1．基地组织、塔利班与其他武装派别
阿富汗塔利班政权于2001年11月垮台后，不少塔利班和基地组织成员越过阿富汗与巴基斯坦的漫长边界，进入巴基斯坦联邦直辖部落区活动。这些多山的地区很快成为他们频繁活动的场所。他们在巴基斯坦联邦直辖部落区休养生息，并经常越过巴阿边境从事反对北约盟军的袭击行动。在巴基斯坦联邦直辖部落区，基地组织、塔利班、乌兹别克斯坦伊斯兰运动与亲塔利班部落武装之间互动频繁，导致这些组织的共性和联系越来越强。这些组织具有相似的意识形态、目标和战术，并且还共享训练设施，就连指挥结构也相互关联。这些组织为同一个事业而战斗，它们有共同的指挥体系，一起招募和训练人员，肩并肩地与巴基斯坦政府军、阿富汗政府军和北约部队战斗。[31]自2003年至2007年，基地组织和塔利班的组织力量都获得极大发展。[32]
伴随这一过程，亲塔利班部落武装开始在巴基斯坦联邦直辖部落区崛起，他们也被称为“塔利班”，不过却是巴基斯坦本土的塔利班。他们由“911”事件以后反对巴基斯坦政府配合美国反恐的巴基斯坦人组成。他们与苏联入侵阿富汗时，由美国、沙特阿拉伯和巴基斯坦催生的阿富汗圣战者不同。他们由年轻的毛拉领导，这些毛拉也不同于以前的塔利班。他们懂技术和媒体，深受部落民族主义的影响，遵守部落法则。他们与阿富汗塔利班有着相同的意识形态。[33]他们的打击目标不仅有“占领阿富汗的异教徒”（即北约联军），还有统治巴基斯坦的“异教徒”（即巴基斯坦中央政府）以及维持世俗价值观的巴基斯坦社会。
2．地方权力结构的改变与联邦直辖部落区局势失控
巴基斯坦政府试图清除联邦直辖部落区的塔利班和基地组织分子，结果却遇到顽强抵抗。在联邦直辖部落区活动的武装分子主要有三类：一是基地组织成员，他们主要针对的目标是美国和西方世界；二是阿富汗人，特别是那些同情前塔利班政权以及反对阿富汗被北约联军占领的阿富汗人；三是巴基斯坦人，主要是西北边省和联邦直辖部落区的普什图人，他们同情和支持前两类人。一些南瓦济里斯坦和北瓦济里斯坦普什图部落民的亲属在沙特阿拉伯从事劳务输出。由此，巴基斯坦普什图部落民与阿拉伯圣战者建立了特殊的联系。这些普什图部落民的亲属在沙特有着稳定的工作，并且得到在联邦直辖部落区寻求庇护的阿拉伯圣战者的亲属关照。[34]
长期以来，巴基斯坦联邦直辖部落区一直处于自治状态，部落长老拥有很大的权威。塔利班进入当地以后，采取软硬结合的两手策略，杀死听命于政府或不支持自己的部落长老，拉拢支持塔利班的部落长老。与此同时，塔利班大力拓展慈善事业，赢得当地普什图部落民的好感。2008年6月，南瓦济里斯坦塔利班建立互助基金，向在军事行动中受损的当地民众发放1500万卢比的基金。[35]塔利班的宣传对底层民众很有吸引力：“我们能主持公道，我们能帮助穷人，我们还会创造一个所有穆斯林都真正平等的社会。”[36]因此，塔利班在联邦直辖部落区获得极大权力。
塔利班进入联邦直辖部落区使当地的权力结构发生显著改变。部落首领马立克领导地位的合法性受到损害，而具有激进意识形态的毛拉成为更具合法性的部落利益捍卫者。与此同时，政治代表的作用受到持续侵蚀。面对巴基斯坦政府与美国在反恐问题上的合作，面对政府与马利克之间的分赃政治架构，面对长期的经济恶化与社会动荡，亲塔利班部落政治势力利用联邦直辖部落区的自治地位和普什图人特有的社会风俗，积极与巴基斯坦政府分庭抗礼。
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