首页 百科知识 核酸的性质及研究技术

核酸的性质及研究技术

时间:2023-02-13 百科知识 版权反馈
【摘要】:核酸的主要组分是碱基、戊糖和磷酸。通常在对核酸及核苷酸测定时,选用260nm波长。RNA本身只有局部的双螺旋区,所以变性行为所引起的性质变化没有DNA明显。
核酸的性质及研究技术_解读生命化学

第二节 核酸的性质及研究技术

核酸的性质是由其组成成分和结构决定的,核酸的研究和分离制备则应根据核酸的性质和结构特点等进行。核酸的主要组分是碱基、戊糖和磷酸。核酸的结构特点是相对分子质量大,分子中具有共轭双键、氢键、糖苷键和3',5'-磷酸二酷键,还有许多活性基团,如羟基、磷酸基、氨基等,这些组分及结构特点,决定了核酸的性质,并作为设计研究核酸技术的依据。

核酸分子中既含有酸性基团(磷酸基),也含有碱性基团(氨基),因而核酸也具有两性性质,可以利用电泳进行分离和研究其特性。由于核酸分子中的磷酸是一个中等强度的酸,而碱基是弱碱,所以核酸表现为酸性,其等电点比较低,如DNA的等电点为4~4.5,RNA的等电点为2~2.5。

一、核酸的溶解性

RNA和DNA及其组成成分核苷酸、核苷、碱基的纯品都是白色粉末或结晶,而大分子DNA则为疏松的石棉一样的纤维状结晶。

1.溶解性 碱基、核苷酸和核酸具有不同的溶解性

DNA和RNA都是极性化合物,一般都微溶于水,不溶于乙醇、乙醚、氯仿、三氯乙酸等有机溶剂。所以在分离核酸时,采用加入2倍体积的乙醇使核酸沉淀的方法对其进行纯化。核酸、核苷酸、碱基在水中的溶解度依次减小,但核酸的钠盐比自由酸易溶于水;不同核酸在水中溶解所需盐浓度不同。

大多数DNA为线形分子,分子极不对称,其长度可以达到几厘米,而分子的直径只有2nm。DNA溶液的黏度极高,RNA溶液的黏度要小得多。

2.0.14摩尔法——DNA蛋白和RNA蛋白的分离方法不同

在生物体细胞内,大多数核酸(DNA和RNA)都与蛋白质结合成核蛋白形式存在,即DNA蛋白(DNP)和RNA蛋白(RNP)。两种核酸蛋白在水中的溶解度受盐浓度的影响不相同。DNA蛋白的溶解度在低浓度盐溶液中随盐浓度的增加而增加,在1mol/L NaCl溶液中的溶解度要比纯水中高2倍,可是在0.14mol/L的NaCl溶液中溶解度最低(几乎不溶)。RNA蛋白在溶液中的溶解度受盐浓度的影响较小,在0.14mol/L NaCl溶液中溶解度却较大。因此,在核酸分离提取时,常用0.14mol/L NaCl溶液条件来分别提取DNA蛋白和RNA蛋白,然后用蛋白质变性剂(如十二烷基硫酸钠)去除蛋白,即得纯的DNA或RNA。此法称为0.14摩尔法。

二、核酸的解离

核酸可被酸、碱或酶水解成为各种组分,通常使用色谱、电泳方法分离,其水解程度随水解条件而异。RNA能在室温下被稀碱水解成核苷酸,而DNA对碱稳定,常利用此性质测定RNA的碱基组成或除去溶液中的RNA杂质。

三、核酸的紫外吸收

核酸中的嘌呤碱和嘧啶碱具有共轭双键体系存在,碱基、核苷、核苷酸、核酸都在240~290nm范围内有强烈的紫外吸收特征。由于各组分结构上的差异,其紫外吸收也有区别。例如,最大吸收波长AMP为257nm、GMP为256nm、CMP为280nm、UMP为262nm。通常在对核酸及核苷酸测定时,选用260nm波长。由于蛋白质在这一光区仅有微弱的吸收,因此可以利用核酸的这一光学特性来定位它在细胞和组织中的分布,细胞的紫外线照相主要是利用核酸强烈吸收紫外线的特性。

利用紫外吸收作核苷酸的定性测定时,通常以下列几个数据判断:最大吸收波长(λmax)、最小吸收波长(λmin)、在两个波长下吸收比值:250nm/260nm、280nm/260nrn和290nm/260nm。

