1976年11月22日，北京大学哲学系通知取中共中央第十六号文件（关于“四人帮”集团罪行材料）给冯友兰看。12月16日，冯友兰写了听关于“四人帮”问题传达的心得，说以前总是认为他们，尤其江青是代表毛主席、党中央的，现在才知道毛主席说过“她不代表我，她只代表她自己”，他们是利用毛主席的威望达到篡党夺权的目的。[8]1977年4月12日，冯友兰出席北京大学党委统战部召集的座谈会，谈感想。会上有人问冯友兰写武则天诗时的思想状况，是否真的不知道江青有野心。冯友兰回答确实不知。5月19日，北京大学哲学系通知冯友兰到中国哲学史教研室检查，“说清楚”与“四人帮”的关系。20日，许抗生通知冯友兰，“说清楚”会改期，“又说冯友兰原来《咏史》中有“高祖吕后继秦功”，后来觉得吕后不值得写，删去，写作中有此过程可以理解。
《历史研究》1977年第2期发表北京大学哲学系中国哲学史组写的《历史唯心主义的标本——评〈儒法斗争史〉概况》，不指名地提到冯友兰：“他们运用一个高级顾问过去炮制的‘抽象继承法’经过精心‘抽象’，于是归纳出所谓‘守旧与革新’、‘爱国与卖国’、‘统一与分裂’，这样三条始终贯穿‘儒法斗争’的标志。”[9]陈石之的《评“四人帮”发言人梁效》刊登于《历史研究》第4期，批判冯友兰准备当“四人帮”新朝的“开国元勋”；[10]同期杂志还登有王永江、陈启伟的《评梁效某顾问》，批判冯友兰：“从蒋介石王朝到‘四人帮’横行之时，这位顾问都是助纣为虐，用笔杀人的。”[11]9月2日，《人民日报》介绍《历史研究》的《评梁效某顾问》的文章。10月，北京大学哲学系中国哲学史教研室贴出大字报《梁效顾问冯友兰的问题必须查清》，称冯友兰为“反动文人”、为梁效及江青出谋划策，写诗歌颂武则天，为江青上台造舆论，上“劝进表”等。1978年1月31日，袁淑娟的《斥风流理论家》发表于《工人日报》，文章批及冯友兰。1978年王永江、陈启伟在《哲学研究》第3期发表《再评梁效某顾问》，说“四人帮”“是跟在一位脑后拖着长辫的资产阶级教授屁股后面跑”，“只是将顾问多年来为地主资产阶级妄图复辟而鼓吹的反革命‘理论’付诸实践，变成篡党夺权的反革命行动而已”。7月20日，冯友兰在哲学系全体教师会上“说清楚与四人帮的关系”。8月上旬，北京大学哲学系召开会议，“背对背”批判冯友兰。9月16日，冯友兰与冯钟璞、冯钟越、蔡仲德等家人讨论《历史研究》的两篇文章，一致认为，冯友兰参加批林批孔是响应毛泽东的号召，改造自己；“四人帮”是中共内部问题，打着红旗反红旗，党外人士怎能知道？应追究红旗怎么落到“四人帮”手中，不应归罪党外老知识分子。两篇文章缺乏公正，用笔杀人。
1977年7月，北京大学哲学系停发为冯友兰抄稿人的工资，后又照过去规定重发。冯友兰与家人商量，暂不领取，等待当局对自己作出结论。1978年2月24日，全国政协五届一次会议召开，冯友兰被取消政协委员资格。冯友兰在《自序》中说：“经过‘四人帮’这一段折腾，我从解放以来所得到的政治待遇都取消了，我又回到了解放初那个时期的情况。这也可以说是‘赤条条来去无牵挂’吧。可是又不然，还有一件大事牵挂着我，那就是祖国的旧邦新命的命运，中华民族的命运。”[12]1978年11月8日，杨利川给冯友兰带来《梁效罪证材料》，有三条是关于冯友兰的：江青赠送的书、与江青在防震棚的合影、《咏史》诗中关于武则天的诗句。1979年2月9日，北京大学哲学系中国哲学史教研室主任张岱年、教研室秘书兼党支部副书记许抗生、支委兼工会组长魏常海找冯友兰谈话，要冯友兰再写一份检查，在群众中说清楚，事情即可了结，以后仍可出书、见外宾。11日，冯友兰写完与“四人帮”关系的检查。冯友兰的家人冯钟璞、蔡仲德夫妇要求有关部门澄清《历史研究》、《哲学研究》中大批判文章对冯友兰的诬陷，冯友兰主张先作检查，以后有机会再澄清。蔡仲德到张岱年家请张岱年看冯友兰的检查，其间张岱年说，胡耀邦曾经问“冯友兰为什么还不能出来？”但此事未正式传达。2月12日，冯钟璞在人民出版社长篇小说座谈会上遇见周扬。