由于口腔黏膜病存在许多不确定因素，对它们以对症治疗为主，同时结合全身情况制定针对性的治疗计划。大部分口腔黏膜病具有自限自愈性质，宜向患者说明减轻其思想负担。但少数情况需要慎重地与口腔肿瘤鉴别，并警惕口腔黏膜病癌变的可能性，必要时转诊到有关专家。
（一）全身疗法
1. 疱疹性口炎和唇疱疹 应使用全身抗病毒治疗和局部消炎、止痛促愈合措施。继发感染者可用抗生素控制继发细菌感染，适当补充维生素C、复方维生素B等增加营养促进恢复。
2. 复发性阿弗他溃疡 检验证明血清锌常低于正常人口服硫酸锌至血清锌恢复正常。
3. 复发性坏死性黏膜腺周围炎 用皮质类固醇激素局部封闭加全身免疫调节。
4. 扁平苔藓、慢性盘状红斑狼疮等 可试用胸腺肽、左旋咪唑、反应停（沙利度胺），通过免疫抑制、免疫调节作用对病损的消退有一定作用，但因其全身作用应慎用。对天疱疮、类天疱疮、多形红斑、则必须制订应用糖皮质激素的治疗计划。
5. 舌的病损 如黑毛舌、地图舌、裂纹舌和草莓舌等多为代谢紊乱表现，一般无需用药治疗，调剂日常起居、饮食，注意口腔卫生即可改善，重者可服B族维生素药物促进愈合。
6. 坏死性龈炎 针对全身健康状况使用支持疗法和抗生素等预后良好。
7. 中医药治疗 对于具有全身背景的口腔黏膜病，使用针灸、中药等调理机体系统功能，可起到一定的辅助作用。
（二）局部对症
1. 溃疡和糜烂等 对症治疗为口含0.25%金霉素，涂皮质类固醇激素软膏或粉末，疼痛严重者可口含 1%奴弗卡因，亦可用药膜贴附于溃疡处。硝酸银腐蚀溃疡局部也能减轻症状，促进愈合。局部用中药养阴生肌散有生肌、镇痛、消炎、促进溃疡愈合的作用。
2. 口腔白斑 局部涂搽0.1%维甲酸（维生素A酸）可使疣状白斑表面疣刺状的角化物突起消退，但停药后容易复发，故应小剂量持续涂。在白斑治疗过程中应戒烟。
3. 舌的病损 重者可用碱性（碳酸氢钠）液含漱，或可涂用制霉菌素混悬液。
4. 龈增生 严重影响外观功能，除外白血病者可考虑手术切除。
5. 坏死性龈炎 使用全身支持疗法同时，局部用3%过氧化氧溶液擦洗后涂抗生素。
（三）对可疑病例病理检查
对于口腔出现的可疑病损应通过复诊观察发展进度，如发展较快的溃疡或非均质型白斑，癌前病变或早期癌风险较大，特别是那些发生在舌缘和口底的溃疡、白斑或红斑是危险的信号，应全部切除并做病理检查。如不具备进一步治疗技术条件，应向专家转诊。
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