“生产发展、生活宽裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”是十六届五中全会对建设社会主义新农村的总体要求。但新农村建设的一个重点难题则是农村经济建设与农村环境保护的协调发展问题。由于历史上国家对农村环境问题的关注不足，在环境管理体制的建设上缺少对农村环境保护足够的关怀，使得现行体制在农村环境保护中所起到的作用有限，农村环境保护工作面临着许多问题：其一，环境基础设施严重滞后；其二，农业面源污染日益突出；其三，农村环保意识相对淡薄；其四，农村环境规划不够健全；其五，齐抓共管体制有待完善。因此，必须加强对农村环境管理的有效组织，逐步建立适应农村环境保护的一套管理体制，从根本上改变农村环境管理比较薄弱的客观现实。
在农村环境管理体系建设中，应抓好三个重点：首先是机制和制度的推行；其次是机构和能力建设；第三是计划和规划制定。
（1）建立和完善环境管理机制和各项制度 “十一五”期间，我国在制度建设方面已经出现了有利于解决农村环境污染的因素，但还有很多制度需要完善。在现行法规、标准、管理制度及其执行体系中，除了最新制定的相关法规中专门提到了农村环境问题外，其他有关法规几乎没有针对性较强的条文，这个缺陷应在法规修订中加以弥补，以促进各级政府部门在加强农村环境保护工作中为基层职能部门提供法律依据。
在农村环境管理制度上要推行环境目标责任制度，要真正做到县长、乡长等行政一把手对管辖范围内的环境质量负责，乡镇企业法人对本企业影响范围内的环境质量负责。
（2）加强环境保护的机构和能力建设，完善农村环境管理基础体系建设 农村环境保护工作涉及农业、林业、畜牧、水产、水利、交通和土管等多个部门，尽管相关法律法规明确各职能部门相应职责，但由于没有统一的协调机构，农村环境保护工作总是非此即彼，顾此失彼，一个方面加强了，另一个方面就削弱了。如交通部门强化了对农村道路的保洁，道路的垃圾势必就到了河里；水利部门强化对河道的保洁，河道的垃圾又有可能到了路边。各地虽有环境保护委员会，但很多地方都是有名无实，难以发挥统一监督管理作用。
近年来，江苏省不少县（市）对农村环境保护工作做了一些有益的尝试并取得了很好的效果。如对农村环境实行“五位一体”的管理体制，将农村垃圾、河道保洁、道路管护、农业面源污染控制、村民素质教育整合为一体，对农村环境进行综合整治和管理，并实现有统一的保洁机构、统一的协调考核、统一的财政专户、统一的实施标准、统一的“以奖代补”政策。
在加强农村环境保护的机构和能力建设方面，要优先加强县以下农村环境保护的机构和能力建设，逐步建立和完善农村环境监测和统计工作基础。县以上环保部门设立专门负责农村环境保护工作的部门；乡镇配备专、兼职环境管理干部，村级配备兼职环境管理人员，并真正充分发挥乡村环保人员的作用。
（3）将农村环境保护体现在地方政府的有关计划和规划中 在地方规划中应坚持经济建设、城乡建设和环境建设同步规划、同步实施、同步发展。当前农村综合性环境规划体系尚未建立，现有的农村环境保护规划还缺乏指导性和长远性。绝大部分乡镇发展规划未将环境保护规划列入其中；有的即使列入，其内容过于简单，不具备可操作性和约束性；有些乡镇环境规划的实施，未与城镇规划同步进行；有些规划中没有环境建设硬性指标，缺乏有效的环境规划实施监督机制。
要通过编制小城镇和新农村建设规划、工业园和畜牧园区规划，逐步实现人居环境和生产环境的分离。对集约化畜禽养殖业的发展要进行合理规划，要依据当地的环境容量，划定畜禽养殖禁养区域和限养区域。
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