作定量测定时,可用下式求出核苷酸含量:

核苷酸含量(%)=Mr×A260×100%/ε260×c

式中,Mr为核苷酸相对分子质量;ε260为在260nm的消光系数;c为样品质量浓度,mg/mL;A260为样品在260nm波长下的吸收值。

对于大分子核酸的测定,常用比消光系数法或摩尔磷原子消光系数法。比消光系数ε是指一定质量浓度(mg/mL或μg/mL)的核酸溶液在260nm的吸收值,是非常有用的数据,如天然状态的DNA的比消光系数为0.020,是指浓度为1μg/mL的天然DNA水溶液在260nm的吸收值。也就是说,当测得A260=1时,就相当于样品中含DNA 50μg/mL。RNA的比消光系数为0.025。

摩尔磷原子消光系数ε(P)是指含磷为1mol/L浓度时的核酸水溶液在260nm处的吸收值。在pH=7.0条件下,天然DNA的ε(P)值为6000~8000,RNA为7000~10000。当核酸变性或降解时,ε(P)值大大升高。因为大分子核酸的相对分子质量难以确定,所以用摩尔磷原子消光法测定大分子核酸更为方便。

四、核酸的变性与复性

1.核酸的变性

(1)变性的概念 核酸变性指双螺旋区氢键断裂,空间结构破坏,形成单链无规则线团状态的过程。变性只涉及次级键的变化,磷酸二酯键的断裂称为核酸降解。变性后的核酸,其理化性质和生物功能都会起急剧变化,最重要的表现为黏度降低,沉降速度增高,紫外线吸收急剧增高。RNA本身只有局部的双螺旋区,所以变性行为所引起的性质变化没有DNA明显。

(2)变性因素 引起变性的外部因素有加热、极端pH值、有机溶剂、尿素、甲酰胺等,它们都能破坏氢键、盐键、疏水键、碱基堆积力等次级键,从而破坏双螺旋区。

DNA变性的特点是爆发式的,类似于结晶的溶解,变性作用发生在一个很窄的温度范围内。引起DNA发生“熔解”的温度变化范围不过几度,这个温度范围的中点称为解链温度,用Tm表示,DNA的Tm值一般在70℃~85℃之间。

(3)影响Tm的因素

①G-C对含量 G-C对含3个氢键,A-T对含2个氢键,故G-C对相对含量愈高,Tm值也愈高。

经验公式为:

(G+C)%=(Tm-69.3)×2.44

③溶液的离子强度 离子强度较低的介质中,Tm较低。在纯水中,DNA在室温下即可变性。分子生物学研究工作中需核酸变性时,常采用较低的离子强度。

③溶液的pH值 高pH值下,碱基广泛去质子而丧失形成氢键的能力;pH>11.3时,DNA完全变性;pH<5.0时,DNA易脱嘌呤。对单链DNA进行电泳时,常在凝胶中加入NaOH以维持变性状态。

④变性剂 甲酰胺、尿素、甲醛等可破坏氢键,妨碍碱基堆积,使Tm下降。对单链DNA进行电泳时,常使用上述变性剂。

2.核酸的复性

(1)复性的概念 DNA的变性是可逆的,解除变性条件后,变性核酸的互补链在适当条件下重新缔合成双螺旋的过程称复性。对已经热变性的DNA溶液缓慢冷却,双螺旋DNA又重新形成,故复性又称退火。

复性时单链随机碰撞,不能形成碱基配对或只形成局部碱基配对时,在较高的温度下两链重又分离,经多次试探性碰撞才能形成正确的互补区。所以,核酸复性时,温度不宜过低,(Tm-25)℃是较合适的复性温度。

(2)影响复性速度的因素

①单链片段浓度越高,随机碰撞的频率越高,复性速度越快。

②较大的单链片段扩散困难,链间错配频率高,复性较慢。

③片段内的重复序列多,则容易形成互补区,因而复性较快。

维持溶液一定的离子强度,消除磷酸基负电荷造成的斥力,可加快复性速度。

五、核酸的含量与纯度测定

核酸含量的测定方法有紫外吸收法、定磷法、定糖法、凝胶电泳法。紫外吸收法方便,样品便于回收,是常用的方法,但灵敏度不高。凝胶电泳法配合分析扫描仪能够精确测出核酸含量。定糖法和定磷法则是通过化学方法测定核糖或磷酸,从而测定核酸的含量。

