进入20世纪90年代，学术界提出了“儒学史”的概念，并以“中国儒学史”的名义出版了若干著作，按年代顺序，有赵吉惠等主编的《中国儒学史》，谢祥皓、刘宗贤撰写的《中国儒学》，杨国荣的《善的历程——儒家价值体系的历史衍化及其现代转换》，韩强的《儒家心性论研究》，刘蔚华、赵宗正主编的《中国儒家学术思想史》，严正的《儒学本体论研究》，陈来的《原始儒家研究》，庞朴主编的《中国儒学》（四卷）。这些著作对“儒学”进行了总体研究和反思。
“儒学史”概念的提出是值得肯定的。古代把儒学作为一个整体，是从“道统”概念出发的；“五四”之后直到“文革”时期是把儒学作为专制和落后的根源进行铲除的。改革开放后对于儒学的态度基本上还是处在“五四”、“文革”的延长线上，其极端表现是类似“全盘西化说”那样的偏激态度。90年代后的“儒学史”概念，包含了对前此所有阶段的反思。“儒学史”不是道统意义的，也不是铲除的对象，而更多地属于客观的知识性研究和评价；在方法上则以客观的介绍和多元的研究为主。在这种视角下，“儒学史”便成为一种“专业的学术史”、“专门的中国文化史、中国思想史著作”，[275]所表述的对象则是“中国历史上既存的儒学人物、思想与典籍发展变化的客观过程”。[276]儒学被定义为“由孔子所创立并在历史上得到发展的”、“以孔子为宗师，以《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《春秋》为经典，以仁、义、礼、智为基本思想的学术体系”。[277]这样，儒学史便有两条基本线索：“一是以孔子为宗师的思想学说的发展，一是以《六经》为法典的传注训释学的发展。”[278]谢祥皓、刘宗贤还指出了儒学史和哲学史等的区别，指出儒学史只是思想史的一部分，不等于思想史；儒家思想中有哲学思想，但也不等于哲学思想，甚至主要不是哲学思想；儒家思想以政治伦理为基本内容，但也不等于中国政治思想史。关于典籍的流变，儒学史着重研究从“六经”到“十三经”的变化过程，关于人物，则“思想贡献与典籍贡献并重；传注训诂与义理学说并重；汉学与宋学并重”。[279]这就明确了儒学史的内涵。对于儒学发展的阶段。谢祥皓、刘宗贤的《中国儒学》分为先秦奠基时期、两汉经学、魏晋儒道佛交融和儒学的玄学化时期、宋明理学、清代的儒学总结时期等。赵吉惠等人的《中国儒学史》把宋明阶段作为儒学的理学化时期，把阳明学作为理学的解体和实学兴起的过渡时期，把近代康有为的三世说、谭嗣同的“冲决网罗”说和章太炎的孔子为“国愿”说作为儒学衰落阶段。两部著作都对儒家的典籍和思想的发展作了十分详尽的勾画。赵吉惠等人的《中国儒学史》对于研究的方法、意义也作了反思，对于唯物主义与唯心主义的过度应用进行了批判，要求“在研究方法方面走多元化的道路”，区分真假孔子，把历史上不同阶段塑造的孔子与历史上真正的孔子区别开来，这在当时有肯定历史上的孔子的意义。该著主张兼顾思想史、文化史；运用历史和逻辑相统一的方法进行研究，注意理论、概念的本身演变的内在逻辑，使理论发展的逻辑与历史的逻辑一致，“儒学范畴出现的顺序，服从儒学历史发展的自然线索”。[280]赵吉惠等的《中国儒学史》对于方法论的论述基本上反映了80年代到90年代之间的过渡特点。
关于儒学的性质和研究儒学史的意义，赵吉惠等的《中国儒学史》肯定，儒学中的仁政、民本思想对于封建社会有制约作用。儒学从其演变规律上看也具有“开放性、多元性和宽容性”的特征，使得它能够适应不同群体的需求，对不同时期的社会和人生问题作出不同的说明和解答，从而不但成为中国文化的主导，也成为世界性的文化。儒学中也有一些思想范畴可以成为人类共同的精神财富，如对于天人关系的见解、一些文化和历史观念、对于古代文献的整理等。“儒学的积极思想，将成为创造未来人类高尚文明不可缺少的智慧元素和思想材料，成为诱发和探索未来社会模式有价值的借鉴。特别是对于积极建设现代化社会的中国，对于后工业化国家所出现的道德失调、社会精神环境污染、家庭关系崩裂、人际关系冷漠、个人孤独等社会弊病，儒家伦理能够起到一定程度的积极调解作用。它既可以帮助和谐人际关系，又能在客观上适当稳定社会秩序。”[281]
