万维网的出现和网景导航器的迅速普及使微软感觉到了威胁。因为如果万维网在不久的将来能够通过Java程序来远程提供与视窗系统相同质量的应用程序的话，微软操作系统平台将会被网景导航器的网络平台取代[1]。这一目标其实已经在网景公司的计划之中，并被定名为网络桌面（Webtop），来取代微软的视窗操作系统的传统桌面（Desktop）。对深谙摩尔定律准确性的盖茨而言，这一目标在技术上的现实性不难预见。凭着在信息技术领域里摸爬滚打多年的经验，盖茨从Spyglass获得了马赛克浏览器的授权后，投入了巨大的资源在1995年8月推出了微软的浏览器——网络探索者1.0版本（Internet Explorer 1.0），并仅用了三个月的时间就推出了第二代版本。浏览器大战就此拉开序幕。在随后的两年时间里，网景导航器和网络探索者都在不断升级，但网景导航器一直领先，而微软的网络探索者则一直处于劣势。
1997年双方的竞争优劣势开始逐渐发生逆转，新的网络探索者4.0版本不但在运行速度上超过了网景导航器，而且能更忠实地执行万维网联盟（W3C）制定的网页新标准，另外显示动态网页的功能和附带的系统升级（可以播放MP3文件）也吸引了更多使用者。面对微软的奋起直追，安德森和其领导的网景公司没有警醒，仍然沉醉于其较高市场占有率中，低估了微软新版本的竞争力。10月，当微软员工将一个10英尺高的“e”字网络探索者标志摆放在网景公司前的草坪时，网景的员工马上将其推倒并竖立起高举着“Netscape 72，IE 18”标志（分别代表其市场占有率）的代表网景导航器的吐火巨型蜥蜴（Mozilla）吉祥物。但不久网景公司的形势开始急转直下。情急之中网景公司仓促推出了新版本，但因为单纯追求升级速度，疏忽了导航器的升级质量，招致了用户的批评，市场占有率继续急剧下降。
1998年1月，网络探索者已经取代网景导航器成为市场占有率最高的网络浏览器。眼看局势的逆转和惨淡前景，安德森一方面寻找将网景公司出手的机会，另一方面使出了最后的杀手锏：公布了网景导航器4.0版本的全部源代码并推出了Mozilla开源计划，希望借此来联合开源运动的中坚力量和反微软的人士，通过开源方式推出更高质量的产品来挽回败局。网景公司从网景导航器的100多名开发人员中调出8名程序员，专门负责Mozilla的开发。网络上同情网景的人们此时也开始制造舆论，认为微软在其操作系统的应用程序界面上做了手脚，导致了网景导航器的运行速度变慢等。毕竟浏览器是依附在操作系统上的一个应用程序，它依靠操作系统提供的程序调用来运行。所以如果微软在操作系统层面做手脚的话，是很容易让上面的应用程序效率出现问题的。尽管事实如何我们无从知晓，这些质疑和其他政治、经济利益的交织与摩擦导致了1998年5月美国国家司法部对微软的反垄断立案调查。
与网景公司的发展与衰落同病相怜的是美国在线。1994—1995年，美国在线的用户增长伴随着用户上网的普及而呈指数递增，从100万增加到400万，首次超过它早期的两个主要对手——计算机服务公司和奇才公司，成为美国最大的网络接入服务商。1997年9月美国在线从WorldCom手中收购了它的主要竞争对手——计算机服务公司。合并后，美国在线的用户总数达到900万。
随着互联网电子商务的淘金大潮席卷硅谷，美国在线的股票价格也一路疯涨。不过这时美国在线的用户主要是使用其拨号上网服务，关注和使用其封闭平台的用户已经很少。为了更新商业模式，凯斯看中了当时最热门的网景公司。1998年11月24日，美国在线用股票交换的形式收购了估价为42亿美元的网景公司，试图以控制浏览器的方式继续维持其封闭平台策略。被收购后的网景虽然仍有一批忠实的用户和业余开发人员，但是美国在线却在网景浏览器的设计上施加压力，一再迁就美国在线的宣传和广告需求，导致了很多业余开发人员的离开。当网景浏览器的6.0版在2000年推出后，用户数量大大下降。
