一是研究成果公信力不足。对于一个智库来说，其核心价值主要是所产生的社会影响力，相比政府智库，民间智库往往能够摆脱地方政府对它的一些约束，更加贴近于市场导向，思想比较活跃，也更关注现实层面的问题，其影响力反而要高于一些政府智库。目前内蒙古智库中政府智库占了半壁江山，而且很多民间智库在发展过程中受政府影响较深，大多数公共政策研究方向的智库都有一定政府背景，再加上政府参与或半官方智库机构数量较多，由政府出资了大部分经费，这使其客观性受到一定影响，其学术成果在国际范围的美誉度和公信力会有下降。
二是研究人员素质参差不齐。目前内蒙古智库中官方智库占主导地位，官方智库因机构多为事业单位与党政机关，其经费全部由财政拨付，其研究人员结构较为稳定，但因机构冗余，历史包袱较重，薪资待遇瓶颈，研究人员研究积极性大打折扣，人员的学历及研究能力也良莠不齐，相反一些民间智库，因招聘机制灵活，务实性强，机构成员大多具有较好的学历教育背景，实战研究能力总体较强，研究成果更贴近市场需求，但民间智库由于资金较为匮乏等原因，研究人员流动性较大，高层次人才容易为谋求更好发展而另谋高就，导致民间智库领军人物频繁更替与短缺。
三是研究水平欠缺国际视野。内蒙古大多数本土智库主要研究领域具有一定程度的局限性与片面性，对国际性问题所涉猎的研究参与较少，国际化参与程度较低，对国际通行惯例与规则了解得不够深入，视野与运行局限性较大，全球化视野的专门人才较为稀缺，基于多国外语的国际热点研究能力稍显不足，造成对国际较高水平的研究成果解读能力匮乏，与国际前沿研究容易脱节，在研究过程中容易陷入一叶障目的困境。
四是对外宣传渠道建设乏力。随着公众对社会经济政策敏感程度逐渐增强，智库的影响力不仅能够通过对外宣传渠道波及社会各个阶层中，而且能够很大程度上影响政府决策。随着国际一体化时代的降临，英语作为全球通用语言，成为融入国际社会的必要工具，英文网站的重要性也不言而喻，如果智库缺乏用语准确、简洁标准的英文官方网站，就很难说该智库与国际接轨，只能够偏居一隅。但目前内蒙古智库在对外媒体宣传和英文网站设计方面的做法普遍欠缺，对比欧美及东南亚国家，甚至国内一些发达省市的智库，还存在着较大的差距，许多智库目前仍然没有专属的英文网站，使智库研究成果传播、交流受到很大限制。
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