仲景又是如何将其辨证论治的学术思想体现于《伤寒论》中呢？仲景创立了六经辨证论治的学术体系，并很好地体现于《伤寒论》中。《伤寒论》一书分为辨太阳病脉证并治、辨阳明病脉证并治、辨少阳病脉证并治、辨太阴病脉证并治、辨少阴病脉证并治、辨厥阴病脉证并治等不同部分。仲景全面分析了外感热病发生发展的过程，将不同阶段呈现出的各种症状概括为六个基本类型，即太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病，并以此作为辨证论治的纲领。
在《素问·热论》中，就出现了六经传变的记载，“伤寒一日，巨阳受之，故头项痛腰脊强。二日阳明受之，阳明主肉，其脉挟鼻络于目，故身热目疼而鼻干，不得卧也。三日少阳受之，少阳主胆，其脉循胁络于耳，故胸胁痛而耳聋。三阳经络皆受其病，而未入于脏者，故可汗而已。四日太阴受之，太阴脉布胃中络于嗌，故腹满而嗌干。五日少阴受之，少阴脉贯肾络于肺，系舌本，故口燥舌干而渴。六日厥阴受之，厥阴脉循阴器而络于肝，故烦满而囊缩。”
虽然《伤寒论》在六经传变顺序上与《黄帝内经》所描述相同，但却名同而实异。《黄帝内经》所述之六经，指的是经络的实质，是针灸学意义上的经络总称，六经又各分为手足二经，共十二条经脉。另外，《黄帝内经》中所述六经还含有气化之意，即如太阳寒水、阳明燥金、少阳相火、太阴湿土、少阴君火、厥阴风木之化。自然界通过六经、六气的化生而进行生、长、化、收、藏。而《伤寒论》是以六经辨证为提纲，从而作为诊疗疾病的切入点。《伤寒论》的六经既继承了《黄帝内经》中固有的学术思想，又对《黄帝内经》加以发挥，将六经作为一种证候学的分类方法。日本中医学者同样对《伤寒论》给予很高的评价，山田正珍曾评价，“盖伤寒以六经言之，古来医家相传之说，不可遽易者也。夫人之常情，每信于其所习见，而疑于其未尝习见者，故仲景亦不得已而袭其旧名，实则非经络之谓也。”“太阳、阳明、少阳之次序，古来医家相传之定说，不可遽易也，故姑从其旧说以次第之。”可见日本人对《伤寒论》也有着深入的研究，山田正珍指出，六经辨证体系和人体气血经络之六经是有着本质的区别的，只是因为历代沿传的叫法不便更改，所以才姑且以“六经”来命名的。医家孙宝楚也提到，“《伤寒论》六经是在《素问·热论》篇的基础上发展起来的，是一种证候分类的方法，是张仲景总结了前人学说，加上自己丰富的临床经验，从整体观念出发，创造性地将热性病在发展过程中的许多症状，按照机体抗病力的强弱盛衰、病情的进退轻重和病位的表里浅深，作全面的考虑，找出其一定的规律，归纳为太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴六个证候类型，作为热性病‘辨证论治’的纲领。”诸多医家都已认识到六经之名源于《黄帝内经》，而其所指则不同，其次第虽与《黄帝内经》相同，但与仲景所指的六经则大相径庭。
所有患者得病，都不离这六种类型，但疾病错综复杂，往往患者疾病有所兼夹，如病邪同时侵犯太阳、少阳，此时就称为太阳、少阳合病，简称“太少合病”，同时还可以出现太阳、少阳、阳明合病，称之为“三阳合病”，合病是两经或三经同时发病，没有时间先后之分；还有可能患者一经疾病未复，继而又病及他经，则称之为“并病”，并病是有先后之分的，如太阳病未解，转而又至阳明、少阳……则称之为太阳阳明并病，太阳少阳并病……但六经病的传变多有先后规律，一般由表入里，及由体表的太阳传入脏腑的三阴经，理论上是按着太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴而次第的。但是，中医学的辨证就在其具有多样性，很多患者不经太阳而病邪直入三阴经，则称之为“直中”。这种患者往往是平素体弱多病，正气无以抗邪，才使得邪气直接越过人体三阳经之“藩篱”，而直中阴经。
病邪停留在哪一经或者向哪一经传变，并无具体的时间规律，有可能时隔多日，病邪仍停留在体表的太阳经，也有可能在短暂的时间就可以发生并病情况，这是与人体正气的盛衰、感受邪气的轻重以及治疗得当与否密切相关的。合病、并病等情况告诉我们临床诊疗疾病过程中，不必太过拘泥于六经的传变次序，疾病的发生、发展虽有一定的规律，但是绝不可对号入座，排座次而病。反之，应该紧紧抓住辨证论治的精髓，强调具体情况来进行具体分析。仲景也是生怕后学误会了自己的思想，从而僵化了辨证的思维，所以他也在《伤寒论》中不厌其烦地提示我们，如《伤寒论》第5条，“伤寒二三日，阳明少阳证不见者，为不传也。”就是要告诉大家，疾病传经与否，是与得病的时日无关的，还是以辨证论治为要。
中医理论是建立在阴阳、五行学说的基础上的，阴阳之间互根互用，互为表里，伤寒六经亦不出其右，如太阳、少阴互为表里；阳明、太阴互为表里；少阳、厥阴互为表里。病邪侵袭人体，常常互为表里的两经同时受邪，这种情况称之为“两感”，比如病邪侵犯太阳、少阴两经，患者除了太阳经所出现的发热、恶寒、头项强痛之外，还兼有少阴经之脉沉、咽痛、手足冷甚等症状，我们就称之为“太少两感”。
《黄帝内经》中确立了很多治疗疾病的原则，如“其高者，因而越之；其下者，引而竭之……”但是没有给出具体方药。仲景则在《伤寒论》中立出了代表方剂，如以发汗来解表邪，用麻黄汤、桂枝汤；以吐法治疗胸膈以上的邪实积聚，用瓜蒂散；以下法治疗腹满燥实的燥矢证，用承气汤……书中虽有398条，113方，看似纷乱，实则拟方用药法度森严，泾渭分明，医者需认真揣摩，则药到病除，若孟浪用之，则变症峰起，反生他变。所以，就算医家穷毕生心血研读一部《伤寒论》，实在亦不为过！
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