2009年3月17日，中共中央、国务院向社会公布《关于深化医药卫生体制改革的意见》，提出了“有效减轻居民就医费用负担，切实缓解‘看病难，看病贵’”的近期目标，以及“建立健全覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，为群众提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务”的长远目标。新医改统筹推进五项重点改革，包括基本医疗保障制度、基本药物制度、基层医疗卫生服务体系、基本公共卫生服务以及公立医院试点改革，严格按照“先易后难、先基层后中心、先农村后城市”的方案，有条不紊地推行。“十二五”医改规划明确提出，“十二五”期间要在加快健全全民医保体制，巩固完善基本药物制度和基层运行新机制，积极推进公立医院改革三个方面取得重点突破，同时，统筹推进其他领域改革。
2009年11月10日，全区深化医药卫生体制改革工作会议在银川召开，标志着新一轮医药卫生体制改革在宁夏进入了全面启动和实施阶段。按照中央确定的改革思路和目标要求，会前，自治区政府印发了《宁夏回族自治区医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009～2011年）》，进一步明确了宁夏深化医药卫生体制改革工作的指导思想、基本原则、主要任务和保障措施。此后3年，宁夏“新医改”将抓好五项重点工作：加快基本医疗保障制度建设，让老百姓看病有保障；落实国家基本药物制度，让老百姓看病少花钱；健全基层医疗卫生服务体系，让老百姓看病更方便；促进基本公共卫生服务均等化，让老百姓平时少得病；推进公立医院改革试点，让老百姓看病更放心。
同时，为建立与试点配套的基层医疗卫生机构运行机制，2009年，宁夏将健全试点地区农村县、乡、村三级卫生服务网，加快社区卫生服务机构基层设施建设，基本形成覆盖90%城镇居民的城市社区卫生服务网络，实现15分钟服务圈。
2009年12月1日《宁夏基本药物目录（基层部分）》正式向社会公布，标志着宁夏落实国家基本药物制度工作全面启动。
建立国家基本药物制度是党中央、国务院为维护人民健康、保障公众基本用药权益实施的一项惠民工程，是建立完善药品供应保障体系，推进医药卫生体制改革的重要任务。对于保证基本药物的供应和合理使用，改革医疗机构“以药补医”机制，减轻群众基本用药负担具有重要意义。2009年8月，卫生部等九部委印发了《关于建立国家基本药物制度的实施意见》，发布了《国家基本药物目录（基层部分）》。
按照自治区党委、政府的安排部署，自治区卫生厅、药招办认真总结宁夏药品“三统一”工作的经验，结合区情，及时组织医药专家研究，广泛征求相关部门、社会各界和各级医疗机构的意见，经自治区药招领导小组审定、自治区医改领导小组同意，《宁夏基本药物目录（基层部分）》正式发布。《宁夏基本药物目录（基层部分）》中的药品包括化学药品和生物制品、中成药、中药饮片三部分，其中化学药品和生物制品共230个品名、510个品规，中成药共139个品名、266个品规，合计369个品名、776个品规。实际新增品名64个（化学药品和生物制品27种、中成药37种），较《国家基本药物目录（基层部分》所列307种药品，增加了20.8%。所增加药品主要是临床必需，价格低廉，群众常用的儿科、妇产科、眼科、血液系统用药和民族药，体现了宁夏选择基层用药的针对性、实用性、可及性、公平性和科学性。
为进一步缓解困难群众看病难问题，从2009年开始，宁夏计划逐步建立困难群众普惠型医疗救助制度，适度扩大救助范围，即由对城乡低保对象、五保供养对象救助逐步向低保边缘群体、低收入群体和特殊群体扩大；完善救助服务内容，即由门诊、住院救助向“门诊救助、资助参合参保、住院救助、大病救助、临时或慈善援助”五位一体化发展；改进医疗救助形式，即由事后救助向事前、事中、事后相结合转变。
2010年9月28日，自治区卫生厅、编办、发展改革委、财政厅和人力资源社会保障厅联合印发《宁夏回族自治区加快推进公立医院改革试点工作的意见》，标志着宁夏公立医院改革试点工作正式启动。《宁夏回族自治区加快推进公立医院改革试点工作的意见》是根据卫生部等五部委联合下发的《关于公立医院改革试点的指导意见》，结合宁夏实际制定的医改重要配套文件，是推动宁夏公立医院改革试点工作顺利实施的指导性文件。
