从2002年开始，利用巴基斯坦军队与阿富汗塔利班作战的机会，一批亲塔利班的巴基斯坦普什图部落区的部落武装集结起来反对巴基斯坦政府。2004年，巴基斯坦普什图部落区的亲塔利班部落武装逐步转型为本土化的巴基斯坦塔利班。同年，这些部落武装抵挡住巴基斯坦政府军的大举进攻，随后与巴基斯坦政府坐上谈判桌，从而在联邦直辖部落区树立起自身的权威。2005年，巴基斯坦政府在南瓦济里斯坦与亲塔利班的部落武装签署和平协议。2006年9月2日，巴基斯坦政府与北瓦济里斯坦部落区内亲塔利班的部落武装签署和平协议，同意撤出进驻该地区的上万名巴基斯坦政府军，以换取部落武装放下武器，停止攻击巴基斯坦政府军士兵和进入阿富汗进行袭击。[37]2007年3月26日，巴基斯坦政府与巴焦尔部落区内亲塔利班的部落武装签署和平协议。[38]三次媾和签署的和平协议内容大致相仿。随后，巴基斯坦政府军陆续撤出联邦直辖部落区，结束在当地的军事行动。巴基斯坦政府指出：让普什图部落区的部落民远离武装组织，必须停止暴力，发展当地经济，因此唯有媾和这一途径。
事实证明，巴基斯坦政府的妥协不但未能换来联邦直辖部落区的安宁，相反，进一步强化了塔利班的地位。巴基斯坦前任外交部长纳吉姆丁·谢赫坦承：“毫无疑问，瓦济里斯坦协议有助于增强塔利班的影响。”[39]食髓知味的塔利班利用和平协议加紧从事袭击活动。塔利班还在从俾路支斯坦省到南瓦济里斯坦、北瓦济里斯坦直至巴焦尔的广大地区设立训练营地。塔利班还开始按照自身理念对联邦直辖部落区进行全面改造，联邦直辖部落区的塔利班化进程由此开始。
塔利班化是一个在塔利班统治阿富汗后产生的新名词，泛指宗教团体或宗教运动模仿塔利班推行严厉的宗教政策。塔利班化的提法最早于1999年11月6日的《波士顿环球报》出现。塔利班化一般具有以下8个特征：
（1）严格限制妇女活动，如禁止她们上学和上班；
（2）禁止普通穆斯林接受的活动，如看电影、看电视、看录像、听音乐、跳舞、在家悬挂照片、在体育比赛中鼓掌等；
（3）禁止被认为是西化，但被普通穆斯林接受的活动（尤其是在发型和衣着方面）；
（5）利用武装“宗教警察”执行戒律，而执行手段具有攻击性；
（6）破坏非伊斯兰制品，尤其是雕刻和塑像，如巴米扬大佛，因为这些都是偶像崇拜和多神论的产物；
（7）庇护基地组织等恐怖主义组织；
（8）对非穆斯林实施歧视政策，如强制他们戴黄色袖章。[40]
亲塔利班部落武装在联邦直辖部落区推行的塔利班化主要包括以下5方面内容：
（1）重塑当地权力结构。联邦直辖部落区在历史上一直处于自治状态，巴基斯坦中央政府任命的政治代表通过部落长老进行名义上的管理。巴基斯坦的普什图部落区实行部落习惯法，由部落长老会议支尔格决定一切重大事务。而部落长老通常与巴基斯坦政府拥有良好的合作关系，对意图染指当地的塔利班存有戒心。这对于塔利班控制联邦直辖部落区的企图构成极大妨碍，因此清除不合作的部落长老势在必行。2005年至2006年，在联邦直辖部落区有200多名抵制塔利班控制普什图部落区事务的部落长老被暗杀。[41]塔利班不但铲除不合作的普什图部落区部落长老，还大力笼络支持自己的普什图部落区部落长老。相较于部落长老，塔利班的优势极为明显，不但更有组织性，战斗经验丰富，资金充裕，而且背后还有基地组织等恐怖组织支持。因此短短几年内，塔利班便在联邦直辖部落区形塑出理想的权力结构，为自身的进一步发展奠定良好基础。
（2）建立政府。塔利班开始组建基层政府，征收赋税。塔利班还在交通要道设卡收取通行费，开采当地矿产。据巴基斯坦西北边省省督乌韦斯·加尼透露，仅巴基斯坦境内的塔利班年收入就高达约40亿卢比（5000万美元）。每名塔利班士兵月收入约为100美元，比巴基斯坦警察月收入高20美元左右。而塔利班高级领导人月收入超过350美元，相当于巴基斯坦人均年收入的1／3。[42]
（3）进行宗教激进主义灌输。塔利班热衷于通过电台的广播、经文学校的宗教教育、发放宣传宗教激进主义思想的CD和DVD等管道向联邦直辖部落区民众进行宗教激进主义灌输。塔利班用自己的标准将伊斯兰的生活准则进行严格定义，并以宗教和种族的名义，威逼普什图部落民不得支持巴基斯坦政府。
（4）设立法庭。自2004年以来，联邦直辖部落区的许多犯罪团伙利用战乱之机浑水摸鱼，抢劫勒索、绑架甚至杀人越货，致使许多普什图部落民怨声载道。塔利班利用这股民怨，设立法庭，打击刑事犯罪，树立自身权威。联邦直辖部落区每个部落区都建有塔利班法庭，维持治安，解决民众争端。仅仅在巴焦尔部落区，一个塔利班法庭就受理1400多起诉讼，并判决其中1000多起。[43]其判决速度之快和公平程度之高均让普什图部落民折服。
（5）用暴力推行伊斯兰法。塔利班致力于推行严格的伊斯兰法，而具有西方或世俗色彩的各种制度和团体都在取缔之列。塔利班推行的伊斯兰法包括小偷要被砍断手，禁止普什图部落民剃胡须，不能贩卖光盘，不能收看有线电视，不能播放音乐，不能唱歌跳舞，禁止让女子就业、抛头露面和接受教育等。对于这些伊斯兰法规则，塔利班使用暴力手段予以严格贯彻。
随着联邦直辖部落区的塔利班化程度不断加深，塔利班更加积极地拓展势力范围，从早期的基地南瓦济里斯坦部落区和北瓦济里斯坦部落区逐步发展到巴焦尔部落区、莫哈曼德部落区和奥拉克扎伊部落区。到2006年，塔利班已经在整个联邦直辖部落区建立强有力的统治，其影响逐渐外溢到巴基斯坦北部地区。西北边省首府白沙瓦也未能逃过塔利班化的浪潮。与此同时，塔利班开始在首都伊斯兰堡进行绑架和胁迫行动。塔利班在巴基斯坦部分地区建立起不服从巴基斯坦政府权威的国中之国。“瓦济里斯坦酋长国”的建立、斯瓦特武装分子与巴基斯坦政府军的对峙以及2007年红色清真寺在伊斯兰堡强行实施伊斯兰教法都是明显的例证。[44]
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