周扬问及冯友兰近况，说：“在那种复杂情况下，他怎么弄得清？”2月27日下午，冯友兰在北京大学哲学系“说清楚”。中国哲学史教研室全体人员、其他教研室10人左右参加。冯友兰检查说，1973年谢静宜代表江青来看望，并要求写信表示感谢，自己认为江青是代表毛主席来落实知识分子政策的，写信所感谢的也是毛主席、党中央。关于《咏史》二十五首中歌颂武则天事，自己觉得过去几十年自己都是尊儒，现在应该“把颠倒的历史再颠倒过来，歌颂法家，表扬历史上的前进革新人物。从反儒这一观点上看，武则天做皇帝和儒家的每一条都是相违反的，所以要突出这一点”。原来写的是吕后，因为吕后的反儒意义不突出，后来又改为武则天。自己并不知道江青有野心，也不知她要借武则天为自己造舆论，也没有想到影射。江青在地震期间来看望，自己认为她是代表毛主席来的，和江青的照片并不是自己的纪念照，而是新闻摄影记者照的。在批林批孔运动中，自己“主观上确实是要改造自己，清算过去的尊孔思想”。冯友兰又说，“认为有了一些改造，实际上并没有改造好。……在阶级斗争复杂形势下，遇着打着红旗反红旗的情况，就分不清楚红旗和反红旗”；《咏史》二十五首中有些结论并不是自己研究的结果，而是按照“四人帮”定下的调子写的。“这是一个搞学术的人的大忌。作为一个学术工作者，本应该坚持真理，以实事求是的精神，根据他从研究工作中得来的结果提出自己的看法，以供众论纷纭中各方面的参考。如果不能这样，国家人民又何必需要这种工作者？我得了这一次的教训，要永远引以为戒。”与会者对检查没有提出意见，4点左右许抗生送冯友兰回家。
1979年3月18日，张岱年到冯友兰处，代表《中国哲学》编辑部约冯友兰写回忆录，说明只要事实，不要批判。1979年4月10日，冯友兰被北京大学聘为学术委员会委员。这可以视为有关单位认为冯友兰与“四人帮”的问题已经结清，冯友兰可以复出。1979年10月10日至15日，山西省社会科学院、北京大学哲学系、中国人民大学哲学系、中国社会科学院哲学研究所联合在太原召开“中国哲学史讨论会”。冯友兰出席了这次会议，并发言。这是粉碎“四人帮”后冯友兰第一次公开露面。1979年10月17日，中国哲学史学会成立，学会第一届理事会聘请冯友兰为该会顾问及该会会刊《中国哲学史研究》季刊顾问。1979年冯友兰的文章《论管仲》刊登于山东人民出版社出版的《哲学研究》丛刊《中国哲学史论文集》第一集。这是冯友兰在“文革”结束后首次正式发表文章。
1981年10月15日，中国哲学史学会、浙江省社会科学院联合举办全国宋明理学研讨会。冯友兰出席会议并提交论文《略论道学的特点、名称及性质》。20日，冯友兰作《中国哲学史学会杭州会议赠贺自昭》，序云：“1981年10月，中国哲学史学会在杭州开会，讨论宋明理学。在提出的论文中，一篇为《评贺麟先生新心学》，一篇为《评冯友兰先生新理学》。这两篇论文，并非来自同一单位，亦非来自同一地区，可知并非有意安排。”诗云：“心性两宗旧纠纷，凭我与君各传薪。相逢今日非年少，共读会场两异文。”1982年7月8日，冯友兰在夏威夷大学哲学系出席由狄百瑞主持的“中国哲学的前途与研究方法”讨论会。11日，冯友兰作《朱熹会议志感》：“白鹿薪传一代宗，流行直到海之东。何其千载檀山月，也照匡庐洞里风。”14日，余英时作《敬和芝生先生朱熹会议志感》：“白鹿青田各有宗，千年道脉遍西东。鹅湖十日参同异，变尽猖狂一时风。”12日，《中国时报》记者翟志成来访冯友兰，问如何看待张载的“为天地立心、为生民立命、为往圣继绝学，为万世开太平”，又问，如受阻该如何？冯友兰回答，张载所言为知识分子之理想，受阻亦应坚持。1982年9月10日下午4点半，哥伦比亚大学校长索尔云（MichaelI.Sovern）在该大学纪念馆圆形大厅举行仪式，授予冯友兰名誉文学博士学位。冯友兰接受学位并致答谢辞，说明了自己过去在学术界中所有活动及其意义以及将来的希望。答辞云：
