一旦部队已经部署并展开行动，领导和预防医学或其他卫生专业人员应对行动进行中出现的卫生风险进行监控，以便对有关的职业和环境卫生及地方病风险进行管理。这可能需要对空气、水和土壤采样分析污染状况，以及噪声测定，或保证战士采取了适当的危害控制措施（如正确使用分发的个人防护装具）。随着行动的展开，指挥员必须做好计划，以应对由于行动节奏的改变及行动中发生的相关变化所引起的职业和环境卫生及地方病危害，这必须包括与风险控制措施相关的后勤支援问题（如个人防护装具的补充）。领导和预防医学或其他卫生专业人员应定期检查就诊记录，以掌握疾病和伤害增加的趋势，如果发现了这种趋势与职业和环境卫生及地方病危险有关，应向指挥员报告。
在作业的环境中，战士的每天工作时间可能超过8h，仅有很少的甚至没有离开岗位的时间，因此，必须对周围环境和作业或与任务相关的暴露进行监测，同时将与这些暴露相关的风险控制在可接受的水平以下。
（一）化学风险
在行动过程中，应对环境和与作业任务相关的化学危险进行重新评估和确认，最初的评估可能需要采集各种可能暴露源，如空气、水（主要为饮用水）和土壤等样本，进行区域筛查。
最初的采样应集中在关键场所和暴露源（如战士停留时间较长的环境）、主要水源的水（甚至有可能在当地供应的瓶装水中发现有含量严重超标的危险化学物）、战士经常暴露（通过频繁和大量接触）的土壤。
完善信息（如采集更多的样本或对最初的样本做更多项目的检测）和提高数据质量（更高的敏感性和特异性）会降低风险估计的不确定性，增加分析样本的数量、种类和敏感性所需的资源和时间，应与其他方面的资源需求以及与部署有关的风险之间取得平衡。此外，部署期间连续和（或）重复的采样应保持在与任务和相关风险相适应的水平上，也就是说在战时的战场上，监测会受到限制。另外，可以想象的是，维和行动将涉及较少的关键性、有时间限制的评估，因此，额外的资源可适当地分配给最初的采样以及连续和（或）重复的监测。
（二）辐射风险
一旦在部署前的作业现场发现了放射源，下一步工作就是要对其风险进行评估，可能在部署前或部署中展开评估工作。根据评估结果，提出应对措施。
（三）物理风险
部署期间，物理风险同样是极端高温和寒冷的温度条件以及噪声，相应的评估和控制措施可参考有关的文件。
（四）地方病风险
在部署期间，计划制订者和预防医学参谋人员必须对部队所处环境中与生物学或昆虫学有关的风险进行重新评估，这可能需要对部队所在的地点进行连续监测。鼓励开展收集实时暴露定量数据的监测活动，如果时间较长，可能需要使用不同监测方法，包括如下几种。
1.常规的医学监测。
2.常规的节肢动物和鼠类监测。
3.采集环境样本检测农药残留。
在部署初期至重新评估暴露风险和实施预防措施之前，只能依赖于单兵的药物预防和使用防护装具。
需要注意的是，大多数生物战剂是通过气溶胶方式释放的，增加生物探测器可能有助于识别生物武器的使用。但是，一个良好的监测异常疾病暴发的系统仍是所有侦察系统的一个必不可少的部分。关于生物武器的评估应由有关的情报部门和专业机构进行。
明确地方病和昆虫学风险是否在可以接受的范围内和制定控制方法来最大限度地降低与之相关的风险是指挥部门的责任，这意味着，根据指挥员的意图和对风险的忍受程度，有关专家必须参与确定可以接受的疾病或有害生物威胁的上限。
指挥员要对风险进行监督管理，预防医学参谋或军医要进行评价并通过指挥链传递风险相关的信息。在风险管理过程中，涉及对情况的重新评估，以确保决策和行动的合理性，进而确定是否需要对行动进行调整。这也包括通过指挥链上传下达决策和行动的依据。
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