为了打造更完整的媒体平台和提供更全面的网络多媒体内容，2000年1月10日美国在线宣布与时代华纳公司合并。合并后的美国在线时代华纳公司（AOL Time Warner）的市场总值为3500亿美元，年收入为300亿美元，不过此时的美国在线已经是强弩之末[2]。随之而来的互联网泡沫的破裂使得各种互联网公司的价值急剧缩水，也包括美国在线时代华纳。2001年2月11日，当联邦贸易调查委员会批准了双方的合并后，它们的市场总值已经缩水2086亿美元。2002年公司损失为990亿美元，其中主要来自美国在线这一部分。从那以后，美国在线由于互联网泡沫破裂的打击和本身商业模式的局限性，价值不断缩水，用户没有再增加。2003年合并后的公司干脆把美国在线的名字从公司名称中去掉，凯斯也于2005年从时代华纳的董事会中退出。
由于财务状况的恶化，从2001年到2003年美国在线一再削减浏览器部分的开支，并大批裁员。虽然在2002年又推出了7.0版，但此时已经很少有人使用网景浏览器了。2003年，美国在线彻底退出了浏览器产业。在退出之际，美国在线意识到Mozilla开源项目的品牌仍然具有一定的价值，于是给了Mozilla项目的开发人员一笔资金和服务器等资产，并说服了莲花公司的创始人卡波加入成立了Mozilla基金会，专门从事Mozilla开源软件的开发。成立后的Mozilla基金会一共有10名开发人员、200万美元的资金和一批计算设备。后来随着美国在线对网景浏览器的切割，更多的网景浏览器的原班人马加入到了Mozilla的阵营，开始了Mozilla浏览器的开发[3]。
随着网景公司的败北和美国在线自身用户群的不断萎缩，网络浏览器市场的群雄争霸局面从两雄对立逐渐转为微软的一统天下。2002年，微软网络探索者的市场占有率一度高达96%。不过网络浏览器之争并没有结束，就在微软放慢浏览器的升级速度并安心享受市场的绝对垄断地位之时，网景公司的复仇种子Mozilla开源计划开始发芽[55][4]。
[1]微软的担心显然是有道理的，不过这一局面直到20年后在北美网络带宽足够大的情况下浏览器与云平台结合才开始对微软构成威胁，比如谷歌提供的基于网络的办公软件系统从2012年前后开始逐渐被越来越多的用户所使用，成为微软最大的利润产品MS Office的直接竞争对手。
[2]美国在线的封闭平台围墙花园模式从理论上并没有问题，但前提条件是它所提供的内容必须有很强的独特性，而且能够提供的用户体验必须是超一流的。这种整合策略迄今为止只有苹果公司能够不断熟练使用和更新。而苹果公司成功的前提是从软件到硬件的全面控制和很多技术方面的秘诀。可是这两点美国在线都没有一点能够做到。尤其是在JAVA流行和技术臻于成熟后，很多互联网公司能够通过浏览器提供完美的用户交互体验，所以美国在线通过下载安装程序带来的早期优势，已经不复存在。归根结底，美国在线把竞争的重点放在了内容的整合上和对用户的圈地运动上，没有技术含量。当它的内容在别的地方完全可以得到时，用户也就离开了。
[3]尽管网景公司在与微软的竞争中败北，安德森和克拉克在后来的电子商务领域继续扮演着重要角色。他们在1999年创立了最早的软件云端服务系统LoudCloud。安德森本人则成为硅谷的风险投资人，他和本·霍洛维茨（Ben Horowitz）成立的Andreessen Horowitz创投公司先后资助了脸书，推特等新一代网络领军创业公司。
[4]在Mozilla源代码的基础之上，新的开放源代码浏览器“火狐”（Firefox）悄悄地进入市场，并在2005年横空出世，很快就占据了16%的浏览器市场。火狐让用户自由选择谷歌和雅虎的搜索引擎并通过带给这两个公司的用户搜索流量来维持运营。这一运营模式在火狐上市短短6个星期内就为Mozilla带来了几百万美元的收入，足以维持基金会一年的运营。自此，火狐的市场占有率开始逐渐攀升，开始重新进入两雄对立的局面，直到2008年谷歌自己的浏览器Chrome加入竞争。但到那个时候，以浏览器和网络服务器为代表的客户/服务器模式已经随着互联网价值链的提升而变成了基本技术，很难给它们的拥有者带来比较竞争优势了。浏览器在门户时代的重要性已经一去不复返了。
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