1.定磷、定糖——测定核酸含量

(1)定磷法 由于核酸中都含有磷酸基,且纯的核酸含磷元素的量为9.5%左右,故可通过测定磷的量来测定核酸含量。其原理是:先将核酸样品用强酸(如浓硫酸、过氯酸等)消化成无机磷酸;然后,磷酸与定磷试剂中的钼酸铵反应生成磷钼酸铵,它在还原剂作用下被还原成蓝色的钼蓝复合物;最后在650~660nm下比色测定,得出总含磷量(核酸磷加上无机磷),再减去无机磷(即不经消化直接测定)的量即为核酸磷的真实含量,此值乘以系数10.5(即100/9.5)即为核酸含量。

定磷法的适用范围为10~100μg核酸。

(2)定糖法 核酸分子含有核糖或脱氧核糖,这两种糖具有特殊的呈色反应,据此可进行核酸的定量测定。

①RNA 在浓盐酸或浓硫酸作用下,受热发生降解,生成的核糖进而脱水转化成糠醛,糠醛与3,5二羟甲苯(苔黑酚)反应生成绿色物质,最后在670~680nm下比色测定。有关反应为:

img47

②DNA DNA受热酸解释放出脱氧核糖,后者在浓硫酸或冰醋酸存在下,可与二苯胺反应生成蓝色物质,在1595~620nrn波长下进行比色测定。化学反应式为:

img48

③定糖法的测定范围 苔黑酚法为20~25μg RNA,二苯胺法为40~400μgDNA。在此范围内光吸收与核酸浓度成正比。

2.凝胶电泳——DNA纯度鉴定

核酸纯度测定可用紫外吸收法和凝胶电泳法。

(1)紫外吸收法测核酸纯度 通常利用测定260nm与280mn光吸收比值来确定。纯DNA的A260/A280为1.8,纯RNA的A260/A280为2.0。因此,在纯化DNA时,通常用A260/280=1.8~2.0作为纯度标准,若大于此值,表示有RNA污染;若小于此值,则有蛋白质或酚等的污染。

(2)凝胶电泳法鉴定DNA纯度 凝胶电泳能够按相对分子质量的大小来分离各组分,这不仅用于蛋白质的分离、制备和鉴定,也广泛用于核酸的鉴定、分离及制备。在核酸研究中用得较多的是琼脂糖凝胶电泳,它是目前分离纯化和鉴定核酸(特别是DNA)的标准方法。琼脂糖凝胶电泳操作简单迅速,用低浓度的溴化乙锭(EB)染色,就可直接在紫外灯下观察、鉴定和分析DNA,并进而制备、测定DNA。

DNA在琼脂糖凝胶中的泳动率(迁移率)取决于下面几个因素:DNA的分子大小、琼脂糖的浓度、DNA的构象、电流强度等。在凝胶电泳中,DNA相对分子质量的对数与它的泳动率成反比。因此,如果DNA样品不纯,或含有RNA,或含有小相对分子质量DNA,则在电泳过程中可明显区别开来,呈现出非单一的谱带;如果DNA样品很纯,电泳后只呈现出一条区带。

六、核酸分子的杂交技术

不同来源的DNA分子放在一起加热变性,然后慢慢冷却,让其复性。若这些异源DNA之间有互补的序列或部分互补的序列,则复性时会形成“杂交分子”。在退火条件下,不同来源的DNA互补区形成双链,或DNA单链和RNA链的互补区形成DNA-RNA杂合双链的过程称分子杂交。核酸的杂交在分子生物学和分子遗传学的研究中应用极为广泛。如将已知基因的DNA制成具有同位素标记的DNA片段——DNA探针(DNA probe),用其去检测未知DNA分子。

杂交技术较广泛的应用是将样品DNA切割成大小不等的片段,经凝胶电泳分离后用杂交技术寻找与探针互补的DNA片段。由于凝胶机械强度差,Southern提出一种方法,将电泳分离后的DNA片段从凝胶转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上,再进行杂交,称Southern印记法或Southern杂交技术。随后,Alwlnel等提出将电泳分离后的变性RNA吸附、印迹到纤维膜上再进行分子杂交的技术,被称为Northern印迹法或Northern杂交。Southern杂交和Nonhem杂交广泛用于研究基因变异,基因重排,DNA多态性分析和疾病诊断。

免责声明:以上内容源自网络,版权归原作者所有,如有侵犯您的原创版权请告知,我们将尽快删除相关内容。

我要反馈