2010年12月6日，自治区编办下发《关于印发宁夏回族自治区乡（镇）卫生院机构编制标准（暂行）的通知》，标志着宁夏乡（镇）卫生院机构编制标准的研究制定工作顺利完成，这将对宁夏进一步深化基层医疗卫生机构综合改革起到重要作用。
2011年8月1日，自治区人力资源社会保障厅联合财政、卫生、民政部门共同出台了《关于调整城乡居民基本医疗保险有关政策的通知》《关于开展城乡居民基本医疗保险普通门诊统筹的意见》《关于进一步完善基本医疗保险门诊大病统筹的意见》。这三个文件的出台，对于完善宁夏医疗保障体系建设、提高医疗保障水平、扩大医疗保险受益面、实现城乡居民公平享有基本医疗保障具有重要意义。
2011年11月5日，为调解处理医患纠纷、迅速有效地化解医院和患者之间的矛盾，保障医患双方合法权益，宁夏医疗纠纷人民调解委员会正式成立，这也是全国第六家省区级医疗纠纷人民调解委员会。
新医改启动以来，吴忠市大胆探索医改模式，特别是盐池县开展的“创新支付制度，提高卫生效益”试点项目，得到了国家有关部委的充分肯定。国务院副总理李克强在2011年10月新华社《宁夏试点创新新农合支付制度缓解群众看病贵》的内参上批示：“请陈竺、张茅同志阅，注意总结地方改革新农合支付制度的经验，以资借鉴。”卫生部部长陈竺批示：“宁夏的这项试点对新农合控费、建立分级医疗制度有重要意义，也有利于县医院改革。”
2012年4月6日，自治区政府在吴忠市召开“宁夏改革支付制度提高卫生效益”推广启动会议，会上印发了《宁夏改革支付制度提高卫生效益推广实施方案》。“改革支付制度提高卫生效益”是自治区政府与美国哈佛大学合作项目，于2009年底在宁夏盐池和海原两县开展试点并取得显著成效。项目得到了国务院副总理李克强、卫生部和自治区领导的高度关注和充分肯定，为扩大项目成果，推广项目经验，自治区政府决定将该项目在吴忠和中卫两市推广。
2012年6月15日，自治区政府办公厅转发自治区发展改革委、卫生厅等部门《关于进一步鼓励和引导社会资本举办医疗机构意见的通知》，提出：逐步形成以公立医疗机构为主体、非公立医疗机构为补充，多种形式并存，公平竞争、共同发展的医疗服务体系新格局。到2015年，力争使宁夏非公立医疗机构数和床位数分别达到宁夏总量的30%和15%，实际门诊和住院服务量分别达到宁夏总量的35%左右和15%左右。
2012年7月14日，全区深化医药卫生体制改革暨启动县级公立医院综合改革试点工作会议在海原县召开。本次会议是医改“十二五”起步之年召开的一次重要会议。会议全面贯彻落实全国医改会议精神和自治区党委常委会和自治区政府常务会议精神，总结部署了全区2012年医改工作，启动了县级公立医院综合改革试点工作。
2012年9月29日，自治区政府办公厅印发了《宁夏回族自治区关于加快推进县级公立医院综合改革的指导意见》（宁政办发〔2012〕182号），明确了宁夏县级公立医院综合改革的总体要求、工作思路和工作内容。提出从2012年10月1日起，全面取消全区县级公立医院药品加成费用，作为试点阶段，在新的补偿办法未出台前，先按照补偿范围内的药品加成费用“取消多少，补偿多少”的原则，分别由医疗保险基金和财政资金对医院给予补偿。
2013年1月23日，宁夏创新支付试点项目被卫生部列为医改亮点。卫生部的通报称，宁夏在盐池、海原等县（市）实施“创新支付制度，提高卫生效益”项目，实施门诊、住院经费包干预付制，包干经费，具有普遍的指导和推广意义。
2013年3月1日起，为认真贯彻落实《国务院关于印发“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案的通知》《国务院办公厅关于县级公立医院综合改革试点的意见》和《人力资源和社会保障部关于进一步推进医疗保险付费方式改革的意见》等文件精神，进一步推进医药卫生体制改革，更好地向群众提供安全、有效、价廉、便捷的医疗卫生服务，切实缓解群众看病难问题，自2013年3月1日起，永宁县率先在全县县级公立医院和乡（镇）卫生院全面推行“先住院后付费”诊疗模式。“先住院后付费”新型诊疗模式是深化医药卫生体制改革的一个创举，是抓服务、赢民心的一次实践，既有利于缓解群众看病难、看病贵问题，又有利于规范服务流程，提升医院的服务质量，缓解医患矛盾，提高病人满意度。
2015年11月3日，由十八届五中全会审议通过的《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》，提出要将推进公立医院改革进行到底。
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