非传统安全问题的产生和挑战，已经使得美国越来越清楚地意识到，依凭美国一己之力，按照过去“全球领袖”的方式继续行事已经无法获得问题的有效解决，国际合作的合理性越来越突出。位于美国华盛顿的新美国安全中心（the center for a new American security，CNAS）曾在《中国登场：构建一个全球关系的战略构架》报告中指出：“没有北京和华盛顿的联合行动，解决世界上最严重的问题（包括全球金融动荡、武器扩散和恐怖主义、气候变化、能源保障）是难以想象的。”[15]非传统安全领域的非敏感性特点使得两国之间更容易培养军事互信。自美国发生“9·11”恐怖袭击事件之后，美国开始意识到多边合作反恐的重要性，在对华关系上开始由“遏制”战略转变为“接触”战略。中美之间的反恐合作由此开启。
中国同意在美军对阿富汗基地组织进行打击时配合美国的行动，关闭了与阿富汗的边境以防止塔利班和基地分子进入中国。同时，中国允许美国的航空母舰在去阿富汗参战的途中在香港停留。这些都为美国的军事行动提供了配合和支持。对于中国的支持，美国国务院反恐事务协调员泰勒（Taylor）大使认为：“中国对反恐怖主义联盟最有益的帮助在于它提供的外交支持。在联合国安理会通过第1373号决议的努力中，中国是一个非常重要的部分。”[16]
2001年10月，时任美国总统布什参加了在上海举办的APEC会议，而作为东道国中国力促将反恐怖行动列入APEC议程，并使会议通过了反恐怖声明。中美两国达成协议，两国建立反恐磋商机制，并在首次反恐磋商中决定成立中美金融反恐工作小组。中国政府还多次发表外交声明，强烈谴责恐怖主义的暴行，支持美国的反恐行动，配合美国冻结恐怖组织的资金，向美国提供有关伊斯兰极端分子的情报等。因为恐怖主义这一非传统安全问题，美国认识到中国在美国反恐战略中举足轻重的地位，也意识到美国要想在反恐和防止大规模杀伤性武器扩散的斗争中取得实质性进展，需要中国的支持与配合，美国需要同中国进行合作。反恐合作扩大了中美合作的战略基础，成为促进中美战略互信发展的一个新动力。
中美在反恐领域的合作在之后不断深化并取得积极成果。2002年8月，美国宣布将“东突厥斯坦伊斯兰运动”列入恐怖组织名单。双方还在实质行动上取得了反恐成效。2003年，中美双方合作在巴基斯坦和阿富汗境内击毙了“东突厥斯坦伊斯兰运动”头目艾山·买合苏木。2003年7月29日，中美双方签署海关“集装箱安全倡议”合作原则声明。2004年4月，美国联邦调查局在北京成立办事处，协助双方开展反恐合作工作。同年10月，美国联邦调查局宣布将招收中国学员，并将派专家与中国联合制订2008年奥运会的安保计划等，反恐合作取得显著成效。这一系列进程表示中美反恐合作已经成为促进中美军事关系新的利益汇合点形成的积极因素。
2009年9月，中美在华盛顿举行了双边反恐谈判。4月，联合国安全理事会制裁基地组织将东突厥伊斯兰党的领导人阿卜杜尔·哈克加入了2002年与基地组织和塔利班有关的个人和实体名单中。2011年5月，中国对于联合国1977号决议投了赞成票，该决议将1540委员会的期限延长了10年。该委员会强制所有国家都必须遵守相关规定，建立国内控制机制，包括建立对相关原材料的适当监控，防止核武器、生化武器的扩散和运输。该委员会同样鼓励增强在这些方面的国际合作，以符合现存的国际防止核武器扩散条约，并推动国际社会遵守该条约[17]。在安理会投票一致通过后，中国代表表示“恐怖主义是国际社会的共同敌人。中国反对任何形式的恐怖主义，并殷切希望国际社会能够继续联合行动，阻止并最终消灭恐怖主义。”[18]事实上，对于安理会三委员会——1540委员会、1267委员会和反恐怖主义委员会，中国一直都持支持立场，并在大多数反恐的国际协议上都签了字。
正是因为这种战略互信的发展，推动双方将合作领域扩大到防止大规模杀伤性武器扩散、反走私、反腐败、反非法移民等多个领域，两国间关系逐渐进入稳定和良性互动的发展阶段。
当然，不容忽视的是，中美反恐合作存在着因美国在反恐合作中经常使用双重标准导致两国在反恐问题上的双边反恐利益难协调的问题。2004年10月，美国决定释放多数从事恐怖活动被关押在关塔那摩湾海军基地的中国“东突”分子，但不把他们交给中国政府。因为美国只承认其中一个对美国有不利行动的组织即“东突厥斯坦伊斯兰运动”为恐怖组织，而不承认所有其他的“东突”组织为恐怖组织。2013年12月31日，美国政府单方面将在古巴关塔那摩监狱关押的最后3名中国维吾尔族嫌疑犯移交中国。根据维基解密网站此前发布的关塔那摩监狱囚犯名单，美军一共在阿富汗战争期间俘获22名中国维吾尔族人。美国政府表示，这些人经法官审理认为他们“并非嫌犯”，但却矛盾地不允许这些人入境美国。从美国官方公布的消息看，这其中有5人已于2006年被阿尔巴尼亚接收，2006年后又有14人被陆续送往帕劳、百慕大等地。2010年斯洛伐克同意接收另外3人[19]。
中美之间还存在双方反恐合作的技术不对等等一系列问题。譬如中国在反恐斗争中对美国提供了尽可能的协助和支持，但美国却并没有给予中国应有的回应，除了把众多“东突”恐怖组织中的一个列入恐怖组织外，给予中国的支持甚少[20]。
另外，美国的海外利益扩展与恐怖主义之间存在着某种恶性循环，据统计，目前全球跨国性恐怖袭击案件中，针对美国的就占了三分之一以上[21]。这在一定程度上反映出美国反恐战略的失败。随着萨达姆、本·拉登被杀，世界上又出现了一些新兴的恐怖组织，譬如也门的组织、索马里的青年党等。显然，反恐问题上一味使用军事手段，实行单边主义注定以失败收场，而新的恐怖主义威胁接踵而来。
从当前国际安全环境来看，恐怖主义是全球性公共问题，中美作为大国进行反恐合作具有更为积极而广泛的影响和示范效应；中美双方基于共同的国家利益，反恐合作更具有共赢性；而从国际秩序的角度来看，中美两个国家作为安理会主席国进行反恐合作有利于建构稳定有效的国际反恐规则。但是，如何切实发挥好“反恐合作”这一一度被称为“稳定器”的作用，仍然是一个需要深入探讨的课题。
作为一种探讨，作者认为：一是，基于当前中美在反恐领域虽然存在着矛盾与分歧，但合作与协调是双方军事关系的主流，中美双方有必要进一步加大在各个反恐领域里的机制性建设，使反恐最大地发挥两国“稳定器”的功能作用；二是随着中国军队在相关领域里反恐行动的历炼和成熟，可以逐步加大与美军在相关领域的合作力度和深度，并以此为平台更好地加深了解，培塑双方军事互信，建构该领域的军事互信机制。
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