余敦康的易学哲学研究的特点是探索易学的当代意义。他研究宋代易学的元理论是宇宙意识和人文情怀的统一。所谓“宇宙意识”实际上是冯友兰“天地境界”的衍伸，“人文情怀”则是对社会人生的关注。在他那里，宇宙意识和人文情怀是内圣与外王、高明与中庸、明体与达用的统一；诚如“内圣外王的贯通”书名所表明的那样。余敦康是把易学作为安身立命之道来研究的，这是接着冯友兰《新原人》和《新原道》而讲的，和当时许多中国哲学研究著作迥异。
在《内圣外王的贯通——北宋易学的现代阐释》中，余敦康研究了李觏、欧阳修、司马光、苏轼、周敦颐、邵雍、张载、程颐等人的易学哲学思想，其突出的特点是对苏东坡、邵雍、张载和程颐的研究。余敦康指出，在共性和个性、理一和分殊的关系中，理学家重视前者，其思路是由理一而达到分殊，使分殊从属于理一，由此达到两者的和谐，苏轼的思路则相反。蜀学把个体的利益置于首位，认为只有当义能够满足群体的需要时社会才能和合。所以，苏轼解易常常根据郭象的独化思想，强调万物自生自成，莫或使之。[197]他追求一种“诚同的境界”，即社会成员不依赖外在的强制而根据内在的诚心达到相互信赖和合作。但是，经历了现实政治的残酷斗争和挫折的苏轼作为一个现实主义者，他的易学实际上“是以理想和现实、和谐和斗争的关系为主题而展开的”。[198]在邵雍那里，观物之乐是从研究物理中得到一种精神境界，名教之乐则是从性命之学的研究中得到一种精神境界。邵雍认为，前者高于后者；老子得易之体，孟子得易之用；道家的物理之学是先天之学，儒家的性命之学是后天之学。儒道结合统摄于《易》，体用相依。邵雍由儒入道就是为了把名教之乐提高到以物观物、情累两忘的境界，但他把观物之乐置于首位受到了朱熹的批评。这表现了理学的两种思路：是把宇宙意识放在首位还是把人文情怀放在首位。余敦康指出，判断境界层次高低的标准，“是依据合乎自然的程度，是否具有与天地同妙的那种深沉的宇宙意识，做到浑然无迹”。[199]光有宇宙意识而无人文情怀，容易抛弃礼法名教走到佛老的路上去；光有人文情怀而无宇宙意识则容易心量褊狭，气象鄙陋，无法成圣成贤。儒家要求“做到既有浓郁的人文情怀，又有深沉的宇宙意识”，[200]“极高明而道中庸”，纯粹理性和道德理性合一。余敦康感慨，这种境界陈义过高，除了孔子之外，无人做得到。邵雍的精神境界仍不免高明有余而中庸不足，道家色彩浓于儒家情调。他不愿意介入实际的政治斗争，又不能忘却人文情怀，唯一可做的就是编写《皇极经世》书，把自己的思考化为哲学和诗；于是，他的价值，也就表现为不可低估的哲学贡献。
关于张载，余敦康的研究特点是把为“天地立心、为生民立命、为往圣继绝学、为万世开太平”分别作为评价其易学的框架，认为立心是世界观，立命是人生观，合为天道性命之学，是内圣；继绝是继承此内圣心性之学，开太是外王之学，这表明“张载的哲学思路是遵循由内及外、立体达用的顺序层层推进的”。[201]而在价值取向上，张载则是把“为万世开太平的理想置于首位的”。关于二程，余敦康肯定二人都是明体达用之学，“天理”是二人的最高范畴，他们把《易》归结为“易理”，认为易理就是“天理”，他们的易理也是即存有即活动的。程颢去世后，程颐的主要任务就是通过《程氏易传》把易的天理思想展开为一个体系。程颐的易学思想的核心是“体用一原，显微无间”。二程用体用、显微的关系把仁义、忠恕这些应然的价值看作本然的天道。《程氏易传》就是要根据易学的原理“把儒家的名教理想落实于实际生活”，他根据自己的经历和北宋党争的时代背景、现实的困境，构建了一个“具有批判精神的经世外王之学，表现了强烈的忧患意识和人文情怀”。[202]在《内圣外壬的贯通》一书的附录中，余敦康又论述了金岳霖、冯友兰、熊十力对于易道的探索，呼唤“回到轴心时期”。
余敦康对北宋易学的研究表现了行云流水般的自如，信手拈来而又顺理成章，气象悠然而又关注深湛。面对内圣外王不能统一、理有固然势无必至，合理未必现实的几千年的历史，他表现出独到的洞见和深深的无奈。余敦康认为，儒道互补是道家的体和儒家的用的结合，不过，在我们看来，儒、道各有体用，互补不是凑合，而另有其义。
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