许多专家学者认为，党委书记和校长之间的分工搭配有一定常例可循，那就是：老少配、男女配、强弱配。所谓老少配，一般是指党委书记年长些，校长年轻些；男女配则是一男一女，形成异性结构；强弱配则是指形成一强一弱结构。这些安排，既是实践经验的生动写照，同时也比较好地解决了运行中可能出现的矛盾和问题。但从发挥党委书记和校长整体合力，提升党委书记和校长共同战斗力的角度着眼，从体制和机制上相互制约和制衡的角度分析，则未必科学合理，我们认为：应该根据学校发展的实际需要来正确配置，或者尊重已有配置、把握基本、发挥特长、优化分工，实际分工搭配安排可在一定条件下自主约定形成。
1.把握基本，科学分工定位。这是指党委书记和校长之间应该按照党委领导下的校长负责制进行制度设计，按照《中国共产党高等学校基层党组织工作条例》的要求，学校党委统一领导学校的工作，并规定了八款具体内容。党委书记作为党委的主要负责人，必须认真履行党建工作第一责任人的职责，按照党要管党的要求，在方针政策、办学方向、学习型党组织创建、思想教育和德育工作，领导、工会、共青团、学生会工作，做好统一战线工作等方面必须主动积极作为，认真扎实履职，这也成为党委书记在分工中必须承担的事项。而校长则在教学、科研、行政、后勤的具体管理工作中认真履职和积极作为。
2.“三重一大”，必须党委集体讨论。在正确处理党委领导下的校长负责制的具体运作过程中，上级有关部门创造性地提出了“三重一大”必须经党委集体讨论的原则，即重大决策事项、重要人事任免事项、重大项目安排、大额度资金运作事项，关于这一点，必须事先进行认真调查研究，反复进行沟通，集体进行研究，党委书记是主要负责人，校长在酝酿过程中发挥主观能动作用。
3.根据职能，适度协商分工。在具体的工作实践中，由于党委书记和校长具有不同的学习和工作经历，具有不同的性格特征和智能结构，也具有不同的兴趣爱好和工作特长，乃至具有不同的生活和工作习惯，正因为这样，在许多工作上，两者是可以自我协商、自我约定，进行大致分工的，并无百分之百的角色定论。有些时候，还可随遇而变、适当优化、持续改进。在基本原则下，把两个人各自的特长发挥到极致，使两个人的才能施展到最佳，使两个人的组合效能实现到最好，真正起到“1+1大于2”的功效。
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