与史的通览不同，《善的历程》、《儒家心性论》和《儒学本体论研究》都是从思想的角度对儒学进行的研究。杨国荣认为，儒家的价值体系是“以善的追求为轴心，并具体展开于天人、群己、义利、利欲、经权以及必然与自由等基本的价值关系，其逻辑终点则是真善美统一的理想之境”。[282]如何抑制中国在走向现代化过程中出现的合理性危机，儒家的价值合理性显示出更多的积极意义。儒家价值体系既要经受现代化的洗礼，也应向现代化过程渗入，传统和现代的结合的“历史意蕴是重建合理性”。[283]《儒家心性论》对儒家哲学的重要范畴——心、性在中国哲学史上的演变进行了探讨，指出儒家心性论的基本特征是：（1）心性本体的思维模式；（2）生理、心理、认识和伦理的结合；（3）内在的自我超越；（4）内圣外王的境界。在研究方法上，强调认识论和生理学、心理学、伦理学的结合。[284]韩强指出，儒家心性论强调知行一致、从道德的自律和他律认识到直觉和理智的关系是其价值所在，但夸大道德理性，贬低对自然规律的认识，重视直觉、轻视理智则是其缺陷。韩强主张，未来中国文化发展应走直觉和理智互补的道路。[285]严正把人生本体的自觉实现和对儒学的历史诠释统一了起来。他认为，天人合一和由五伦关系组成的道德圆满的世界是儒家的两个先验前提，这两个前提使民族精神本体陷入了停顿和混乱。离开这种独断论指导的人生哲学的价值出发点是时代精神，即“个体自由和超越的实现”。[286]这是人生的本体自觉。朱熹哲学的贡献在于“提出了本体的生生意向，并以此重新解释了儒学的发展”，他的错误是把生生的本体意向与仁义礼智对等，制约了人性的自由发展。王阳明哲学可以说是对理学的完善，王学提出了个人的自由超越问题。朱熹和王阳明都完成了时代提出了任务，他们的学说丰富和发展了儒学，这表明他们实现了本体的自觉和生命的超越。而“依据生生对于传统儒学进行诠释就是我们所创造的历史世界，这个诠释过程就是我们的生命呈现过程”；对于朱熹、王阳明本体论的研究、批判和弘扬，“就是现实人生本体自觉的实现，就是现实人生的创造”。[287]
儒学的地域性传播过程成为儒学研究的新课题。何成轩指出，孔子开创的儒家学说经过其弟子的传播，到战国时已成为显学。子贡对于传播儒学有重要贡献。子贡既富且贵，历相鲁、卫，所到之处，诸侯与之分庭抗礼，他在自己活动过的吴、晋、越、曹等国，传播了儒学。子贡游说吴越，所用的是儒家思想，说明当时儒家思想已经南渐。孔子死后，子夏于西河之上授徒，弟子达三百多人，田子方、段干木、禽滑厘都是他的学生，而且大都成为王者师。魏文侯对于田子方、段干木、禽滑厘、李克、吴起都十分敬重。田子方、段干木虽作过魏文侯的老师，但不热衷于仕进，属于儒隐。田子方愿意到荆楚地区，可能他认为在那里传播儒学更有可为。李克学于子夏，吴起学于曾子，精通《左氏春秋》，铎椒、虞卿、荀卿等人的左氏学，都传自吴起。吴起以儒服见魏文侯，屡建战功，被任命为西河郡守二十年。子思学于曾子，孟子学于子思。孟子周游列国，后车数十乘，从者数百人，对于儒学的传播也有极大作用。荀子游于齐，为政于楚，应聘于秦，三为祭酒，是儒学的集大成者，汉代五经传授，几乎都与荀子有直接或间接关系。中原儒学在春秋中晚期对于吴越地区产生影响。吴国公子季札到鲁国受聘问，观看鲁国乐工表演《周南》、《召南》、《小雅》、《大雅》，作出了精辟的评论，这表明了他对华夏文化的深刻理解。巫臣、孙武、伍子胥、伯嚭、范蠡、文种，都促进了华夏文化在楚越等地的传播。华夏文化又经过楚国进一步传播到岭南地区，儒学随着华夏文化的南川逐步传播到南方，子贡多次南下吴越，都传播了儒学；此外还有南方人士北上学习儒学的，如《孟子·滕文公》所说的陈良。按照梁启超的看法，陈良即儒分为八的仲良氏之儒。可以说，孔子死后，正是由于其门人的广泛传播，儒学才成为显学的。[288]
此外，还有陈少明、姜广辉对于经学进行了说明。[289]姜广辉指出，汉学“为学术而学术”的精神表现了学术的独立性和客观性，是一种进步。汉学和宋学的区别不在训诂和义理，而在于对于人生的意义和价值的认识不同。汉学的局限在于并不能解决哲学问题，“义理有时实在有在语言文字之外者”，不能期望抱一两本词典就能解决哲学问题。汉学家把“理”训为“礼”，依“相人偶”训仁，都是很成问题的。[290]
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