（一）污染区环境的治理
1.针对经济生物的对策
（1）设置隔离网。1974年，熊本县水俣湾口设立了隔离网，防止被污染的鱼类、贝类等扩散（图15-13）。随着环境的改善，经过数年的连续监测，确认湾内的鱼类、贝类体内总汞和甲基汞含量低于限制值后，直至1997年熊本县发布了水俣湾的安全宣言，才撤去了隔离网。
图15-13 隔离网设置图（截至1977年10月1日）
（2）限制捕捞。1956年日本政府认识到，水俣病是由于居民食用在水俣湾周围地区所捕捞的鱼类和贝类引起的，因此日本政府禁止渔民捕捞、禁止收买捕捞的鱼类和贝类，由政府捕捞受到污染的鱼，并作无害化处理。到1997年拆除隔离网，23年间政府共捕捞了487t 鱼。与此同时政府向附近居民发出了限制食用鱼类和贝类的倡议。这些禁令直至1997年10月水俣湾的隔离网完全撤去后才撤销。期间，智索公司、昭和电工等企业和地方政府进行了渔业赔偿。
2.制定企业排放废水的标准
1970年12月，日本政府制定了《水污染防治法》，限定了工厂排污废水的有毒物质最高浓度，如总汞不得超过0.005mg /L，甲基汞不得检出。
3.污染底质淤泥的治理
昭和电工鹿濑工厂于1965年1月关闭了乙醛生产线，智索公司水俣工厂于1968年5月也停止了乙醛生产。但停止甲基汞化合物排放以后，相关水域的底层淤泥仍残存有汞，有可能成为水质和鱼类、贝类污染的原因，因此需要去除被污染的底层淤泥。为此，熊本县政府和智索公司利用13年时间（1977～1990年）对汞含量超过限定值（汞的质量分数为25×10-6）的水俣湾底层淤泥进行了疏浚、挖出、填埋（封入），共计约150万立方米，填埋土地58.2hm2（图15-14）。智索公司负担费用约300亿日元，国家及熊本县各负担费用约90亿日元。新潟县由昭和电工负担费用，于1976年对汞含量超过限定值的工厂废水口周围的底层淤泥进行了疏浚。
图15-14 水俣湾填埋地
4.工程的监督
在清淤工程进行期间，由熊本县水俣湾污染防治监测委员会实施严格的监督以防止二次污染。该委员会由学者和当地居民代表组成，工程情况和监测结果在水俣市3处指定地点向市民公布。清淤前水域湾610个监测点的汞的质量分数在0.04×10-6～553×10-6，至该工程结束，84个监测点的汞的质量分数已降至0.06×10-6～12×10-6。
5.加强环保立法
1967年，日本政府制定了《公害基本法》，并于次年获得通过。《公害基本法》把大气、水源、噪音、震动、地震、恶臭等污染确立为公害。1970年召开“公害国会”，又将土壤污染增补为公害，并制定和修改了14个防治公害的法律，明确规定了中央政府、地方政府、企业及公民各自的责任和义务。1993年和1994年日本还先后颁布《环境基本法》和《环境行动计划》，确定了减轻对环境的负担，实现循环社会系统、确保自然与人类的共同生存、在公平的职责下实现所有主体的参与和推进国际性协作的四项基本原则，以此达到人与自然和谐相处的可持续发展目标。完善的法律体系为治理污染和保护环境奠定了坚实的制度基础。
6.完善环境保护的管理体制
日本逐步建立了完善的环境保护管理体制，从中央一直深入到企业。在中央层面，日本于1971年成立环境厅，集中处理与环保相关的事务，改变了之前分散式管理造成的政出多门、管理混乱的局面。日本还成立了环境审议会和公害对策会议，其中环境审议会是相对独立的环保咨询机构。进入21世纪，环境厅升格为环境省。在地方层面，各地也都成立了专门负责环保的政府机构。特别值得一提的是，日本在企业设置环境管理员，负责对企业的具体生产经营活动进行监督，确保其符合环保标准。环境管理员需通过严格的考试和资格认证，上任后的要求也很严格，若其严重失职，可能面临刑法处置。
7.调整产业结构，发展先进的环保技术
1974年日本出台《产业结构长远规划》，“节约资源、环境保护”成为日本产业结构调整的重要目标。该规划提出，建设“福利型、生活保障型产业结构和资源、能源高效利用型产业结构”，发展技术密集型产业，促进产业结构高级化和国际协调。从此，日本的产业结构开始通过科技引进和自主研发逐步升级，从战后的资源密集型产业升级到知识和技术密集型产业。在能源方面，注重“低污染、无公害”能源的开发和利用，重点加强节能技术和能源加工技术的研发和推广，能源结构从高硫燃料向低硫和脱硫化升级。日本还十分重视环保技术的研发，培养自主创新能力。具有自主知识产权的环保技术带动了一系列高新产业的发展，成为日本的一大经济增长点。
经历了水俣病带来的严重危害之后，日本的行政机关、产业界、市民各自承担自己的责任，团结一致对汞污染采取了多项措施，大大减少了汞在工业及日常生活中的使用，2010年日本汞使用量削减至1964年峰顶时的1/300左右。
日本汞使用量的变化
日本一次性电池使用汞的变化
日本用于医疗检测仪器中的汞使用量的变化
8.制订建设环境模范城市计划
1996年1月，水俣市政府批准“第3次水俣总规划”拟将水俣建设成为注重环保、健康和福利的“工业-文化城市”，同年3月批准的“环境保护基础规划”确立了建设环境模范城市计划。积极推动回收利用垃圾（见插文），减少污染排放，致力于“零排放”社会的构建，积极降低石油与电的消耗。1999年水俣市取得了ISO14001认证，在全日本是第五个获得该项认证的城市。
水俣市的垃圾分类处理极为精细。他们将垃圾分为23类。市区的每一片由志愿者负责定点回收，志愿者大都是义务服务的老人。这种大的活动每两个星期开展一次，市民自己将垃圾送至指定地点。垃圾分为塑料瓶类、废布类、电池类、灯管类、纸张类、金属制品类、玻璃瓶类等，不同颜色的玻璃瓶还要分开。水俣市污水处理厂、垃圾处理中心和垃圾填埋场的环保设施因为城市小而规模不大，但运转顺畅，污水处理能力完全能满足要求。出水水质除总氮稍大以外，BOD、COD、悬浮物和总磷等指标都很好。垃圾处理中心十分干净整洁。垃圾填埋场位于市区外大概20km 的山腰间，管理科学、规划合理并且建设得很隐蔽，没有影响周围景观。
居民在进行垃圾分类
（二）恢复效果
根据最新数据，2011年度熊本县水俣湾和新潟县周边水域水质均达到环保标准值（总汞0.0005mg/L 以下、甲基汞没检出），底层淤泥汞含量低于限定值，鱼类、贝类体内汞含量低于限定值。经过50多年的治理，水俣病这样的问题不再重演，并让日本及世界的人们了解和看到正在变身为环保城市的水俣市现在的身姿。
清除海底受污染淤泥产生的填埋地如今建成了面积广大的生态公园（图15-15），建有一大一小两个码头。生态公园旁的海中有一座小岛，这就是流传着神秘传说的恋路岛。面对小岛广场上，坐落着2006年落成的“水俣病慰灵碑”（图15-16），该碑是为了纪念水俣病被正式确认50周年而建的。每年5月1日，这里都会举行追悼水俣病受害者的仪式。
图15-15 水俣市生态公园
图15-16 水俣病慰灵碑
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