一、供给方面
主要问题是科技人才储备不足，特别是高端科技人才。人才是最根本的创新要素供给，也是我国创新体系中的最大短板。一个国家的人才总量取决于该国的教育发展基础，特别是基础教育发展的规模、速度和质量；一个国家的人才产出率取决于该国的R&D投入、人才竞争的体制和环境，以及利用国内、国际两种人才资源的能力。我国在人才总量和产出率方面都与发达国家差距很大。
二、需求方面
主要问题仍在于国民可支配收入过低，创新有效内需不足。创新的有效需求要通过购买力来实现，购买力就是国民的平均可支配收入。虽然我国GDP总量已经超越日本成为世界第二大经济体，但是人均GDP仍然只有4 000美元左右，居民实际的人均收入仅为1 700美元左右，扣除必需开支，一年最后的可支配收入所剩无几，无法支持创新的市场需求，导致目前国内创新的有效需求大多来自境外发达国家。
三、政策环境方面
主要问题是市场经济下法制化的提升和财政税收政策。虽然我国改革开放多年，已经形成一整套市场经济下的法律法规体系，但是法制的有效实行与整体国民教育素质的提升密切相关。特别是如知识产权保护这一类法规，除了执法力度和处罚力度需要加强以及更加合理化外，更重要的是全民需要有自觉的守法意识，这并非是一朝一夕可以改变的状态，需要从教育入手，经历一个人口素质提升的周期才可能实现。
我国从1994年开始实行分税制，地方政府收入相对不足，导致地方负责的教育、医疗及公共服务投资相对滞后。同时，由于资源税除了石油税外其他归地方政府，导致地方资源过度开采倾向以及相应带来的环境问题等。而这些情况从长远看都会给企业经营以及创新带来制约。虽然目前各地都对企业自主创新有各自的税收优惠政策，但各地方政府的政策的执行标准尺度不同，评审缺乏科学性，没有起到真正的激励创新的作用。
四、基础设施平台方面
主要问题是政府大规模基础设施投资的效率和安全性，以及环境的可持续发展问题。
投资的效率不仅是指决策实施的效率，也是指资金使用效率。关于决策实施的效率，我国具有优势，但是投资资金运用的效率由于制度原因，成为我国大规模基础设施投资的短板，各类工程项目中不断有官员经济问题曝光，工程层层转包问题严重，导致资金实际使用效率低，投资回收期过长，地方政府债务负担过重，可能导致发展的不可持续。同时也要注重重大工程的安全性问题，比如高铁的速度和安全性应该综合考量，不应该一味追求速度而忽视安全，如果安全存在隐患，将来对国家创新体系造成的损失可能难以估量。
环境问题是工业化的必然副产品，特别是中国已成为“世界工厂”，无论是空气污染、土壤污染还是水污染，中国的污染问题已经成为一个全世界都关注的严重问题。如果环境无法承受我国目前的大规模工业化经济发展模式，那么所有的经济建设的努力将付之东流，国家创新体系也将无法获得成功。
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