与行波加速器不同，驻波加速器的微波系统不是分为两段，而是连为一个整体。驻波加速器的微波能量一般是从加速管中段注入；驻波加速器上也没有末端吸收负载。但驻波低能医用电子直线加速器一般是采用磁控管（megnetron）作为微波源，所以常被称为M型驻波加速器；而驻波高能医用电子直线加速器多是采用速调管（klystron）作为微波源，所以常被称为K型驻波加速器。因此，虽然都是驻波加速器，但从微波系统的整体结构上来看，低能驻波加速器和高能驻波加速器的微波系统还是存在较大区别的。
（一）驻波低能医用加速器的微波传输系统
典型的驻波M型低能医用电子直线加速器微波系统原理，见图2-9-43，其为一种驻波锁相自动稳频控制系统。
图2-9-43 M型驻波医用加速器微波系统
由图2-9-43可见，驻波低能医用电子直线加速器的微波系统是一个整体系统。磁控管发出的微波功率，首先要通过充气波导输送到四端环流器，再经过后面的充气波导、波导窗和连接离子泵的波导管等，最后进入加速管。如果有微波功率从加速管反射回来，会从四端环流器的另一出口送到微波负载消耗掉，不会影响磁控管的正常运行。之所以采用四端口环流器作为微波隔离器件，是由于驻波加速管是一个高Q谐振腔，频带宽度仅有200～300kHz，微波频率稍有变化就会引起失谐，容易形成全反射，反射功率的平均值一般可达千瓦数量级，普通的谐振式隔离器承受不了这么高的反射功率，因此即便是低能驻波加速器，微波系统的隔离器也必须采用四端口环流器，其反射功率可通过端口3连接的大功率吸收负载消耗掉。因低能加速管较短，而且是全密封结构，汽密性好，所以一般只要连接一个很小的粒子泵（真空泵）就能满足维持真空度的需要。同样道理，在微波传输路径上，为了防止微波打火，通常也要充入高压气体，所以称为充气波导。一般也是充入氟利昂或六氟化硫气体。与行波系统不同的是，M型驻波加速器微波系统的取样点一般设在四端环流器的输入端（端口1）和微波反射输出端（端口3），通过混合器（环形桥）进行频率分析，并通过后级电路进行调谐控制。驻波锁相自动稳频控制系统的基本工作原理见第六节。
（二）驻波高能医用加速器的微波传输系统
高能K型驻波医用电子直线加速器的典型微波系统原理，见图2-9-44，其为一种驻波锁相自动稳频控制系统。由于驻波高能医用电子直线加速器配用的微波源是速调管，只能固定安装，不能与机架一起转动，因此必须配用旋转波导，这是驻波高能医用电子直线加速器微波系统的技术难点之一。另外，这种微波系统是通过取样波导（定向耦合器）进行微波采样，并通过3dB耦合器进行实时频率分析处理并控制后级电路。其他微波传输器件与低能驻波加速器类似，在此不再赘述。驻波锁相频率自动控制系统的基本工作原理见第六节。
图2-9-44 K型驻波医用加速器微波系统
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