自我反省和批判。他的自我批判内容涉及1949年前的“贞元六书”和两卷本《中国哲学史》，以及1949年后的“抽象继承法”等。此处重点论述他对抽象继承法的自我批判。
和关锋等人的批判一样，冯友兰也把抽象继承法和自己1949年前的哲学与哲学史研究联系起来，指出“五四”以后，研究中国哲学史明显有无产阶级和资产阶级两条路线，自己走的是资产阶级的路线，和马克思主义的中国哲学研究为敌。抗战时期，自己把作为封建统治思想的程朱哲学和资产阶级的新实在论结合起来，构成了一套反动的“新理学”唯心主义哲学体系，成为当时反抗马克思主义和中国革命的思想武器，为国民党服务。解放后自己那一套反动思想并没有得到改造，在1957年的“百家争鸣”之中，又作为“百家”之一，与马克思主义“争鸣”，修正马克思主义。“过去的一年内，修正主义表现在哲学史研究上，就是‘为唯心主义的较高评价而斗争’，企图修正日丹诺夫的哲学史定义，强调中国哲学史的特点，企图使哲学史发展的规律不适用于中国哲学。这是一场严重的哲学思想斗争，也就是一场严重的阶级斗争。资产阶级哲学家不甘心唯心主义随着中国底资产阶级共同灭亡，在国际修正主义逆流汹涌底时候，以‘百家争鸣’为护符，以反教条主义为借口”，向马克思主义进攻。政治上的代表是“章罗联盟”，思想上的代表是自己和贺麟。自己的武器就是抽象继承法。其认识论根源和新理学一样，是割裂了一般和特殊，是唯心主义和形而上学；其阶级根源就是“保持封建的资产阶级底哲学阵地，抵抗马克思主义”。“抽象继承法”在理论上荒谬，在实践上有害，其阶级根源就是要“保持封建的资产阶级的唯心主义哲学底阵地，抵抗马克思主义”。[315]不久，冯友兰又发表了《新理学的原形》，系统检讨了新理学体系的反马克思主义性质。[316]1959年5月，冯友兰写成《四十年的回顾》，深刻地检讨了自己过去四十年间的所作所为，说：“这四十年间，在中国历史中最伟大的时期，我有时自觉地，有时不自觉地，在中国哲学界，做了一个逆流的体现者，一名反面的教员。”[317]文章承认，“哲学史的对象，必然是唯物主义发展的历史”；一个唯心主义体系如果其中还有一点合乎真理的东西，那不是它的唯心主义观点，而是它的唯物主义成分；“哲学史中有一些部分是可以为任何阶级服务的。这是修正主义的结论”。[318]冯友兰又发表了《批判我底“抽象继承法”》，承认右派分子在政治上的代表是章罗联盟等，在思想上的代表是自己和贺麟；抽象继承法对命题的具体意义和抽象意义的分割比“新理学”更为诡辩。[319]汤一介认为，这个自我批判不够深刻，没有触及反动哲学的阶级性的病根。[320]
但是，冯友兰并没有完全放弃“抽象继承法”。1959年5月7日至8日，为纪念“五四”40周年，中国哲学学会在北京大学哲学系举行中国哲学史讨论会，讨论议题有哲学遗产的继承问题。关锋、任继愈、杜国庠、任华、苗力田等批判“抽象继承法”。冯友兰认为“抽象继承法”虽有错误，但也抓住了一些现象，并非一无是处，还可以讨论。不久，他又发表了《质疑与请教》，认为《新原人》和“抽象继承法”在认识论上有其价值，并不完全是向壁虚构；哲学的认识论根源有其独立性，不能完全置之不理。关于中国哲学的遗产继承问题，他以范文澜、毛泽东诗词为例指出，“抽象和具体，一般和特殊，是可以分开来看的”，这是自己“抽象继承法”的认识论根源。当然，冯友兰说此话是十分谨慎的，并表现出一定的疑虑。他说：“以上所说，可能还是新理学思想在作祟……我把仍然在我思想中作祟的旧哲学思想暴露出来，请同志们继续批判和帮助。”[321]对于冯友兰的“质疑”，关锋发表了《答冯友兰先生》，仅针对冯文认为《新原人》是客观唯心主义做出回应，认为是主观唯心主义。而对于冯友兰所提出的抽象继承法的认识论基础，则未做出回应。
如前所述，反思是受制于政治逻辑而中挫的。对于学术的影响和干预是新政权对意识形态领域的进驻和占领，这个过程在1957年前后，毋宁说才刚刚开始。只有当政治干预学术的逻辑充分展开，它的荒谬性充分暴露后，学术和政治才可能相对地各安其位，而这要等到“文革”以后了。整个国家当时还不知道、也没有学会把学术和政治相对分开。令人惋惜的是，那个时期的学者，处于从极端干预到相对分开的历史过程中，他们为了这个民族最终能够认识到学术和政治应各居其位、政治应从属于学术，付出了宝贵的人生。这或许是一个民族走向理性成熟所必须付出的代价！自封为马克思主义的，却危害了马克思主义；而被认为是非马克思主义的，客观上反倒是在帮助马克思主义。这是当代中国历史的一个深刻悖论！一言以蔽之，极“左”误国！误民！误学！
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