我生活在不同的文化矛盾冲突的时代。我所要回答的问题是如何理解这种矛盾冲突的性质；如何适当地处理这种冲突，解决这种矛盾；又如何在在这种矛盾冲突中使自己与之能适应。[13]
冯友兰指出，自己对中西文化的认识有三个阶段：开始用地理区域来解释文化差别；第二阶段用时代来解释，认为中外文化的差别是古代、近代的差别；第三阶段是用社会类型来解释，认为文化的差别就是社会类型的差别。前两种解释不能指出解决的道路，而后一种解释正好指出了道路，即产业革命。中国革命胜利了。人们深信，这场革命把中国从半封建半殖民地的地位拯救了出来，使中国重新获得独立和自由。“人们相信马克思主义是真理。”作为建设新中国的一部分，自己的努力是修订《中国哲学史》。30年过去了，还没有出版定本，那是因为对于传统精神遗产的继承问题没有解决。“现在应当包括过去的一切精华。这是解决不同的文化矛盾冲突的自然方式。这种解决应当是黑格尔称之为‘奥伏赫变’的过程。这的确是一种很复杂的过程，是与简单化针锋相对的。这就是我现在理解的历史发展的意义。本着这种理解，再来修订我的著作《中国哲学史》我就不再踌躇摇摆了。”[14]冯友兰接着指出：
通观中国历史，每当国家完成统一，建立了强大的中央政府，各族人民和睦相处的时候，随后就会出现一个新的包括自然、社会、个人生活各方面的广泛哲学体系，作为社会结构的理论基础和时代精神的内容，也是国家统一在人的思想中的反映。儒家、新儒家都是这样的哲学体系。中国今天也需要一个包括新文明各个方面广泛哲学体系，作为国家的指针。总的说来，我们已经有了马克思主义和毛泽东思想。……为现代中国服务的包括各个方面的广泛哲学体系，会需要中国古典哲学作为它的来源之一吗？我看，它会需要的。我们应当为这个广泛的哲学体系准备材料，铺设道路。我的意思决不是从古典哲学家著作中寻章摘句，编成原始资料汇编。一个哲学体系不是一个拼凑的东西。……在目前的情况下，我感到，我的《中国哲学史新编》有一项新的任务，它应当不仅是过去的历史的叙述，而且是未来的哲学的营养。这个新的广泛的哲学体系出现了，不同的文化在中国的矛盾冲突也就解决了。……
我经常想起儒家《诗经》中的两句话，“周虽旧邦，其命维新”。就现在来说，我的努力就是保持旧邦的统一性和个性，而又同时促进实现新命。[15]
冯友兰在后来的回忆中说：
我于1946年至1947年曾经去美国一次，在各地方讲中国哲学史。这次再去美国，觉得心情跟上次完全不同。原来西方的汉学家们，把中国文化当作一种死的东西来研究，把中国文化当作博物馆中陈列的样品。我那时在西方讲中国哲学史，像是在博物院中作讲解员。讲来讲去觉得自己也成了博物院中的陈列品了，觉得有自卑感，心里很不舒服。这次我到美国，虽然讲的也是中国的东西，但是心情完全不同了，自卑感变成了自豪感，不舒服变成了舒服。中华民族的古老文化虽然已经过去了，但它也是中国新文化的一个来源，它不仅是过去的终点，也是将来的起点。将来中国的现代化成功，它将成为世界上最古、又是最新的国家。这就坚强了我的“旧邦新命”的信心，新旧接合，旧的就有了生命力，就不是博物馆中的陈列的样品了；新的也就具有中国的民族的特色。新旧相续，使古老的中华民族文化放出新的光彩。现在我更觉得这个展望并不是一种空想、幻想，而是一定要实现、而且一定能实现的。
在振兴中华的伟大事业中，每一个中华民族的成员，都应该尽其力所能及做一点事。我所能做的事，就是把中国古典哲学中的有永久价值的东西，阐发出来，以作为中国哲学发展的养料，看它是否可以作为中国哲学发展的一个来源。我认为中国古典哲学中有些部分，对于人类精神境界的提高。对于人生中的普遍问题的解决，是有所贡献的。这就是永久的价值。像这一类的阐述，我将在我的《中国哲学史新编》中陆续提出来。[16]
12日，《人民日报》报道冯友兰在美国获得名誉文学博士学位。1983年6月3日，全国政协六届一次会议开幕。冯友兰被选为主席团成员，17日，冯友兰当选为全国政协常务委员。
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