中医儿科学的起源可以追溯到远古时代。在商代殷墟出土的公元前12世纪的甲骨文中，已有了小儿疾病和医疗活动的记载。比如甲骨文“龋”即是小儿常见的龋齿病，“疾子”是指小儿患病，“贞子疾首”是说武丁的儿子祖庚患头部疾病。
《史记》中所载的生活于公元前407年～公元前310年的扁鹊，是历史文献上记载的最早的儿科医生。《史记·扁鹊仓公列传》云：“扁鹊名闻天下……及入咸阳，闻秦人爱小儿，即为小儿医。”其中记载的扁鹊治虢太子“尸厥”案，可谓现存最早的儿科病案。
早于《黄帝内经》成书年代的长沙马王堆汉墓出土的《五十二病方》中，就记载了婴儿病痉、婴儿痫、婴儿瘛三种病症，并有浴、熨、摩、拭等外治疗法，这是中医儿科对惊风病的最早记载。在其《胎产书》中已提出胎儿逐月孕育的过程，即一月流利，二月始膏，三月始脂，四月成血，五月成气，六月成筋，七月成骨，八月皮肤革，九月居毫毛，十月阵发，并提出孕期护养要求。
《诗经》一书中也描写了父母养育、抚护子女的育儿情形。如《诗经·小雅·蓼我》云：“父兮生我，母兮鞠我，拊我畜我，长我育我，顾我复我，出入腹我。”
西汉名医淳于意的《诊籍》是我国第一部医案著作，书中记载了25例医案，其中就有用“下气汤”治小儿气鬲病的记述。
《黄帝内经》是中医学理论的经典著作，其对儿科范围、小儿体质特点、小儿脉诊，以及小儿泄泻、喘证、癫痫等病症的病因病机、诊断预后作了较为详细准确的论述。
张仲景《伤寒论》第一次建立了中医辨证论治临床体系，对小儿外感性疾病和脏腑杂病有着直接的临床指导作用，而且还为后世中医儿科辨证论治体系的建立奠定了基础。
东汉名医华佗虽以外科鼻祖享誉医林，然《三国志·华佗传》也记载了其用“四物女宛丸”治2岁小儿的“下利病”。可见，先秦、两汉时期，就已十分重视小儿疾病的诊治，为数不多的儿科医案为后世发展奠定了基础。
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