1960年至1965年间，冯友兰仍然遭受着批判；同时又享受着一定的政治待遇。对于这些待遇，他表示感激。他不断地自我反省、自我批判，也批判他人的学术观点。1960年2月，中共北京大学校党委撰写《冯友兰》小传。云：冯友兰在解放前“为蒋介石献策，宣传道统，从思想上反对共产党，实为国民党反动派的御用哲学家”；解放后虽然也作过一些检讨，承认自己是“四十年来作逆流”，但“‘新理学’的观点都原封未动”，“始终与党不是一条心……通常通过学术问题与党的领导相对抗，在中国哲学史方面与党争夺领导权”，“至于政治立场更没有多大改变，资产阶级学术思想仍然根深蒂固。政治排队，整风反右时期中右，现在仍为中右”。[8]1960年4月、7月，北京大学哲学系两次组织学生以“教学检查”的名义对冯友兰进行大会批判，部分学生说冯友兰的思想是反马克思主义、反社会主义的，听他的课是浪费青春。冯友兰表示，自己可以不写讲义，让学生少浪费一些青春。哲学系中国哲学史教研室又召开两次小会，动员冯友兰讲出不同意见。7月30日，北京大学哲学系写出《冯友兰先生所授“中国哲学史”一课情况》，说冯友兰解放前是帝国主义的反动新实在论的贩卖者，一贯仇视马克思主义，解放后立场不变。1956年国际反共潮流嚣张，他提出“抽象继承法”，与党和马克思主义相抗争，企图使资产阶级哲学复辟。1959年写《四十年的回顾》，实际上是借批判之名自我吹嘘。1959年让他上中国哲学史，是让他发挥一个反面教员的作用，这个作用已经起到了，没有必要让他继续讲下去了。下学期系里打算通过边学边建立教材的办法，发动学生编写中国哲学史讲义，对冯友兰的讲授和他的讲稿进行批判。下学期结束后，系里就不再让冯友兰开中国哲学通史课了，课程全部由党员和青年教员上。1960年12月，北京大学党委书记陆平、北京大学哲学系党总支书记王庆淑到冯友兰家，为学生批斗冯友兰可能过火道歉。
1960年5月5日，冯友兰出席北京大学哲学系全体教师辩论人性与人道主义大会，作了题为《人性和人道主义》的发言，“认为无产阶级人性和资产阶级人性在其主要点上毫无共同之处，但在次要点上，例如生活习惯和思想意识的小节目上，也可以有相互交错的地方，这种情况在艺术方面特别明显”。1961年8月26日，北京大学哲学系“哲四”小组集体讨论，陈志尚、于成吉、张家桢执笔的文章《评冯友兰先生的〈论孔子〉》刊登于《光明日报》。郁之《为地主阶级和封建制度喊万岁的哲学——评冯友兰先生的几个反马克思主义的理论观点》刊登于《新建设》1966年第3期，认为冯友兰的在封建社会中不当权的地主阶级的哲学家在一定条件下，有时也反映农民的要求和愿望的观点是“宣扬为地主阶级和封建制度喊万岁的哲学”。
1960年4月1日至11日，冯友兰参加全国政协会议、列席全国人大会议；会后又以政协委员的身份，到各地参观。1961年中国科学院社会科学学部委员举行第三次扩大会议，吕澂、金岳霖、冯友兰、嵇文甫、贺麟、朱光潜等出席会议。[9]
1961年，冯友兰发表文章，回顾了自己1949年以来的思想改造过程，说解放初认为自己以后只作哲学史家，不作哲学家，记住历史唯物主义的几条原则即可，用不着太多的马克思主义。事实证明不行。1957年发表的关于历史继承的言论和关于哲学史方法论的言论，都属于资产阶级言论；1959年写了一套讲稿，以为有了不少马克思主义，但是在教学中“学生提意见，认为仍然是资产阶级哲学史”，以后逐渐认识到，“要想做一个马克思主义的哲学史家，必须先是一个马克思主义哲学家”，必须改造世界观。自己还没有树立无产阶级世界观，今后首要的任务还是“学习马克思列宁主义、继续改造思想，树立无产阶级世界观”；“以求不愧为毛主席的队伍”。[10]
1962年4月15日，毛泽东在中南海怀仁堂接见政协委员并合影。毛泽东问及冯友兰的身体健康情况，说他也主张孔子是进步的，与郭沫若一样。冯友兰归后赋诗一首寄毛泽东：“怀仁堂后百花香，浩荡春风感群芳。古史新编劳询问，发言短语谢平章。一门亲属成佳话，两派是非待商量。不向尊前悲老大，愿随日月得余光。”不久，冯友兰在《中央盟讯》1962年4月号发表《感谢党和国家领导人的关怀》，说：“文科教材会议规定叫我写三部书：中国哲学史新编、中国哲学史史料学、中国哲学史史学史。我计划三五年内完成这三部书，作为我对社会主义建设的贡献。”文章满怀感激地回忆了在怀仁堂与毛泽东、刘少奇、周恩来的谈话，回忆了他们对自己的关心，说“党和国家领导人对于一个知识分子的关怀真是无微不至。他们关心你的思想改造，关心你的工作，关心你的健康，还关心你的社会关系。只要你稍有一点进步，他们立即给你最大的鼓励。”[11]18日，冯友兰在政协三届三次会议上发言，题目为《在战斗中成长》，提出计划三五年内完成《中国哲学史新编》、《中国哲学史史料学》、《中国哲学史史学史》。
1962年7月，张岱年被摘掉“右派”帽子，可以参加工作，但仍不能发表文章。[12]
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