百山祖冷杉是我国特有的古老孑遗植物，是江苏、浙江、安徽、福建等省唯一生存至今的冷杉属中的珍稀物种，对研究植物区系和气候变迁等方面具有较重要的学术意义。
1976年定名的百山祖冷杉，是我国浙江省百山祖自然保护区的特有植物，在浙江省百山祖主峰西南侧1700米以上的山谷沟旁的亮叶水青冈林中，目前这种冷杉自然生长的仅有四株。由于种种原因，这种冷杉自然有性繁殖十分困难，常规人工无性繁殖也很困难，濒临物种灭绝的境地。为了引起人们的重视，1987年2月，物种生存委员会（SSC）将百山祖冷杉列为世界最濒危的十二种植物之一。
百山祖冷杉之所以濒危，主要有五大原因：
第一，全球气候变迁，迫使冷杉分布区改变。冷杉属植物多分布于寒冷湿润的高纬度高海拔地带。第四纪冰川时期，全球气温下降，冷杉的分布区向低纬度、中低海拔地区扩散；冰期过后全球气温回升，冷杉不能适应高温环境，其分布区向高纬度和高中海拔山地退缩，形成如今我国南方冷杉的孤岛状分布。百山祖冷杉被人们发现后，近年来研究人员相继在广西发现元宝山冷杉，在贵州发现梵净山冷杉，在湖南发现大院冷杉等新种，还在井冈山发现巴山冷杉的新分布区。
第二，由于人类的开发活动及森林火灾，使冷杉分布区的孤岛面积缩小。如浙江西南部、福建东部的山地，历史上因交通阻塞，森林的直接经济效益无法实现，加上烧荒驱兽，形成了一些山区盲目烧荒的传统习惯。百山祖冷杉自然生长的林分，由于低凹稳风，被烧的次数较少，是劫难后的幸存者。浙江南部这种类型较为原始的植被都是散生于各个山头上。
第三，物种之间生存竞争激烈。现存百山祖冷杉自然生长区物种之间竞争激烈，冷杉被挤在林缘。自然环境中现存最小的一株冷杉1963年已采过标本，由于伴生树种林冠闭锁覆盖，经过30多年的生长仍高不过2米。近年来通过人工培育，才开始恢复生机。
第四，多雨的小气候，土壤淋浴作用强烈，造成土壤贫瘠，百山祖冷杉积聚养分的时间很长，开花机会难得。浙江百山祖位于亚热带湿润季风区，夏秋多地形雨，而且往往花期多雨，冷杉是风媒传粉植物，花粉被雨水冲洗掉而无法飞扬，严重影响授粉效果。
第五，百山祖冷杉种群内部变异分化，形成性别分离和个体生态差异，造成自然有性繁殖障碍。现存几株冷杉中有些能开花，有些就不一定会开花。
最后，百山祖冷杉种群个体太少不利于繁殖。
总的来看，百山祖冷杉濒危的原因既有环境因素，也有物种本身的内在因素，还包括人为因素，如若任其自然演变，很难避免物种灭绝的趋势。
冷杉是第四纪冰川时期保存下来的“活化石”，它对于物种分布地区植物区系的发生和演变，以及古气候、古地理，特别是第四纪冰川时期气候有一定的科研意义。百山祖冷杉是冷杉属中最为稀少的一种，仅自然分布于浙江百山祖国家级自然保护区内。
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